生物哲學

影響現代生物哲學的關鍵性事件有兩個其一是以達爾文《物種起源》為標誌，同時也標誌著生物進化理論的誕生；其二則是以沃森以及克里克的DNA模型的創立為標誌的，這一標誌性事件也標誌著分子生物學的誕生。

同時，標誌著現代生物哲學誕生以及方法論討論的標誌則是Morton Beckner所寫的《The Biology way of Thought》。

生物哲學要研究方向則是包括生物學的自然屬性以及生物學社會內涵兩部分內容。其研究目的是為生物學做出哲學基礎上的談論，並期待以此引導生物學的良性發展；此外生物哲學的另一個研究目的則是運用生物學的相關知識與研究結論更好地促進哲學本身的發展。

關於生物理論的哲學

1、普通生物學的哲學基礎

（1）目的論與功能主義

（2）還原論與湧現論

（3）進化論

（4）生命的本質

（5）生物模型

（6）生物學中的因果律

（7）生物學的複雜性

2、各生物學分支的哲學理論

（1）發育生物學的哲學理論

（2）生態環境科學的哲學理論

（3）遺傳和分子生物學的哲學理論

（4）系統生物學的哲學理論

3、與生物相關的交叉科學的哲學討論

（1）人工生命

（2）生物信息

（3）生物學史

關於生物的社會學內涵的討論

1、生物倫理

（1）醫學倫理以及生物醫藥倫理（Biomedical Ethics）

（2）環境倫理

2、進化論有關的社會科學領域議題

3、社會是否可用還原為生物現象

生物理論的結構

Ruse、Hull、Rosenberg、Sober等基於普特南的觀點提出生物學和其他科學一樣，也符合公理化演繹結構以及對應規則（即理論陳述與觀察相一致）。公理化演繹系統由少量的原子理論組成，其他此系統的理論皆是以原子理論推演而來。理論中的大多數術語都有經驗性的意義，與觀察的現象有關，於此同時皆有已知的術語定義，這就形成了由術語組成的術語鏈。這一術語鏈的重要特性便是“牽一髮而動全身”。但於此同時，很多現代科學家、哲學家都開始挑戰這種觀點。

C.Smart於1963年挑起了一場生物是否有類似物理一樣的定律的爭論，他認為生物學的理論只能在特定的領域內發生作用。概括之，其主要理由有二：1、已證明的物理學的定律也有一定的適應範圍，如牛頓力學只適用於宏觀低速的情形；2、生物學領域內也有很多理論（譬如溫代哈勃格定律、自然選擇學說、孟德爾定律），它們似乎是無法互相蘊含的。

因果預測還是解釋這一難題在生物學之中也同樣存在。Hempel 和Oppenheim將解釋定義為：在情況C之中x可以產生y。但因果預測和解釋之間的差異則是C和x是否已經發生，如果是因果預測，x中所蘊含的理論是這一解釋之中的關鍵，因為C和y此時並未發生；而對於一般的解釋而言，這三者往往已經發生，我們基於這些事實給予一些解釋。Hempel和Oppenheim的理論提出后，就引發了哲學家對於各個特殊領域科學的大討論，其中就包括生物學。

還原論

還原論在科學研究之中往往不可或缺，但其關鍵的問題在於科學之中的高層次的現象可以還原到哪一水平。總結來說，分子生物學的誕生給予生物學家以一個很強的分析工具，在這種分析過程之中實際就蘊含著一個生物學是否可以還原為物理學或者化學的觀點。

其中最為特殊的是關注群體遺傳學（PG）是否能還原為分子遺傳學（MG），如果可以還原，則：

1、所有PG中的命題都可毫無損失地轉譯為MG中的命題。

2、所有描述PG中實體行為的定律都可以還原為MG中的定律（或者，至少MG有相同的能力解釋PG中的現象）。

3、MG中的定律和概念都可以被PG中的其他生物學內容替代。

這三個任務都是很難完成的，這也是為什麼群體遺傳學至今依舊興盛的原因。

語義概念下的生物理論的結構

主要是採用數學的方法描述生物學理論，如果這個模型和現象時同構的，則可以用與之相關的同構的拓撲結構和數學方法來深入研究生物學理論。

複雜系統

複雜系統是從系統論角度從整體研究某個生物層次的研究分支，代表作是Stuart Kauffman的《Originsof Order: Self Organization and Selection in Evolution》。

人工生命

人工生命是一門模仿有機體的學科，這種模仿可能運用到機械裝置、計算機模型、概念數學模型或者是碳結構的實體。唯一的區別在於這類生命的創造者和維繫者是人類而非自然。這種研究的好處就是能提供更為豐富的理論工具研究理論生物學，相較於複雜的有機體而言，研究人工生命相對來說簡單，且可以使用的理論工具更加豐富。

人工生命的構建基於以下幾個假設：

1、“生命”是由物質組成的，而不是物質本身；

2、各種行為是在不同組織水平上產生的，而不是單一一個水平；

3、對於生命系統的控制不是全局水平上的，而是地方性的；

4、複雜的行為是由一些基本的規則在較低組織水平上知道行為的發生以及實體間的交互。

前三條就是與之前的嘗試的不同之處，強調生物不僅僅是物質本身，而是其在不同水平上的組織形式。