原腸胚

從扁形動物開始，多細胞動物的胚胎髮育過程出現了中胚層，從而引起了身體結構上的複雜分化，這在動物的進化史上是個重大的發展。

原腸胚是由囊胚細胞遷移、轉變形成的，它由三層細胞層構成：外胚層(ectoderm)、中胚層(mesoderm)、內胚層(endoderm)。在囊胚不斷向內凹陷的過程中，形成外、中、內三個胚層，內胚層中間的空間是原腸腔。外胚層和內胚層最終形成組織的鞘，即上皮(epithelia),覆蓋在器官的外表面和內表面。原腸胚外胚層發育成神經系統，感覺器官，表皮及其附屬結構；中胚層發育成骨骼，肌肉，循環，排泄，生殖系統等；內胚層發育成肝，胰等腺體，呼吸道，消化道的上皮.

在原腸胚中形成的新的細胞關係，激發了細胞與細胞的相互作用、代謝的變化、細胞的移動，最終形成組織和器官。

除單細胞的原生動物門外，從海綿動物門（最原始、最低等的多細胞生物）在胚胎髮育時出現了原腸胚。

體製為兩側對稱

兩側對稱又叫做左右對稱，是通過身體的中軸只有一個切面，能將身體分成左右相等的兩個部分。這樣，動物的身體就明顯地分化出前、後端，左右側和背腹面。由此又引起功能上的分化：背面主要擔負保護作用，腹面主要管運動和攝食，身體的前端為神經系統和感覺器官集中的地方，使動物對外界環境的反應更迅速和準確。兩側對稱也使動物的運動從不定向轉為定向，既適合於游泳，又適合於在物體上爬行。總之，兩側對稱具有重要的進化意義。

出現了中胚層

中胚層的發生，引起了動物身體結構上一系列組織、器官和系統的分化，為動物身體結構的發展和器官功能的進化創造了條件。例如中胚層形成肌肉，增強了動物的運動功能；運動功能的加強和兩側對稱的體制的形成，使動物的運動速度提高了；快速運動和感覺器官的完善，又使動物能夠有效地攝取更多的食物，從而促進了消化系統的發展和排泄系統的形成。

中胚層還分化形成一種柔軟組織，叫做間質（或稱為實質）。間質充滿在體內各組織、器官之間，以至沒有明顯的空隙將腸道和體壁分隔開來，所以扁形動物又是無體腔的動物。間質有貯藏水分和養料、輸送營養物和排泄物、保護內臟器官以及再生新器官等多種功能。

產生了複雜的器官系統

扁形動物的體壁由表皮和多層肌肉組成，又叫做“皮膚肌肉囊”。這種體壁有保護和運動雙重功能。其中，肌肉是由中胚層起源的。由口、咽和腸道組成了不完全消化系統。神經系統中，神經細胞相對集中形成了一對腦神經節和兩條腹神經索，加上神經索之間連結的橫神經，構成了梯狀神經系統。營自由生活的種類常有眼點、平衡囊等感覺器官。排泄系統由焰細胞、排泄管和排泄孔組成，屬於原腎型。生殖系統比較複雜，多為雌雄同體，由生殖腺、生殖導管和前列腺、卵黃腺等附屬腺體組成。胚胎髮育到原腸胚時期后，就不能再進行胚胎分割技術的處理，否則有可能導致胚胎死亡。