水部司,中國古代官署名。隋朝始置,為工部所屬四司之一。
司的長官,隋初稱為侍郎,以員外郎為佐官。
隋煬帝時改為郎與承務郎各一人。唐制以郎中、員外郎為正副長官。水部郎中一人,從五品上;員外郎一人,從六品上,掌渡口、船艫、橋樑、堤堰、溝灘、漁捕、運漕等事宜。所屬有主事二人、令史四人、書令史九人、掌固四人。宋初水部司置判司事一人,以無職事朝官充任,凡川瀆、陂池、溝洫、河渠的政令,先是掌於三司河渠案,後來領於都水監,本司無職掌。
元豐改制,始以郎中、員外郎管理本司事務。司內分六案,置吏十三人。南宋時都水監併入水部司。金元六部不分司,故無水部司。明清改都水清吏司。