澎湖水師協

隸屬於台灣鎮的澎湖水師協，其水師協內的最高長官為副將，共轄有左右兩營兵士，兵力達2000人。1886年，中法戰爭於台灣發生俗稱西仔反相關戰事，戰事過程中，孤拔所屬法國艦隊輕易攻佔澎湖，因此，清朝政府將澎湖水師協升格為澎湖水師鎮，直接受台灣巡撫或之下的台灣道制約。不過從水師協升格後水師鎮的的此清朝軍事單位於1895年的甲午戰爭末期，遭日軍擊敗。並在台灣日據時期開始後，加以裁撤。

先前機關：

無 澎湖軍事單位

1684年-1886年 後繼機關：

澎湖水師鎮

詹六奇

張旺

王國興

尚宣

陳國任

王三元

趙呈烜

葉國鼎

張進

朱傑

許雲

藍廷珍

聶國翰

羅光乾

戴憲宗

陳倫炯

董方

呂瑞麟

陳勇

陳倫炯

章隆

顧元亮

李維揚

高地(清)

任文龍

高得志

孟伍進

楊瑞

鄭李嘉

邱有章

林洛

吳英漢

林貴

吳英漢

莫鄺緯

吳志忠

林貴

楊添

葉相德

魏文偉

談秀

林呂韜

魏宗聖

魏文偉

龔宣

江起蛟

戴福

許德

葉凱

顏鳴皐

林俊

招萬成

王光韜

柯俊

林晃

葉巨剛

魏大斌

潘韜

黃象新

李南馨

魏成名

李長庚

胡振聲

陳光昭

何定江

聶世俊

吳奇貴

張世熊

王得祿

陳景星

蔡安國

劉成魁

李文瀾

陳夢熊

郭繼青

蕭得華

庄秉元

陳一凱

蕭得華

熊廷揚

陳化成

阮朝良

陳化成

沈朝冠

常遇恩

沈朝冠

孫得發

江鶴

楊武鎮

謝建雍

陳景嵐

吳朝祥

詹功顯

雲鴻

林瑞鳳

施得高

郭揚聲

張保

謝焜

王國忠

邵連科

韓嘉謨

黃進平

許揚州

陳國銓

劉文珍

張顯貴

吳奇勛

黃錦雲

吳奇勛

李定勛

蘇吉良

周善初

蘇吉良

陳宗凱