1644年，孫兆奎到揚州投奔史可法。揚州失守，史可法被俘，不屈殉國，滿清多鐸屠城，史稱"揚州十日"。孫兆奎赴吳江。1647年，與同縣吳易率領數千人起義抗清，屯兵長白盪，號稱孫吳兵。終因寡不敵眾，戰敗而被清兵捉住，押往南京白下城。
孫兆奎（？—1647年），字君昌，江蘇省吳江縣人。
全祖望《
梅花嶺記》記孫兆奎：“吳中孫公兆奎以兵不克，執至白下。經略
洪承疇與之有舊，問曰：‘先生在兵間，審知故揚州閣部史公果死邪，抑未死邪？’孫公答曰：‘經略從北來，審知故松山殉難督師洪公果死邪，抑未死邪？’承疇大恚，急呼麾下驅出斬之。”包捷聞之，哭於內橋。
