上游引物

上游引物

上游引物是DNA分子兩端不一樣,因為核苷酸分子不是對稱的,5'位有個磷酸,3'位是-OH,也就是:磷酸端和羥基端。DNA複製總是從5’端到3’端,因為DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以誰先複製誰就是上游,往後的就是下游,上游下游是個相對概念,是某一個序列/鹼基相對於另一個序列/鹼基而言。

基本介紹


引物Primer)在聚合作用的起始時,可以刺激合成另一種大分子,並與反應物以共價鍵形式連接的序列。在核酸化學中,引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段,可結合在核酸鏈上與之互補的區域,其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點,核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設計的引物被廣泛用於聚合酶鏈反應、測序和探針合成等。
DNA是雙鏈,兩個鏈是反向平行的,DNA聚合酶順著其中一個鏈走,這個鏈就是負鏈,另一個鏈是反著一段一段複製的,這個是正鏈
所以上游引物就是位於整個擴增子(就是被擴增的目的序列)的5’端的引物。同DNA負鏈互補,同正鏈序列相同。
註:基因正鏈=有義鏈=編碼鏈,基因負鏈=反義鏈=模板鏈。
現在我們已經知道3‘——5’這條鏈為正鏈,其引物為反向引物(又稱為反義鏈引物(antisense))。同樣,互補鏈5‘——3’為負鏈,5‘——3'這條鏈的引物就叫做正向引物(又稱為有義鏈引物(sense))。