屯門碼頭

早在1920年代，油麻地小輪曾經開辦一條由中環往大澳的渡輪航線，途中經青衣、荃灣、汀九、青山灣等地。但航線較迂迴，航程需2至3個小時，而且每天只開一班。此航線乃屯門最早到港島的交通。

屯門新市鎮落成后，對交通的需求十分殷切。為舒緩屯門公路的負擔，小輪公司看準屯門至港島的需求，於1981年10月19日從該航線中分拆出新線，往來中環至屯門，全線採用水翼船行走，每天早上至傍晚提供服務；而香港政府先於1981年於友愛邨的南面（即現時豐景園附近）興建臨時碼頭，香港政府及后決定於蝴蝶灣一個永久渡輪碼頭，並於1986年11月落成啟用。初期碼頭提供往中環之飛翔船服務，往中環僅需40分鐘，受到當地居民的歡迎。更成為新界航線中最多客量及營收最高的一條，因此到後期不但增設雙體船服務，更增添屯門至灣仔，以及中環至黃金海岸的航線。1991年，屯門區的地區人士已倡議在屯門碼頭開辦澳門航線，但當時政府以碼頭空間不足、投資額過高，以及當時跨境碼頭未達飽和等原因拒絕建議。

然而，隨著中環碼頭搬遷，加上1997年西區海底隧道落成后，途經西區海底隧道往香港島的九巴960線（來往屯門建生邨至灣仔碼頭，經良景、大興、屯門市中心、屯門公路、汀九大橋、長青隧道、西九龍快速公路、上環、中環及金鐘）及過海隧道巴士961線（來往山景邨至灣仔會展，經屯門大會堂、安定友愛商場、海典軒、屯門公路、汀九大橋、長青隧道、西九龍快速公路、上環、中區、金鐘）投入服務后，大大縮減來往屯門及香港島的時間，而且收費較渡輪低廉（當時渡輪的收費是港幣20多元，而且未包括轉乘輕鐵的費用），再加上毋須轉車的方便，故此搶去絕大部份渡輪乘客，導致香港小輪於1999年4月1日起改由信德船務接辦，不過客運量未有改善。

另外城巴過海隧道巴士962線系路線（往來屯門南部至香港島）於1998年上半年的開辦，令渡輪的客量更雪上加霜，最後支持不住，航線最終於2000年7月永久停航，接近80年的屯門至中環的渡輪服務歷史正式劃上句號。

愉景灣航運也曾經在此開辦來往赤鱲角碼頭及東涌發展碼頭的航線，後於2003年停航並由新渡輪接辦，於2004年因赤臘角碼頭停用而改為東涌來往屯門，並於2008年停辦。

新渡輪也曾經在此開辦來往屯門、東涌、沙螺灣、大澳之渡輪服務的航線，後於2008年改由富裕小輪迎辨，同時改由慧豐園公眾碼頭上落。

2009年3月23日，富裕小輪營運的屯門往來東涌航線改由屯門碼頭上落。

屯門碼頭東面泊位原為新世界第一渡輪開辦的屯門往來東涌的渡輪服務，由於嚴重虧蝕，因此已於2008年7月1日起停辦，同年9月16日起由富裕小輪原有屯門至大澳（經東涌、沙螺灣）航線加開屯門至東涌直航班次提供。其餘3個則為西北航運往來珠海九洲港（已停航）及深圳蛇口的跨境渡輪服務。

2003年，香港政府決定發展屯門碼頭成為香港第三個跨境碼頭，並於年底公開招標，最後由西北航運投得，初期會開辦往澳門之航線，長遠則擴展至珠江三角洲。而碼頭的改建工程經過多番延誤后，最終於2005年6月23日正式開始，並預計於2006年3月完成。屆時碼頭將會有3個泊位，每小時可處理800名過境旅客。

2003年，香港政府終於決定將屯門碼頭髮展成為香港第3個跨境碼頭，並於年底公開招標，最後由西北航運投得，原計劃開辦往澳門航線，但澳門特別行政區政府港務局基於外港碼頭泊位不吹等技術和安全考慮，否決該項申請。由於申請不獲批准，承辦商西北航運改辦至珠海九洲港的海上客運航線服務。該碼頭長遠計劃是把航線則擴展至珠江三角洲，亦堅持要成功開辦澳門航線。

而碼頭的改建工程經過多番延誤后，最終於2005年6月23日正式開始，並於2006年9月初完成，2006年11月3日開幕，11月4日正式啟航。跨境碼頭有3個泊位，每小時可處理800名過境旅客。

上市公司九洲發展與母公司九州港務分別持有49%及51%的珠海高速客輪，與另一上市公司奧瑪仕控股姊妹公司西北航運結成聯盟，並於11月4日開辦來往屯門至珠海九州港航線。九洲發展已斥資4,000萬元為該航線添置兩艘高速客輪“海弛”、“海琨”及提供船員，而西北航運則負責投資碼頭配套。珠海高速客輪計劃再斥資4,000萬元購入兩艘高速客輪，以應付未來屯門至澳門航線的需求。

2007年6月15日，西北航運再增添一絛由屯門往來蛇口的航線。

但在2007年10月10日，西北航運宣佈於10月11日起暫停營運往返屯門至珠海的航線，直至另行通知為止。而往來屯門與蛇口之渡輪服務，則維持不變。

2016年9月15日，重新營運屯門往珠海九州港航線，但中途繞經香港國際機場，耗時1小時45分鐘。

在屯門碼頭旁邊的海翠花園地面層，是一個公共交通交匯處，內有巴士及輕鐵總站。

59A 屯門碼頭 ↔ 深水埗（欽州街）

59M 屯門碼頭 ↔ 荃灣鐵路站59S 屯門碼頭 → 旺角（西洋菜街）只限平日黎明時分特別班次

59X 屯門碼頭 ↔ 旺角東鐵路站

259B 屯門碼頭 ↔ 九龍鐵路站 只限平日繁忙時間服務

N260 屯門碼頭 ↔ 美孚 通宵服務

B3 屯門碼頭 ↔ 深圳灣口岸

506 屯門碼頭 ↺ 友愛

A73 天富 ↔ 屯門碼頭 只限平日和假日繁忙時間服務

K52 屯門站 ↔ 龍鼓灘

44 屯門碼頭 ↔ 上水站

44B 落馬洲轉車站 ↺ 屯門碼頭

44B1 落馬洲管制站 ↺ 屯門碼頭 通宵服務

47S 屯門碼頭 ↔ 旺角（弼街）通宵服務（註：各專線小巴在湖翠路上落）

輕鐵的屯門碼頭總站，代號001，屬單程車票第1收費區，共有6條輕鐵路線在此站為總點站，包括:507 屯門碼頭總站 ↔ 田景（經市中心站）

610 屯門碼頭總站 ↔ 元朗總站（經大興、澤豐）

614 屯門碼頭總站 ↔ 元朗總站（經市中心站、杯渡站）

614P 屯門碼頭總站 ↔ 兆康

615 屯門碼頭總站 ↔ 元朗總站（經良景、建生）

615P 屯門碼頭總站 ↔ 兆康