營繕司下分設都吏、營造、櫃、磚木、雜、夫匠六科和案房、算房、火房等單位，分掌本司事務。本司具體負責估修、核銷都城、宮苑、壇廟、衙署、府第、倉庫、營房、京城八旗衙署，順天貢院、刑部監獄等工程隸屬機構有琉璃窯、皇木廠、木倉等。
說白了，這是專門負責故宮修建。此後專門負責皇家建築的營建，修繕。其最高成就便是現在北京故宮。明成祖建北京皇宮，集天下能工巧匠，並要各工匠推薦一人為首總其成。眾人一致推選朱文銘。至永樂十八年，宮殿建成，皇帝十分滿意，授朱為工部營繕所丞，並給予重賞。
此機構基本代表了中國明清兩代封建王朝的最高的建築水準