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曹陽
四川大學生命科學院講師
曹 陽：男，四川大學生命科學院講師。2011入四川大學生命科學學院工作。研究領域為生物物理學,生物信息學，主要從事大分子模擬領域的演演算法開發與應用，腫瘤相關蛋白質的相互作用預測與分析，藥物分子設計。主要學術成果：1.首次提出了基於碰撞迴避的自適應迭代演演算法，編寫了蛋白質側鏈結構模擬軟體CISRR，在同類軟體中精度領先（2.研究發展了一套具有原創性的評分演演算法HARBP, 預測流感HA蛋白與受體的相互作用，結果通過實驗印證，發現了兩個影響流感病毒宿主特異性的關鍵位點3.參與發展了一套以結構模板為基礎的蛋白質三維結構預測計算軟體平台，在2010年國際蛋白質結構預測比賽中，取得了歷屆國內參賽小組的最好成績。
主要學術成果：1.首次提出了基於碰撞迴避的自適應迭代演演算法，編寫了蛋白質側鏈結構模擬軟體CISRR，在同類軟體中精度領先2.研究發展了一套具有原創性的評分演演算法HARBP, 預測流感HA蛋白與受體的相互作用，結果通過實驗印證，發現了兩個影響流感病毒宿主特異性的關鍵位點3.參與發展了一套以結構模板為基礎的蛋白質三維結構預測計算軟體平台，在2010年國際蛋白質結構預測比賽(CASP9)中，取得了歷屆國內參賽小組的最好成績(實驗室排名第9，伺服器排名第19）。
2000.09～2004.07 西南交通大學應用物理系，獲學士學位。
2004.09～2010.12 中國科學院生物物理研究所，獲博士學位。
2011入四川大學生命科學學院工作。
生物物理學，生物信息學，主要從事大分子模擬領域的演演算法開發與應用，腫瘤相關蛋白質的相互作用預測與分析，藥物分子設計。
1.首次提出了基於碰撞迴避的自適應迭代演演算法，編寫了蛋白質側鏈結構模擬軟體CISRR，在同類軟體中精度領先。
2.研究發展了一套具有原創性的評分演演算法HARBP, 預測流感HA蛋白與受體的相互作用，結果通過實驗印證，發現了兩個影響流感病毒宿主特異性的關鍵位點。
3.參與發展了一套以結構模板為基礎的蛋白質三維結構預測計算軟體平台，在2010年國際蛋白質結構預測比賽中，取得了歷屆國內參賽小組的最好成績(實驗室排名第9，伺服器排名第19）。
1. Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation. Bioinformatics 27(6):785-790, 2011。
2. Rapid Estimation of Binding Activity of Influenza Virus Hemagglutinin to Human and Avian Receptors. PLoS One 6(4):e18664, 2011。
3. Incorporation of local structural preference potential improves fold recognition. PLoS One 6(2):e17215, 2011。
4.Structural analysis of alkaline β-Mannanase from alkaliphilic Bacillus sp. N16-5: implications for adaptation to alkaline conditions. PLoS One 6(1):e14608, 2011。
5. Networks of genomic co-occurrence capture characteristics of human influenza A (H3N2) evolution. Genome Research 18(1): 178–187, 2008。
