周集中

周集中

周集中,1959年8月出生於湖南新邵,生物學家,現任美國橡樹嶺國家實驗室環境基因組學研究中心主任,清華大學環境學院教授、入選人。

1981年12月畢業於湖南農業大學植物保護專業,后又獲得該校昆蟲專業碩士學位並留校任教。后在美國華盛頓州立大學獲得分子遺傳學和細胞生物學博士學位。2001年7月12日在白宮授予其美國總統青年科學家獎。

人物經歷


1981年考取湖南農業大學昆蟲專業碩士研究生,師從著名的昆蟲生態學家陳常銘教授,進行數學生態研究。
1985年獲碩士學位,留湖南農業大學任教。
1986年考取中國科學院環境生態研究中心繫統生態室博士生,師從於已故的國際上著名的生態學家馬世駿教授,從事農業生態系統的研究。
1993年5月周集中在華盛頓州立大學(Washington State University)獲得分子遺傳學和細胞生物學博士學位。
1993年6月1997年6月在美國密歇根州立大學(Michigan State University)美國自然科學基金會資助的微生物生態中心,跟隨美國科學院院士、美國微生物學會主席,國際上享有崇高盛望的微生物生態學家詹姆斯。迪傑(James Tiedje)教授從事博士后工作,主要進行微生物分子生態研究。
1996年周集中博士獲得美國能源部傑出博士后資助來到橡樹嶺國家實驗室工作,不久即被聘為研究員。
1997年6月至今在美國橡樹嶺國家實驗室先後任研究員、高級研究員、傑出研究員和環境基因組學研究中心主任。微生物學權威刊物Applied and Environmental Microbiology 雜誌主編之一,美國微生物科學院(American Academy of microbiology)院士。2004年1月任中南大學“升華名師”微生物學科責任教授。
2010年9月-今,中國清華大學環境學院教授、入選人。

工作履歷


1985-1986 中國 湖南農業大學 講師
1986-1988 中國 中國科學院動物所/生態環境研究中心 助理研究員 (攻讀博士學位)
1988 加拿大 加拿大卡爾加里大學(University of Calgary, Calgary, Alberta, Canada)訪問學者(Visiting Scientist)
1993-1995 美國 國家自然科學基金會微生物生態研究中心(NSF Center for Microbial Ecology)博士后(Postdoctoral Research Associate)
1996-1997 美國 橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Lab)博士后(Alexander Hollaender Distinguished Postdoctoral Fellow)
1997-2000 美國 橡樹嶺國家實驗室環境科學部(Environmental Sciences Division, Oak Ridge National Lab)研究員(Staff Scientist)
2001-2002 美國 橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Lab)高級研究員(Senior Staff Scientist)
2000-2004 美國 橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Lab)環境基因學科帶頭人(Science Leader for Environmental Genomics Program)
2003-2005 美國 橡樹嶺國家實驗室(Oak Ridge National Lab)資深研究員(Distinguished R&D Staff Scientist)
2005-今 美國 俄克拉荷馬大學植物學與微生物學系環境基因研究所(Institute for Environmental Genomics, Department of Botany and Microbiology, University of Oklahoma University of Oklahoma)首席教授( Presidential Professor),所長(Director)
2006-今 美國 勞倫斯-伯克利國家實驗室(Lawrence Berkeley National Laboratory)兼職高級研究員(Adjunct Senior Scientist)
2010年9月-今,中國清華大學環境學院教授、入選人。

