基因毒性，是指污染物能直接或間接損傷細胞DNA，產生致突變和致癌作用的程度。環境中某些污染物具有基因毒性，例如，多環芳烴中的苯並芘，可致突變。使原癌基因和腫瘤抑制基因發生改變。許多化療藥物也具基因毒性，它們的不良反應是由化療藥物對正常細胞的基因毒性所致，如順鉬、卡鉑、氟尿嘧啶等。
如香煙煙霧中的苯並芘具有基因毒性（genotoxic）。這種物質可致突變，可使原癌基因（proto-oncogenes）和腫瘤抑制基因（genes）發生改變。
許多化學治療（chemotherapy）藥物也具基因毒性。例如
順鉑、卡鉑、
阿黴素。這些藥物通過破壞DNA和阻止細胞分裂將癌細胞殺死。許多抗癌治療的不良反應是基因毒性藥物對正常細胞的毒性影響所致。