菌說

《菌說》的主旨是宣傳思想，批判宗教有神論。文中指出：萬物都由原子組成的。章太炎運用近代生物學的最新成果，詳細闡述了生命現象的開端以及由低級到高級、從簡單到複雜的生物進化序列，指出從無機界到有機界，從低等生物到人類的發展，是一個自然歷史過程。在章太炎看來，萬物都由原子組成。 ”相易相生相摩，漸以化為異物”。生物是“遞變”地從草木進而生蜃蛤水母，再遞進“為甲節，為脊骨，復自魚以至鳥獸而為猿、狙、猩、狒，以至為人”。在探討人類社會進化問題時，章太炎繼承荀子“明分使群”的思想，強調人類群體對環境的能動作用。在此基礎上，章太炎提出了以人力“革天”的思想，強調革命對於社會進化的推動作用。文章還根據進化論思想，論證了人們的主觀努力和團結奮鬥對於國家、民族禦侮圖存具有的重要意義。

《菌說》批評了的中一些宗教觀點，認為譚嗣同把以太混同於佛教的“性海”是錯誤的，因為以太“即傳光氣”，是有形的物質，其實質即是原子，與邈無倪際之“性海”有本質區別。篇中還依據生物進化論，明確地批判了神創論，說：地球上的生物和人類，不是“上帝”創造的，而是自己進化的結果。

《菌說》力圖以近代自然科學知識解釋自然現象，基本傾向於唯物主義。但它強調萬物的進化由決定，也有唯心主義觀點。如《菌說》及《儒術真論》兩篇文章里，就大量地引用佛教義理來說明或強化自己的觀點，據統計，引用的有《寶積》、《圓覺》、《楞嚴》、《涅槃》諸經和《毗婆沙論》等，引文達十二處之多。說明他已逐漸步入佛學的大門。他說：“推萬法窮理盡性，至於本源，則佛教方為決了”，又說：“佛必以空華相喻，庄亦間以死沌為詞，斯其實之不如儒者也。”這些都說明，當時章太炎的思想還是真理與謬誤並存。