研究方向


微生物功能基因組學、基因組學研究技術、微生物生態和極端環境條件下的微生物以及群落和生態系統基因組學等多個領域。

工作成果


從1997年,周博士在橡樹嶺國家實驗室獲得許多不同的獎勵,例如,
2000年度的環境科學部的傑出成就獎,1998和2001的橡樹嶺國家實驗室的研究成果獎。
承擔美國“Genomes to Life”等重大項目20餘項及中國海外青年合作研究基金等多項課題。
先後獲得2001年度美國青年科學家總統獎以及美國能源部和橡樹嶺國家實驗室青年科學家獎等多項獎勵,
曾任第七屆、九屆和十一屆國際微生物基因組學大會主席。
主編了微生物功能基因組學領域的第一本專著《Microbial Functional Genomics》。
在Science, Nature Review Microbiology, Nature Climate Change, Nature Communications,PNAS, Ecology Letters, ISME Journal, mBio等重要雜誌發表論文540餘篇(Citations >20,000, H-index, 75 based on Web of Science; Citations >29,000, H-index, 91 based on Google Scholar)。
擔任ISME J, mBio, AEM等著名期刊主編,F1000推薦專家。
成立“周集中—石小婭”獎學金,由周集中及夫人石小婭捐贈,專用於獎勵清華大學從事生態學及環境科學與工程的優秀學生,代表了周集中教授對莘莘學子的激勵。作為環境學院唯一個人出資成立的獎學金,周集中表示,“捐贈不是因為富有,只是盡自己的微薄之力對社會做些有意義的事。”

獎勵與榮譽


1996 Alexander Hollaender傑出博士后獎(Alexander Hollaender Distinguished Postdoctoral Fellow)(此獎項由美國能源部設立,是美國最具聲望的博士后獎項)
1998橡樹嶺國家實驗室傑出成果獎(Research Accomplishment Award)
1999 橡樹嶺國家實驗室傑出成就獎(Superior Performance Award)
2001 美國能源部青年科學家獎 (DOE Office of Science’s 2001 Early Career Award for Scientists and Engineers
2001 美國青年科學家總統獎(Presidential Early Career Award for Scientists and Engineers from the President of the United State of America)(美國青年科學家最高榮譽)
2004 中國國家基金委海外傑青
2004 CCTV紀念鄧小平誕辰100周年專門小組會談海外中國科學家唯一代表
2006 俄克拉荷馬大學首席教授(Presidential Professor)2005 聯邦實驗室聯盟技術轉化傑出獎(Federal Laboratory Consortium award for Excellence in Technology Transfer)
2009 環境功能基因晶元(Geochip)研發獲全球百大創新技術研發獎(R&D 100 Award,2009年全球最具科學創新和技術突破,並且具有極高商業化前景的100項科技成果,研發雜誌評選,有極高的國際影響力)
2009 新中國成立60周年慶典海外特邀代表
2009 俄克拉荷馬亞洲協會傑出亞裔美國人(Outstanding Asian American for the Asia Society of Oklahoma)
2015 歐內斯特·奧蘭多·勞倫斯獎(Ernest Orlando Lawrence),勞倫斯獎是美國能源部頒發的最高獎項,他是近五十年以來獲獎的少數華裔學者之一。

