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三九集團組建於1991年12月，由原國家經貿委、中國人民解放軍總後勤部批准成立，其前身是總後勤部所屬企業深圳南方製藥廠。集團以醫藥為主營業務，以中藥製造為核心，同時還涉及工程、房地產等領域。目前，集團擁有上市公司“三九醫藥”以及20多家通過GMP認證的醫藥生產企業，擁有近1000個中西藥產品和覆蓋全國的醫藥銷售網路。並已建成國家級企業技術中心，部分項目列入國家“863”計劃，曾多次獲國家及省部級技術進步獎項。2007年12月，三九企業集團經國務院批准併入華潤（集團）有限公司成為其全資子企業，從此從國務院國資委履行出資人職責的央企退出。