后小松天皇

1411年，后小松天皇立自己的兒子躬仁親王為太子，從而結束了持明院派、大覺寺派交替續統的約定。

1412年8月，后小松天皇讓位給12歲的皇子實仁親王，(即躬仁親王，因足利義持認為此“躬”作為自己的偏諱不吉，因此改為同音的“實仁”)即稱光天皇。

正如幕府將軍無視天皇的權威一樣，這時日本社會也經常出現守護大名藐視將軍，地方下層領主和武士挑戰守護大名，甚至武士也不把天皇放在眼裡的現象--人們稱這種現象為“下克上”。例如，1342年的一天，北朝的光嚴上皇出巡時碰到一個美濃的守護土歧賴遠。上皇的近臣喝道：“上皇聖駕到此，快快下馬！”土歧賴遠聞聽非但沒有下馬，反而大怒道：“你說清楚是院駕還是犬駕（日語中‘院’與‘犬’讀音相近），若是犬駕，就射他一箭。”說著，真的拔箭而射。他的隨從們一哄而上，把上皇車上的帘子扯掉，把車子掀翻，並把上皇身邊的公卿打了一頓。事後，土歧賴遠被幕府處死，但引起下層武士更大的不滿。有人說：“如果沒有天皇不行的話，就用木雕一個，或以金鑄一個，把活的天皇流放到別的地方去，省得惹麻煩。”有人哀嘆道：“鳳凰生末世，落魄亦堪悲；雉雞遭野火，被逐無巢歸。”這時，天皇朝廷勢力式微，形同小諸侯一般。

1402年，明朝建文帝在給日本的聖旨中，稱足利義滿為“日本國王源道義”。足利義滿在致明朝皇帝的國書中也自稱“日本國王臣源”，幕府將軍已成為國家最高權力的代表，足利義滿自稱“源道義”是因為足利氏是清河源氏的後裔，即清和天皇的嫡派子孫。就是後來的德川幕府家也是來自清河源氏，所以幕府將軍的掌權不過是天皇的彼一支代替此一支而已。

南北朝統一之後，足利義滿並沒有履行自己當初的諾言，即仍舊恢復大覺寺派與持明院派天皇迭立的傳統。南朝的皇族、公卿、將士異常憤慨，后龜山天皇也後悔不迭。1410年，后龜山逃出京都，再次在吉野山區建立南朝，史稱后南朝。南朝的皇室後裔和臣子們為了恢復舊業，又不斷地進行了將近半個世紀的鬥爭。1443年9月，曾在一夥強徒潛入皇宮，將神劍、神璽搶走，並以此擁戴南朝的皇胤反對幕府，事敗后南朝皇族後代多人被殺。1457年，又是一起類似事件，牽連得南朝皇族幾乎滅絕。

南北朝統一后，全國性戰亂已經停止，大守護們的野心也得到適度的抑制，足利義滿於1394年，讓位給9歲的足利義持。他自己任太政大臣，在京都修建巨大的豪華宅邸--其中有講究的鹿苑和輝煌的金閣寺，穿著中國明朝皇帝贈送的龍袍優哉悠哉。但是，足利幕府又面臨著新的政治危機。

另:大名鼎鼎的一休和尚據說就是后小松天皇的私生子。

德川光圀所著《大日本史》記載如下：

后小松，三皇子。……藤原氏，生第二子僧宗純……遭讒出宮，時有身。應永元年正月，生宗鈍於民家。天資穎敏。六歲，入安國寺為驅烏，名周建。后從近江堅田祥瑞庵僧宗曇，受其記莂，改今名，號一休。