學術成果


出版著作:
Zhou, J.-Z., D.K. Thompson, Y. Xu, and James M. Tiedje. 2004. Microbial Functional Genomics. 624pp. John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey.
發表文章:
周集中博士發表論文400餘篇,總引用次數超過17000次,H-index為70。2008-2014年部分代表性論著如下:
J. Zhou*, S. Kang*, C. Schadt, and C. Garten. 2008. Spatial Scaling of Functional Gene Diversity across Various Microbial Taxa. Proc. Nat. Acad. Sci, 105: 7768-7773
L. Wu, X. Liu, M. Fields, D. Thompson, C. Bagwell, J. Tiedje, T. Hazen, and J. Zhou*. 2008. Microarray-based whole-genome hybridization as a tool fordetermining prokaryotic species relatedness. ISME J. 2, 642–655.
P. Waldron, J. D.VanNostrand, D. Watson, Z. He, L. Wu, P. Jardine, T. Hazen, and J. Zhou*. 2009. GeoChip analysis of subsurface microbial communities impacted by heavy metal and nitrate contamination. Environ. Sci. Technol. 43: 3529-3534
Van Nostrand, J. D, W. Wu, L. Wu, Y. Deng, J. Carley, S. Carroll, Z. He, B. Gu, J. Luo, C. Criddle, P. Jardine, J. Tiedje, T. Hazen, J. Zhou*. 2009. GeoChip-based analysis of functional microbial communities in a bioreduced uranium-contaminated aquifer during reoxidation by oxygen. Environ. Microbiol. 11: 2611-2626.
H. Gao, Z. Yang, S. Barua, S. Reed, M. Romine, K. Nealson, J. Fredrickson,J. M. Tiedje, and J. Zhou*. 2009. Reduction of nitrate in Shewanella oneidensis dependson atypical NAP and NRF systems with NapB as a preferred electron transport proteinfrom CymA to NapA. ISME J. 3: 966-976.
W. Liu, A. Wang, S. Cheng, B. Logan, H. Yu, Y. Deng, J. van Nostrand, L. Wu, Z. He and J. Zhou*. 2010. Geochip-based functional gene analysis of anodophiliccommunities in microbial electrolysis cells under different operational modes. Environ. Sci.Technol. 44: 7729-7735.
Z. He, M. Xu, D. Ye, S. Kang, L. Kellogg, L. Wu, J. Van Nostrand, S. Hobbie, P. Reich, and J. Zhou*. 2010. Metagenomic analysis reveals a marked divergence in thestructure of belowground microbial communities at elevated CO2. Ecol. Lett. 13: 564-575.
W. Liu, A. Wang, S. Cheng, B. Logan, H. Yu, Y. Deng, J. van Nostrand, L. Wu, Z. He and J. Zhou*. 2010. Geochip-based functional gene analysis of anodophiliccommunities in microbial electrolysis cells under different operational modes. Environ. Sci.Technol. 44: 7729-7735.
J. Zhou*, Y. Deng*, F. Luo, Z. He, Q. Tu, and X. Zhi. 2010. Functional Molecular Ecological Networks. mBio 1(4):e00169-10
T. Hazen, J. Zhou, et al., 2010. Deep-sea oil plume enriches Indigenous oil-degrading bacteria. Science 330: 204-208.
J. Zhou*, Y. Deng, F. Luo, Z. He, and Y. Yang. 2011. Phylogenetic MolecularEcological Network of Soil Microbial Communities in Response to Elevated CO2. mBio, 294): doi:10.1128/mBio.00122-11.
J. Zhou*, L. Wu, Y. Deng, X. Zhi, Y. Jiang, Q. Tu, J. Xie, J. D. VanNostrand, Z. He, and Y. Yang. 2011. Reproducibility and Quantitation of Amplicon Sequencing-Based Detection. ISME J. 5:1303-1313.
J.Zhou*, Q. He, C. L. Hemme, A. Mukhopadhyay, K. Hillesland, A. Zhou, Z. He, J.D. Van Nostrand, T. C. Hazen, D. A. Stahl, J. D. Wall, and A. P. Arkin. 2011. How sulfate reducing microorganisms cope with stress: lessons from systems biology. Nature Review in Microbiology 9: 452-466.
Y.Liang, J.Van Nostrand, Y. Deng, Z. He, L. Wu, X. Zhang, G. Li and J. Zhou*. 2011. Functional gene diversity of soil microbial communities from oilcontaminatedfields in China. ISME J. 5: 403-413.
J. Zhou*, L. Wu, Y. Deng, X. Zhi, Y. Jiang, Q. Tu, J. Xie, J. D. Van Nostrand, Z. He, and Y. Yang. 2011. Reproducibility and Quantitation of Amplicon Sequencing-Based Detection. ISME J. 5:1303-1313.
J. Zhou*, K. Xue, J. Xie, Y. Deng, L. Wu, X. Cheng, S. Fei, S. Deng, Z. He, J. van Nostrand, and Y. Luo. 2012. Microbial Mediation of Carbon Cycle Feedbacks to Climate Warming. Nature Climate Change, 2:106-110.
