上密院

據史料記載：傑。貢嘎頓珠於藏曆第七繞迥的土豬年(公元1419年，也就是宗喀巴大師圓寂的那一年)，出生於后藏“乃寧”之地，幼年在那塘寺剃度出家，聞修了各種教法。後跟傑·袞頓珠巴修習《量釋集論》經，此後遊歷前藏，在“哲蚌根培林”聽傑·喜饒森 格和堪欽白洛講法，最後進入下密院修行密法。其46歲時也就是藏曆第八繞迥的木猴年(公元1464年)，因與下密院堪布扎西堅贊不睦，遂帶領六弟子和一些密宗法器、經典，來到衛堆窮木達內一色娃隆山洞開始研習密宗。次年與強孜貢噶扎西遷到強巴林寺修行。

貢嘎頓珠來到“色娃隆”修行密宗時，開始只有六弟子，以後發展到32人，神像增加到32尊。其在傳授密宗的同時，撰寫了《宗喀巴大師傳》和《濟尊·喜饒森格大師傳》，規定每年召集一次僧眾大會。大約過了10年左右，堪布扎西堅贊升任為噶丹強孜曲傑后，迎請其來下密院任堪布，但他未去上任，繼續留在強巴林寺傳授密法。家住后藏乃寧地方。幼年到納塘寺隨傑·貢巴頓珠出家受沙彌戒（即三十六戒），研習《釋量論》（即羅輯學）並遊學到拉薩哲蚌根培林（即哲蚌寺後山“根培日措”）聽傑·喜饒僧格（宗喀巴的密巴宗繼承者）和堪欽白洛講經傳法，後進入下密院修習密法。1464年因與下密院不睦，而帶其六名徒弟到衛堆窮木達的塞哇壟山洞靜修密宗教法，成就甚著並開始弘傳。扣於1485年以密漢及祈禱制止了拉薩大水災。1487年2月圓寂，享年68歲。傑·貢嘎頓珠生前囑咐：“我死後將我的心臟和舌頭為新造佛像裝藏，腦袋骨作為供器。”後來弟子們遵照所囑將心臟和舌頭裝入一尊新制金佛像腹內，一直供奉在上密院內；腦袋骨作為供水碗放在直貢拉孜袞薩寺內。

藏曆第八繞迥的木蛇年(公元1485年)，拉薩吉曲河洪水泛濫，后請傑·貢嘎頓珠來吉曲河邊進行祈禱活動，第二天，洪水下降，免除了一場大的災難。當時的溫薩·達隆巴為獎勵其治水有功，故頒發封文執照，將小昭寺封賜給上密院，作為扎巴修行場所。

藏曆第十二繞迥的鐵兔年(公元1711年)，藏王拉藏汗視上密院為宗喀巴黃教密宗的正宗寺院，在達隆巴封文的基礎上，又頒發了將小昭寺、釋迦牟尼像、拉章，所屬經堂等等永遠歸屬上密院的封文執照。

藏曆第八繞迥的火馬年(公元1468年2月6日)貢嘎頓珠圓寂於強巴林寺，終年68歲。貢嘎頓珠圓寂后，留其心臟、舌頭、腦骨，其餘火焚，后將其心、舌裝入一新製造的一肘長金佛像放在小昭寺內，腦骨放在直貢地方的“拉孜袞薩寺”內。其圓寂后，停止兩年修行密宗。從公元1488年，復又在小昭寺修行密宗。

小昭寺建於吐蕃時期，當時吐蕃贊普松贊干布迎請唐朝文成公主和尼泊爾尺尊公主以後，分別在拉薩建立了兩所寺院，一所是大昭寺，為尼泊爾尺尊公主的住所，一所是小昭寺，為文成公主的住所，寺內並放有文成公主從內地帶來的釋迦牟尼佛像。小昭寺佔地面積19.73畝。主廳三層，佔地面積為2.27畝。主廳第一層為一大經堂，佔地面只為1畝。後面有一佛塔，高30.7米。佔地面積為0.2米。全寺房屋約50間左右。

小昭寺在1711年改為上密院修行場所以後，在西藏社會上聲譽更提高了一步。乾隆二十五年(公元1760年)，清乾隆帝御賜“耆閬真進”一匾額。說明了清朝皇帝對其評價是很高的，也是很重視的。

上密院設有堪布一人，管理全寺院政、教兩務，寺院內之一切重大事情亦歸其管理。喇嘛烏孜一人，格貴一人，強佐六人。除強佐外其餘均由拉薩三大寺內取得“格西拉然巴”學位的僧人來擔任，都必須經過達賴或攝政的任免。任期與下密院同。

上密院所屬溪卡據不完全統計為36座，下屬7個支寺，原有康村25個，后改編為5個，扎巴人數額定500人，但有時少至200人，多至1000人不等。因為上、下密院的僧人，不僅生活制度非常嚴格，而且修行程度也是很艱苦的，所以有的已考取格西學位的僧人來到這裡報個名，便退學。上、下密院退學的僧人很多，可以隨來隨去，寺院本身不加以限制，所以僧眾人數很不穩定。

上、下密院的經濟來源主要依靠各種布施和本寺院所屬莊園的供給，西藏地方政府規定免去其兵差及各種苛捐雜稅，享有很高的待遇，是一個經濟獨立的寺院組織。其每年要在三大寺、布達拉宮、大昭寺、覺布隆、堆龍、窮木達、扎雅爾等處進行一次佛事活動。

上、下密院名義上屬於甘丹寺的密宗扎倉，但實際上、下密院與甘丹寺是平行的關係，是互不相屬的。哲蚌寺、色拉寺雖有密宗扎倉，但是上、下密院比它們的密宗扎倉高一級，所以三大寺的僧人只有在學習顯宗完畢后，如欲繼續學習密宗，才能進入這個密宗學院。

上、下密院的僧人生活艱苦，制度嚴格，他們每天要上四堂殿，第一堂殿從半夜兩點鐘開始，無論寒暑都得赤足坐在用鵝卵石鋪成的固定的位置上修鍊，所以深受廣大藏族人民的信仰和愛戴，在社會上享有很高的聲譽。

上密院規定僧員500人，定編5個康村，設堪布1人，統管全寺政、教事條，處理寺內外一切重大事宜；設喇嘛翁則1人，專管宗教活動，領導寺僧學修密法；格貴1人，總管教規定寺規的行執行；強佐6人，分管地屬莊園及僧眾的生活供應。除強佐外，堪布、翁則、格貴均必須由拉薩三大寺取得“格西拉讓巴”學位的學者擔任，其任免必經達賴或攝政王審批。該寺有“文革”時期被破壞，後由政府撥款修復，現有六十多名僧人從事密宗教法的習修。