小曲酒又稱酒藥，是一種用高粱製成的藥酒，有無葯小曲和葯曲之分。小曲的品種很多，所用藥材亦彼此各異。但其中所含微生物以根霉、毛霉為主。
小曲中的微生物是經過自然選育培養的，並經過曲母接種，使有益微生物大量繁殖，所以不僅含有糖化菌類，同時含有酵母菌類。在小曲酒生產上，小曲兼具糖化及發酵的作用。我國南方氣候溫暖，適宜於採用小曲酒法生產。
小曲酒生產可分為固態發酵和半固態發酵兩種。四川、湖北、雲南、貴州等省大部分採用固態發酵，在箱內糖化后配醅發酵，蒸餾方式如
大麴酒，也採用甑桶。用高粱包穀稻穀原料，它的出酒率較高，但對含有
單寧的野生植物適應性較差。廣東、廣西、福建等省採用半固態發酵，即固態培菌糖化后再進行液態發酵和蒸餾。所用原料以大米為主，製成的酒具獨特的米香。
桂林三花酒是這一類型的代表。此外，尚有大小曲混用的生產方式，如
董酒、
酒鬼酒，但不普遍。
小曲酒的工藝流程：原料→泡糧→蒸糧（裝甑、初蒸、悶水、復蒸）→出甑攤涼、翻糧、加曲加酶、進箱保溫→配糟、出箱、攤涼、混合、入池、發酵→蒸餾。
