基因關聯(epistasis)—對於某個基因為特定的等位基因，而其他基因取不同的等位基因時，生物體將表現出不同的物理性狀。某個基因的特定等位基因對於生物體呈現為某種性狀可盲目起到促進作用，也可能起到抑制作用。因此，生物體的物理性狀決定於某些基因的等位基因的特定組合，這種現象稱為“基因關聯”效應(epistasis)。
由於基因關聯效應的存在，我們不能測量單個
基因的形態對生物體適應性的影響程度。當基因的某個等位基因使得生物體在某種環境下表現出良好的適應性時，在其他環境下卻可能是致命性的。所以，我們不可能獨立地選擇和確定單個基因的等位基因，而不考慮其他基因的等位基因。因此，在關於生物體進化過程的系統適應性分析中，當系統結構的改變呈現為基因關聯時，適應計劃單純地改變系統結構的單個基因將不會產生良好的
適應行為。實際上，適應計劃需要測試不同的等位基因構成的系統結構的適應性，探索構成特定關聯關係的等位基因模式，即包含特定元素的系統結構，才能完成系統的適應過程。