南北朝

后醍醐天皇消滅了鎌倉幕府后，進行了第一次的王政復古，推行新政，史稱建武新政。由於新政未能滿足武士的要求，而且僅僅重用京都的公卿貴族，故引來武士不滿。其中倒幕大將足利尊氏更為不滿，他雖然被賜予天皇名字中的尊字，但他有意開幕府，而後足利尊氏迫后醍醐天皇退位，並立持明院統之光明天皇。光明天皇策封他為征夷大將軍，建立室町幕府，是為北朝之始。而後醍醐天皇被迫退位後設法逃出，持著天皇象徵的三神器退往大和（今奈良縣）的吉野，是為南朝，至此南北朝終於形成，史書還稱為“一天二帝南北京”。

經過多次攻防后，南朝勢力衰退，終於南朝天皇把三神器交給北朝天皇，結束了南北朝時代。

直至20世紀初期幸德秋水提出當時明治天皇的正統性問題，明治天皇最後作出結論：以南朝天皇為日本的正統，北朝天皇保留名號，但不列入正統。

註：北朝第一位天皇為光嚴天皇，但光嚴即位時尚為鎌倉時代。