MSD

Mean Squared Displacement,即均方位移。其定義如下：

其中是對組內所有原子平均。

如果只計算一個原子，MSD公式可以簡化為：

這是一個基本事實，否則它們不會具有流體的性質。舉個很顯然的例子：把一滴墨水滴入一杯清水中，過一會兒，墨水的顏色會均勻地分佈開來。明顯地，墨水分子分散到了整杯水中。這個過程就叫做 擴散，它很自然地發生在平衡態的流體中。

稠密流體中單一分子的運動並非沿著一個簡單的路徑。在它的移動過程中，它不斷和其它分子發生碰撞並被推離原本的方向。如果進一步仔細觀察它的路徑，就會發現，這非常近似於數學上隨機漫步(random walk)。這種路徑由 愛因斯坦在對布朗運動的研究中進行了著名的分析，他發現：做隨機漫步的粒子的移動距離的平方的平均數與時間成正比。這個關係式可以表示為：

其中，是位移平方的平均，t是時間，D和C是常數。D是其中最重要的參數，又叫做擴散係數(diffusion coefficient)。

當體系是固態時，即體系的溫度處於熔點以下，均方根位移存在上限值；當體系處於液態時，均方根位移與時間呈線性關係，而且其斜率與與原子擴散係數存在下列關係：

在立方晶格中，原子擴散在6個方向上等價，因此係數為，但在其他晶系中，各晶向原子排列不同，對稱性不同，不能用這個係數。

在分子動力學中的典型結果如圖所示：

圖線斜率就是擴散係數D的六倍(三維空間布朗運動下，僅限於立方晶系)。