酶蛋白翻譯產物經不同修飾反應也可產生不同分子形式的同工酶，稱為翻譯后同工酶（post-translational isozyme），又稱次級同工酶（secondary isozyme）。
這些修飾反應包括基因的添加（
磷酸化、
乙醯化、
甲基化等），
醯胺鍵的水解，
肽鍵的斷裂和部分肽鍵的脫落，
二硫鍵的形成和糖鏈的添加等。例如免肌醛縮酶（ALD）是由4個A亞基組成的純聚體，但發育中，一部分
肽鏈中羧基本末端第4位的
天冬氨酸，從而A
亞基形成α和β兩種類型，故A亞基可為純聚體也可為雜交體，但都有
醛縮酶活性。