若昂三世

和父親幸運的曼努埃爾一世熱衷於享受新航路所帶來的財富不同的是，若昂三世十分注重天主教在新發現地區的傳播工作。

若昂三世在位期間，在海外發現方面有兩件事情最為值得稱道。一是葡萄牙人於1557年開始在澳門定居；另一件事就是巴西的殖民化。在曼努埃爾時期，巴西的主要作用就是里斯本派往印度的船隊的中轉站。還有就是向國內提供巴西木和珍禽野獸。直到1530年正式的殖民活動才開始。就在這一年，第一批甘蔗被種植在了巴西的沼澤地上；第一台榨糖機也被組裝了起來。1534年，若昂三世將巴西沿海地區分割成許多塊世襲封地，賜給一些在國內沒有什麼土地的小貴族，以此鼓勵移民和墾荒活動。到1548年，巴西沿海已經建立起來了十六個葡萄牙人聚居的村鎮。除了巴西木以外，這個時候的特產又多了糖、棉花和煙葉。隨著巴西的經濟地位不斷上升，1548年設立了總督制，第一任巴西總督托邁·德·索薩（Tomé de Sousa）於1549年帶領著一千名移民和一批耶穌會教士來到了巴西。這批教士中有一個名叫曼努埃爾·德·諾布萊卡（Manuel de Nóbrega）的人在東南部的皮拉蒂寧卡村（aldeia de Piratininga）建立了聖保羅經院（Colégio de São Paulo）,這就是後來的聖保羅市。但是當時巴西的中心不在東南而在東北。總督托邁·德·索薩將行政中心設在了東北部的沿海城市聖薩爾瓦多（São Salvador）。而經濟中心則在鄰近的伯南布哥（Pernambuco）地區。1584年有一位傳教士曾經對伯南布哥的社會狀況作了如下的描繪：“這裡的人們富有，許多人有四萬、五萬甚至八萬個克魯扎多（cruzado，葡萄牙古貨幣單位；當時一個有錢人家的傭人每年才掙四個克魯扎多）的家產；······ 這兒總共有十個到十二個糖廠老闆，他們輪流設宴，每天聚在一起大吃大喝，揮霍錢財······ 總之，伯南布哥遠比里斯本闊氣。”

在遠東的貿易日趨衰落的時候，巴西就這樣開始靠著甘蔗和煙葉發展了起來。與葡萄牙人在印度的情況相反，在巴西沒有任何既成的有組織的經濟結構。於是以甘蔗種植園和榨糖廠為中心的大種植園經濟便形成了。糖廠不僅是家庭、社會和經濟生活的中心，而且還把移民永久的維繫在了這片新的土地之上。在印度葡萄牙人想的是發筆橫財早點衣錦還鄉；在巴西葡萄牙人把這片土地看做是自己的第二個祖國。許多移民都是孑然一身闖蕩新大陸的，安頓下來之後便迎娶當地印第安人女子為妻，從而印第安人開始進入文明社會；由於製糖業的迅速發展，勞動力日見匱乏，而印第安人由於體質不強，無法勝任繁重的工作，於是從前只是小打小鬧的黑奴貿易興盛了起來，三角貿易的雛形在此時形成了。

至此，葡萄牙的海外貿易帝國正式形成。整個帝國共分四大部分：北非帝國、東方帝國、巴西帝國和中南非洲帝國。除北非之外，東方的香料、瓷器，巴西的木材、蔗糖和煙葉，中南非洲的奴隸、寶石，都為葡萄牙帶來了大量的財富。海外大發現對葡萄牙的影響具體說來有以下幾條：

葡萄牙人取代了阿拉伯人成為了印度洋貿易的實際控制者；這直接導致了地中海的衰落，而南大西洋取而代之成為東西方貿易的主要航道；里斯本發展成為非洲貿易和東方貿易的超級中轉站，所有來自這些地方的商品都被運送到里斯本，在幾內亞公司或是印度公司進行分配調度后才能發往歐洲各地；在貿易活動豐厚利潤的吸引下，大批的農民湧入沿海城市尋找出海機會，葡萄牙的農業出現了衰落的跡象，國家開始依賴於海外貿易；在向其他歐洲國家出口許多異國商品的同時，本國也開始大量進口外國的產品。

由於農業的衰落，農村勞動力的缺乏，依靠土地生存的教會和傳統的貴族階級不可避免地走向了沒落；與此同時，從事商業活動的資產階級和參與海外擴張的貴族或掌握錢財，或握有大權，成為了時代的寵兒；鋪張浪費、盲目攀比的奢華之風也開始在社會上盛行；有錢人開始使用黑奴；在這片鋪天蓋地的銅臭味中，中世紀純樸節儉的民風一去不復返了。

在航海活動的帶動下，天文學、數學、地圖繪製技術等等都得到了長足的發展；地理學、植物學、動物學、醫藥學等方面的知識也在此背景下大大豐富了起來；歐洲人認識了新的人種、新的民族、新的風俗習慣、新的宗教形式，開闊了眼界；葡萄牙文化在此時打上了深深的海洋的烙印，而葡萄牙語也開始成為一門世界性的語言。

