機械隔離是指由於動植物生殖器形態不同而導致無法成功完成交配的隔離機制。
由多布贊斯基（T．Dobzhanskv）提出的一種隔離分類。屬於
生殖隔離。是指動植物由於交尾器和
花器的構造不合適而不能生殖後代的一種現象。首先考慮的是個體的大小，如一種
食蟲類Sorex obscurus的二個亞種（malitiosus（阿拉斯加）和parvidens（
加利福尼亞）；狗的各品種之間均有這種現象。其次在交尾器構造方面，對
蝴蝶、
甲蟲等都有所研究。在植物方面，對
蘭科、
豆科等也有所探索。但是多布贊斯基（Dobzhansky）認為，非常近親的生物間，由於生殖器官構造差異而不能交配、受粉的現象比通常估計的要少得多。也有人把機械隔離包括在性隔離中。