植物保護系創建於1936年，前身是浙江大學農學院病蟲害系，是我國最早建立的植物保護學科點之一，在國內享有很高的聲譽，一大批知名學者先後在本學科執教或求學。
植物保護系創建於1936年，前身是浙江大學農學院病蟲害系，1952年全國院系調整時更名為“植物保護系”，是我國最早建立的植物保護學科點之一，在國內享有很高的聲譽，一大批知名學者先後在本學科執教或求學。
植物保護系的“
植物保護學”為一級學科，含“
昆蟲學”（現為“農業昆蟲與害蟲防治”）、“
植物病理學”、“
農藥學”、“
環境生物學”4個二級學科。1952年開始培養研究生，1981年“植物病理學”和“昆蟲學”獲准為碩士學位授權點，1986年“昆蟲學”獲准為博士學位授權點，1990年“植物病理學”獲准為博士學位授權點，2004年“環境生物學”獲准碩士、博士學位授權點，1998年“植物保護學”獲一級學科博士學位授權點，建一級學科博士后流動站。目前“
農業昆蟲與害蟲防治”是國家重點學科，“植物病理學”是
農業部重點學科和農業部重點開放實驗室。
目前植物保護系有教職員工38人，其中教授22人，副教授9人，博士生導師21人，獲國家級榮譽稱號4人，長江學者特聘教授1人，求是特聘教授1人，入選國家級人才基金（
百千萬人才工程、國家傑出青年基金和 新世紀優秀人才
基金）12人次。本系現有1個
植物保護本科專業、1個一級學科博士點、4個
二級學科博士點和碩士點。近3年來，培養
應用生物科學（植物保護 方向）本科畢業生60餘人、碩士生100餘人、博士生80餘人，畢業研究生的數量和質量在國內同類學科點中名列前茅，有2篇博士論文獲全國百篇優秀博士論文獎。