大司農司（Administration of National Treasury），中國元朝掌管勸課農桑﹑水利﹑鄉學﹑義倉諸事的中央官署。
至元七年（1270）二月﹐始置司農司﹐以張文謙為司農卿﹐擬定勸農條畫﹐設立四道巡行勸農司﹐每道派出勸農使和副使各一人巡行督促﹑檢查農業生產及應興辦水利等事。仍命各路﹑府﹑州﹑縣管民長官兼理農事﹐用心勸課﹐年終考其勤惰及農事成否﹐申報司農司及戶部﹐作為考核官吏治績優劣的依據之一。同年十二月﹐改為大司農司﹐命御史中丞孛羅兼大司農卿（后升大司農）﹐以重其事﹐增設各道勸農使﹑副使為四員﹐並撥都水監歸大司農司領導。
十年（1273），大司農司官集古今農家之書﹐刪繁摭要﹐編成《
農桑輯要》﹐刊刻進呈。
十四年（1277），大司農司罷﹐以勸農事屬各道提刑按察司兼領﹔在此以前﹐
都水監已改屬工部。
十八年（1281）﹐改立農政院﹐專領武衛屯田。
二十三年（1286）﹐復立大司農司﹐掌全國農桑事﹐分設六道勸農司﹐每道置官四員。同年﹐詔以《農桑輯要》頒行諸路。
二十七年（1290）﹐罷各道勸農司﹐併入按察司﹐有關農桑事申報大司農司﹐糾察事申報御史台。
大司農司秩正二品﹐置大司農﹑大司農卿﹑少卿﹑丞﹑經歷﹑都事等員。
至元三十年（1293）﹐以參政
燕公楠建議﹐置行大司農司於
揚州﹐檢括豪家隱佔的
南宋官田。元貞元年(1295)﹐因所括隱佔田畝數少﹐罷。
