裸子植物

晚泥盆世末，與前裸子植物古羊齒出現的同時，在美國發現的古籽可能是迄今已知最古老的具種子結構的化石，胚珠成對地著生於掌狀分裂的頂枝上，珠被前端為裂片狀，向下合攏成管狀，形似珠孔，珠心（大孢子囊）中含有四面體形的大孢子。以後在石炭紀又陸續發現多種類型的種子，其裂片狀的珠被由分離逐步癒合至完全癒合在珠心頂端形成珠孔管的演化過程表明珠被的形成與發展是胚珠形成的極重要的環節，使珠心被包圍不受外界環境影響，幼胚在成熟前得到保護。

裸子植物包括可能由不同路線進化所形成的若干平行的類群，故目前不再作為自然分類中的一個門，而將各綱遞進為門，所以裸子植物包括種子蕨植物門、擬蘇鐵植物門（本內蘇鐵植物門）、銀杏植物門、松柏植物門。分類位置不定的買麻藤植物門有些學者也歸入裸子植物。

種子蕨植物門始現於早石炭世，侏羅紀后絕滅。它兼具真蕨植物和典型裸子植物的特徵，即具有與真蕨無異的大型羽狀複葉，但角質層厚，並在葉上著生種子或雄性傳粉器官，故名。植物體不大，主莖很少分枝，除部分為喬木或樹蕨型外，大多數為較小的灌木或藤本。莖的解剖顯示次生木質部薄而皮部厚，與蘇鐵植物相似，曾有蘇鐵蕨之稱。歸入此門的有很多目，皺羊齒目、髓木目、美籽目（蘆莖羊齒目）、盾形種子目、兜狀種子目。開通目，可能還有五柱木目及舌羊齒目亦列入種子蕨門。舌羊齒目為具生長輪的大樹，具南美杉型裸子植物木材特徵；單網狀的舌形葉，生殖器官極為多樣化，但仍著生於葉上。

本內蘇鐵門為已絕滅的類群，僅發現於晚三疊世至白堊紀。植物體與現代蘇鐵相似或更粗短。不同的是雌雄生殖器官著生於同一植物體內呈兩性花狀，表皮細胞及氣孔器亦不同於蘇鐵類。蘇鐵植物門則自晚石炭世起就有過渡型化石發現，從到及表明蘇鐵目是由種子蕨植物演化而來的，化石證據也表明，在古生代、中生代蘇鐵植物曾有莖幹纖細的類型。

銀杏植物門現代僅有1屬1種，為著名的活化石，但在中生代尤其是侏羅紀至早白堊世曾是廣布北半球暖溫帶植物區系的重要成員（如和）,有些甚至達南半球（如）。確屬本目的較早成員發現於早二疊世，有，，近年來有人根據銀杏植物門的雌性胚珠特點認為與種子蕨植物門的盾形種子目有關。本門自白堊紀末起，分佈區及屬種數量都銳減。

松柏植物門在早石炭世已有化石記錄，屬於已絕滅的科達目，該目呈喬木狀，在晚石炭世晚期至早二疊世為熱帶植物區主要聚煤植物之一。伏脂杉目介於科達目與松柏目之間，生活於二疊紀至三疊紀，其重要的代表科屬如勒巴杉科(Lebachiaceae),伏脂杉科(Voltziaceae)的生殖器官研究對由白堊世至今繁盛的松柏目的起源具有重要作用。現存的松柏目各科在中生代也都已發現確切的化石依據。