NAMD

NAMD（NAnoscaleMolecularDynamics）是用於在大規模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼。

1. 軟體所能模擬的體系的尺度，如微觀，介觀或跨尺度等

微觀以及介觀。

是眾多md 軟體中并行處理最好的，可以支持幾千個cpu 運算。在單機上速度也很快。在進行并行計算中採用了Load Balancing方法，給每個CPU分配相同的計算量使得計算不irregular，在計算時通過監控每個處理器的速度和運算量來分配。

模擬體系常為為10,000-1,000,000 個原子。

2. 軟體所屬的類型，如MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等

全原子md，在文獻上也用它做過cgmd。

3. 軟體能研究的相關領域，使用者的背景最好是

默認的立場是charmm，包括了2,3,4個原子的成鍵作用和成對的靜電相互作用和范德華作用，適合模擬蛋白 質，核酸，細胞膜等體系。

也可以進行團隊和CNT 系統的模擬

軟體原理經典，操作簡單。但需要對體系的性質足夠了解。

4. 軟體中主要涉及的理論方法範疇

經典的md，以及用多種方法計算自由能和SMD模擬。

數據分析時候一般很少涉及複雜的熱力學和統計熱力學的原理，但知道一些最好。

5.軟體主要包含的處理工具

namd 是計算部分，本身不能建模和數據分析（unix 的哲學kiss）。但vmd 同namd 系出同門，已同namd 實現無縫鏈接。

vmd 的tcl 腳本一定要搞懂，別的就不多介紹了。

6.與此軟體密切相關的軟體

vmd，及其他數據統計分析軟體（excel，OOo-calc 等足夠了）

NAMD在window環境下的編譯安裝

1.下載NAMD_2.7b2_Win32

2.解壓到任意目錄下（建議最好直接是C：或D：下）

3.添加windows的環境變數：右鍵單擊我的電腦----屬性-----高級-----環境變數(在右下角)-----在系統的Path變數里添加你NAMD所在文件夾，比如我的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan\Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32

注意：添加的變數名稱要和文件夾得名稱一致（如果文件夾得名稱你改為namd，那麼變數名稱為C：NAMD）

4.namd2.7需要後面跟conf 文件才可以正確運行，並且要在conf文件所在目錄執行命令。如：我的命令窗口顯示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的conf文件要放在C:\Documents and Settings\HP 這個文件夾下，然後執行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。