Hi-C

Hi-C（High-throughput/resolution chromosome conformation capture）主要步驟是先製備適合Hi-C的3C模板，限制酶切割后末端連接生物素標記的核苷酸。鈍端連接之後DNA純化剪切。生物素pull-down保證只有連接的部分用於分析。讀長reads被定位到基因組上，當這一對讀長發現在不同片段上的時候，對互作片段進行相應評分。這樣，一個包含基因組所有片段的連接頻率矩陣被構建。Lieberman-Aiden等發現，哺乳動物HiC試驗的解析度為~1Mb(~10 RMPD，million paired-end reads)。通過4C確定試驗在Hi-C可以得到驗證。Hi-C試驗讓科學家們發現，核內存在特定的染色質區隔（Chromatin Compartment），染色質和異染色質在不同的區域（Open區和Close區）。Cell等發現，人類不同類型細胞系，細胞核染色質組織大致相同。總之，Hi-C方法是全基因組範圍內，不限制特定互作蛋白為局限，利用高通量測序（二代或三代）的基於“全對全”模式的染色質互作構象分析方法。在人類，小鼠上目前都有相關發現發表。