SSR

1982年，Hamade等人發現了簡單重複序列標記(SSR)技術，真核生物基因組中存在大量重複頻率極高而順序複雜性極低的串聯重複序列。按重複基序的長度可將串聯重複序列分為衛星DNA（基序100-300bp）、小衛星DNA（基序10-60bp）、微衛星DNA（基序1-6bp）。和中衛星DNA（由不同大小串聯重複組成）等。微衛星是由DNA複製或修復過程中DNA滑動和錯配或者有絲分裂、減數分裂期姐妹染色單體不均等交換引起的。微衛星的突變率在不同物種、同一物種的不同位點或同一位點的不同基因間存在很大差異。儘管微衛星 DNA分佈於整個基因組的不同位置，但其兩端序列多是保守的單拷貝序列，根據這兩端的序列設計一對特異引物，通過PCR技術將期間的核心微衛星DNA序列擴增出來，利用電泳分析技術就可以得到其長度的多態性，此即 SSR標記的原理。SSR 標記具有高度重複性、豐富的多態性、共顯性、高度可靠性等優點，但由於其需要對所研究物種的一系列微衛星位點進行克隆和測序分析，以便設計相應的引物，這是非常費時、費力和代價昂貴的工作，沒有足夠的投資、人力和時間，是不可能實現的，因而給它的利用帶來了一定困難。