菌落PCR（Colony PCR）可不必提取目的基因DNA，不必酶切鑒定，而是直接以菌體熱解后暴露的DNA為模板進行PCR擴增，省時少力。建議使用載體上的通用引物來篩選陽性克隆。通常利用此pcr的方法進行篩選插入的目的基因或者DNA測序分析。最後的PCR產物大小是載體通用引物之間的片斷大小。
菌落PCR與我們通常的普通DNA的PCR的不同在於，菌落pcr直接以單個菌作為模板。是一種可以快速鑒定菌落是否為含有目的基因的陽性菌落。
標準操作方法：
1.用
高壓滅菌的牙籤或槍頭挑取單個菌落。先在抗性平板上點單
克隆保存（標記），然後置於20ul Triton－x100（或
去離子水）中攪和一下。
2.將裝有20ul Tritonx－100的EP管在100°C下煮2分鐘.
3.取1ul上清為模板，加入PCR體系進行PCR反應，建議PCR體系為20ul。
