國境檢疫是預防傳染病由國外傳入國內或由國內傳出國外的重要措施。每個國家都按自己的需要規定了需要檢疫的病種規定檢疫的傳染病有鼠疫、霍亂、黃熱病以及國務院公布的其他傳染病，並在國境處(如國際通航的港口、機場以及陸地入境處和國界江河的口岸設立國境衛生檢疫站，對發病者，可疑病人及密切接觸者都要進行隔離或留檢。
需要檢疫的病種，可根據具體情況而隨時調整，如
天花原來是各國均要進行檢疫的病種，但由於天花已在全世界消滅，故這一病種已無檢疫的必要，種痘證明也隨之取消。若入境的交通工具來自
檢疫傳染病疫區，被檢疫傳染病污染，或其中發現能引起傳染病的嚙齒動物或病媒昆蟲時，應進行消毒滅鼠、除蟲及其他衛生處理。