Edman降解

N末端氨基酸殘基被異硫氰酸苯酯修飾，然後從多肽鏈上切下修飾的殘基，再經層析鑒定，餘下的多肽鏈（少了一個殘基）被回收再進行下一輪降解循環。

用異硫氰酸苯酯（PITC）與待分析多肽的N-端氨基在鹼性條件下反應，生成苯氨基硫代甲醯胺（PTC）的衍生物，然後用酸處理，關環，肽鏈N-端被選擇性地切斷，得到N-端氨基酸殘基的噻唑啉酮苯胺衍生物。接著用有機溶劑將該衍生物萃取出來，酸作用下，該衍生物不穩定，會繼續反應，形成一個穩定的苯基乙內醯硫脲（PTH）衍生物。餘下肽鏈中的醯胺鍵不受影響。通過用HPLC或電泳法分析生成的苯乙內醯硫脲（PTH-氨基酸），可以鑒定出是哪一個氨基酸。每反應一次，結果是得到一個去掉N-端氨基酸殘基的多肽，剩下的肽鏈可以進入下一個循環，繼續發生降解。

以上方法已經可以自動化。用根據此原理設計出的自動分析儀進行分析時，能夠可靠地測定肽鏈的30個左右氨基酸殘基序列，最多可以分析50-60個氨基酸殘基。在最好的條件下，每形成一次PTH-氨基酸，效率可保持在99%以上。而且此法用量少，一般只用10-100皮摩爾的多肽即可測定氨基酸序列。對於肽鏈較長的多肽，可以先將肽鏈切斷成多個小肽，對這些小肽進行氨基酸分析，然後將這些信息拼接起來，得到起始肽鏈中的氨基酸序列。

由於Edman降解是以化學試劑對N-端氨基的修飾為基礎的，因此當N-端被其他化學基團所封閉時，就需要先去除這些基團，然後才能進行測序。此外，蛋白質中含有半胱氨酸殘基時，有時兩個半胱氨酸殘基會發生二硫鍵交聯。這種情況下，需要先用過酸將二硫鍵氧化為–SO3H，然後才能用Edman降解測定序列。