Z. He, Y. Piceno, Y. Deng, M. Xu, Z. Lu, T. DeSantis, G. Andersen, S. E. Hobbie, P. B.Reich, and J. Zhou*. 2012. The phylogenetic composition and structure of soil microbial communities shifts in response to elevated carbon dioxide. ISME J, 6: 259-272.
Z. Lu, Y. Deng, J. D. Van Nostrand, Z. He, J. Voordeckers, A. Zhou, Y.-J. Lee, O.Mason, E. Dubinsky, K. Chavarria, L. Tom, J. Fortney, R. Lamendella, J. K. Jansson, P.D’haeseleer, T. Hazen, and J. Zhou*. 2012. Microbial gene functions enriched in the Deep water Horizon deep-sea oil plume. ISME J., 6: 451-460.
Y. Yang*, Y. Gao, Q. Lin, D. Xu, H. Yu, L. Wu, Y. Hu, X. Li, Z. He, Y. Deng, S. Wang and J. Zhou. 2013. The microbial gene diversity along an elevation gradient of the Tibetan grassland. The ISME journal, 8(2), 430-440.
Y. Yang,*, L. Wu, Q. Lin, M. Yuan, D. Xu, H. Yu, Y. Hu, J.C. Duan, X. Li, Z. He, K. Xue, S. Wang, and J. Zhou.2013. Responses of the functional structure of soil microbial community to livestock grazing in the Tibetan alpine grassland, Global Change Biology, 19: 637–648.
J. Zhou*, Y. Jiang, Y. Deng, Z. Shi, B. Zhou, K. Xue, L. Wu, Z. He, and Y. Yang. 2013. Random Sampling Process Leads to Overestimation of β-Diversity of Microbial Communities. mBio 4: e00324-13 (doi:10.1128/mBio.00324-13)
J. Zhou*, W. Liu, Y. Deng, Y. Jiang, K. Xue, Z. He, J. D. Van Nostrand, L. Wu, Y. Yang, and A. Wang. 2013. Stochastic assembly leads to alternative communities with distinct functions. mBio, 4: e00584-12
Q. Tu, Z. He, Y. Deng, and J. Zhou*. 2013. Strain/Species-Specific Probe Design for Microbial Identification Microarrays. Applied and Environmental Microbiology. Xu, M., Z. He, Y. Deng, L. Wu, J.D. van Nostrand, S. E. Hobbie, P. B. Reich, and J.-.Z. Zhou. 2013. Elevated CO2 influences microbial carbon and nitrogen cycling. BMC microbiology, 13(1), 124.
D. Qiu, H. Wei, Q. Tu, Y. Yang, M. Xie, J. Chen, M. H. Pinkerton, Y. Liang, Z. He, and J. Zhou*. 2013. Combined genomics and experimental analyses of respiratory characteristics of Shewanella putrefaciens W3-18-1. Applied and environmental microbiology.
Y. Lee, J. D. van Nostrand, Q. Tu, Z. Lu, L. Cheng, T. Yuan, Y. Deng, M. Q. Carter, Z. He, L. Wu, F. Yang, J. Xu, and J. Zhou*. 2013. The PathoChip, a functional gene array for assessing pathogenic properties of diverse microbial communities. The ISME J., doi: 10.1038/ismej.2013.88.
Y. Chan, J. D. Van Nostrand3, J. Zhou, S. B. Pointing, and R. L. Farrell. 2013. Functional ecology of an Antarctic Dry Valleys landscape. Proc. Nat. Acad. Sci, 110: 8990-8995. doi: 10.1073/pnas.1300643110.
A. Zhou, E. Baidoo, Z. He, A. Mukhopadhyay, J. K. Baumohl, P. Benke, M. P. Joachimiak, M. Xie, R. Song, A. P. Arkin, T. C. Hazen, J. D Keasling, J. D. Wall, D. A. Stahl, and J. Zhou*. 2013. Characterization of NaCl-tolerance in Desulfovibrio vulagris Hildenborough through experimental evolution. The ISME J. doi: 10.1038/ismej.2013.60.
H. Jiang, Q. He, Z. He, C. L. Hemme, L. Wu, and J. Zhou*.2013. Continuous Cellulosic Bioethanol Fermentation by Cyclic Fed-Batch Co-Cultivation. Appl. Environ. Microbiol. 79: 1580-1589.
X. Li, Y. Deng, Q. Li, C. Lu, J. Wang, H. Zhang, J. Zhu, J. Zhou*, and Zhili He*. 2013. Shifts of functional gene representation in rhizosphere microbial communities under elevated ozone. The ISME J, 7: 660-71.
J. Zhou*, Y. Deng, P. Zhang, K. Xue, Y. Liang, JVD. Nostrand, Y. Yang, Z. He, L. Wu, D.A. Stahl, T. Hazen, J.M. Tiedje and A.P. Arkin (2014) Stochasticity, Succession and Environmental Perturbations in a Fluidic Ecosystem, PNAS, 201324044.
申請專利、註冊軟體:
美國專利 No. 7,759,057.Method for analyzing microbial communities.Zhou, J.-Z., L. Wu, and X. Liu. 2010.