電子克隆

電子克隆（in silico cloning）

選擇資料庫“Nucleotide”，利用blastn程序進行同源性檢索。

從GenBank的核酸（nr）資料庫中檢索已測序列植物的目的基因，獲得目的基因cDNA序列，以該序列為模板對另一種未測序列植物EST資料庫進行BLAST檢索，獲得與之部分同源的EST群，從中選取一條EST作為種子序列BLAST檢索該植物的EST資料庫，將檢出與種子序列同源性較高或有部分重疊的EST序列拼接組裝為重疊群（contig），再以此重疊群序列重複以上BLAST檢索過程，反覆進行EST重疊群序列的拼接和比對，直至檢出所有的重疊EST或重疊群不能繼續延伸，最終獲得未測序列植物基因的cDNA全序列。隨著EST資料庫的進一步完善，電子克隆策略已成為克隆新基因的重要方法，並成功地應用於人類基因組的研究。利用EST資料的電子克隆是克隆功能基因的新途徑，與傳統的基因克隆方法相比，具有快捷、成本低、針對性強等特點，但也受到dbEST的EST數量和質量的限制，因此在EST資料非常豐富的模式物種（如人、鼠等）中應用較多。在實際應用中，以模式物種某一已知基因序列為起點，結合目標物種EST資料庫，採用現代生物信息學及實驗驗證相結合的技術方法，尤其是通過同源性比較完全有可能快速篩選到一些具有重要功能的基因。