Clustal

可以用來發現特徵序列，進行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預測新序列二級結構與三級結構，確定PCR引物，以及在分子進化分析方面均有很大幫助。Clustal包括Clustalx和Clustalw（前者是圖形化界面版本後者是命令界面），是生物信息學常用的多序列比對工具。

CLUSTALW：命令行介面；

ClustalX：一個圖形用戶界面；

Clustal Omega ： ClustalOmega 是用Clustal家族的最新補充。在以前的版本基礎上，它提供了一個顯著增長的可擴展性，使數以十萬計的序列在只有幾個小時內排列。它也將使用多個處理器包含其中。此外，從流行的衡量基準角度，她的品質路線比以前的版本有巨大的改善。