蛋白氨基酸

蛋白氨基酸是指在蛋白質內可找到且編碼在標準遺傳密碼中的二十種氨基酸。

非蛋白氨基酸則是指在蛋白質內找不到（如carnitine、GABA和L-DOPA），或沒有被標準遺傳密碼編碼（如hydroxyproline和selenomethionine）的其他氨基酸。後者通常源自於蛋白質的轉譯后修飾作用。

某些非蛋白氨基酸（如鳥氨酸和homoserine）對於生物缺少將其組進蛋白質內的功能有著很清楚的根本因素；如前面所舉的兩個氨基酸就會cyclize against the peptidebackbone and fragment the protein with relatively short half-lives.