伊比利亞半島國家的航海活動是在文藝復興的背景下進行的，反過來航海活動的發現又為文藝復興運動注入了活力。建築上的表現就是“曼努埃爾式”裝潢的出現。文學上，記述航海活動的遊記性質的散文開始流行起來，其中最著名的當屬費爾南·門德斯·平托（Fernão Mendes Pinto）記述其遠東之行的《遊記》。因為這本書大大褒揚了中國和日本的文明和富饒程度，致使葡萄牙人都不願意相信；還拿作者的名字開玩笑：Fernão Mendes Pinto 變成了Fernão, Mentes?— Minto!（意即：費爾南，你撒謊吧？—對，我就是在撒謊！）。另外就是文藝復興時代最偉大的葡萄牙詩人路易斯·德·卡蒙斯（Luís de Camões，澳門譯做賈梅士）了。根據當時流傳在社會上的幾本東方遊記，再加上自己遠航到印度和澳門的經歷，他寫出了歌頌達·伽馬遠航印度事迹的長篇史詩《盧濟塔尼亞人之歌》（Os Lusíadas）。除了達·伽馬的事迹之外，他還借詩中人物之口，講述了從阿豐索·恩里克斯開國以來的葡萄牙歷史，字裡行間洋溢著無比的愛國熱情。據說這部史詩最精彩的篇章就是在印度和澳門寫就的。至今澳門東方葡萄牙協會旁邊的白鴿巢公園裡面，還留有當年他曾經避過雨的山洞，旁邊立有紀念碑。他逝世的日期六月十日（1580年）如今被定為葡萄牙及葡人社區日（Dia de Portugal e das Comunidades Portuguesas），供全世界的葡萄牙人紀念那段輝煌的過去。比卡蒙斯稍早的吉爾·文森特（Gil Vicente）被稱為“葡萄牙戲劇之父”，寫出了許多諷刺社會現狀的戲劇作品。義大利詩人彼得拉克發明的十四行詩（Soneto）也在這個時候傳入了葡萄牙，被卡蒙斯等人發揚光大，一直到十九世紀也仍然是葡萄牙文壇的主流。

但是，在這片繁榮背後隱藏著危機。早在曼努埃爾時代就出現端倪了。從達·伽馬遠航開始，海外發現活動便不再是某個大商人或某個王子所能負擔得起的了，龐大的遠洋船隊，軍隊的糧餉和彈藥等等，都必須從國庫拿錢。而這些付出並沒有得到完全的回報。葡萄牙人總是在世界各地碰到駐軍被殺害、商行被焚燒、艦船被擊沉的厄運。開始時他們的巨艦大炮還能形成威懾力，但是時間一久兵員不足的劣勢便暴露無遺。在印度的幾個要塞總是受到當地人或阿拉伯人的圍攻，日後馬六甲等地也受到了荷蘭人的騷擾。要維繫這些要塞的所有開支都必須從海外貿易的收益中支出。東方商品的成本一下子就高了起來。這還是能為王國帶來收益的地方；超級雞肋北非更是困難重重，幾個據點不斷受到摩爾人的壓力。後來為了節約開支，全力經營巴西等地，若昂三世在1541年至1550年間放棄了許多北非的土地，只留下了休達等幾個最先佔領的地區。除了海外戰爭開支，由於國內農業蕭條和奢侈的社會風氣而造成的大量的進口也將葡萄牙人辛苦賺來的錢財化為了烏有。武器、服裝、布匹、傢具、紙張、地毯、馬匹、車輛等等都需要進口，到了後來甚至造船的木材也必須用香料來換了。表面上葡萄牙壟斷了東方的香料貿易，但是實際上這種壟斷沒有導致任何國內生產上的進步： 16世紀結束時，葡萄牙的工業生產與13世紀相差無幾。土耳其人停止侵略之後，近東局面穩定了下來，地中海的貿易又開始興盛了。通過陸路運輸到義大利的胡椒在歐洲市場上對通過長途海路運輸的葡萄牙胡椒形成了嚴重的威脅，因為胡椒經常會在潮濕的船艙裡面霉爛變質。於是王國漸漸變得入不敷出。16世紀中葉，葡萄牙所虧欠的內債外債加起來竟有五十萬克魯扎多之巨。除了經濟上的損失之外，人員的損失也相當驚人。從里斯本啟程時一千至一千二百人的船隊，到達果阿之後往往只剩下二百人左右。除了在路上的死亡之外，在印度、馬六甲和澳門也有不少定居的葡萄牙人因為難於適應潮濕悶熱的氣候而患病身亡。

1徠557年，若昂三世還未來得及實行有效的措施來扭轉這種困難的局面就身故了。由於其子先其而亡，王位由他年僅三歲的孫子塞巴斯蒂昂一世繼承。香料帝國即將走向它的盡頭了。