民國27年(1938年)4月16日,皖南行政公署在休寧縣屯溪鎮(今黃山市屯溪區)正式成立。民國37年(1948年)12月4日,安徽省政府南遷懷寧縣安慶城。 3月2日,皖南行政公署併入遷駐屯溪鎮的安徽省政府。
皖南行署,是中華民國時期安徽省政府的地方派出機關。民國26年(1937年),
抗日戰爭爆發之後,安徽省沿江重城
蕪湖、
安慶相繼失守,安徽省政府遷至
六安縣,后遷立煌縣。由於省政府對
皖南各縣指揮不便,因此開始有設立皖南行署之議。民國27年(1938年)4月16日,皖南行政公署在休寧縣屯溪鎮(今黃山市屯溪區)正式成立。皖南行政公署秉承安徽省政府主席的命令,在所轄區域內執行一切政令,以安徽省政府主席名義行文,由
行政公署主任副署。
行政公署設主任1人,在安徽省政府委員當中提請1人,由
國民政府簡派之,綜理全署事務,監督所屬職員及機關。皖南行政公署成立時,任命
戴戟為行署主任,由於與
李品仙等新
桂系人物之間發生矛盾,後來被免職。民國29年(1940年)1月,黃紹耿接任行署主任,黃屬桂系,對於皖南錯縱複雜的局面難於應付,被免職。民國31年(1942年)1月正式任命
張宗良為皖南行署主任,民國34年(1945年)
抗戰結束后,安徽省政府遷至
合肥縣,皖南行政公署已無存在的必要,因此於同年11月15日正式結束。
民國37年(1948年)12月4日,安徽省政府南遷懷寧縣安慶城。省政府鑒於
江北不少地區已入
解放軍之手,因應
國共內戰情勢,決定重設皖南行政公署。因此在
宣城正式成立,主任為
張義純,旋遷屯溪鎮。民國38年(1949年)2月,張義純任省政府主席。3月2日,皖南行政公署併入遷駐屯溪鎮的安徽省政府。