上游引物

引物（Primer）在聚合作用的起始時，可以刺激合成另一種大分子，並與反應物以共價鍵形式連接的序列。在核酸化學中，引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段，可結合在核酸鏈上與之互補的區域，其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點，核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。體外人工設計的引物被廣泛用於聚合酶鏈反應、測序和探針合成等。

DNA是雙鏈，兩個鏈是反向平行的，DNA聚合酶順著其中一個鏈走，這個鏈就是負鏈，另一個鏈是反著一段一段複製的，這個是正鏈。

所以上游引物就是位於整個擴增子（就是被擴增的目的序列）的5’端的引物。同DNA負鏈互補，同正鏈序列相同。

註：基因正鏈=有義鏈=編碼鏈，基因負鏈=反義鏈=模板鏈。

現在我們已經知道3‘——5’這條鏈為正鏈，其引物為反向引物（又稱為反義鏈引物（antisense））。同樣，互補鏈5‘——3’為負鏈，5‘——3'這條鏈的引物就叫做正向引物（又稱為有義鏈引物（sense））。