寺田屋事件

1866年3月9日凌晨2時，下榻於京都伏見寺田屋的坂本龍馬和長州藩士三吉慎藏被德川幕府伏見奉行林忠交麾下的30名巡捕包圍，正在洗澡的坂本龍馬的愛人楢崎龍（阿龍）及時注意到這個狀況，裸體跑到二樓的坂本龍馬住所通風報信。巡捕們在接近坂本龍馬時高呼：“這是肥后守（林忠交）的命令！”坂本龍馬則謊稱：“我是薩摩藩士！”但巡捕們並不吃他這一套。於是坂本龍馬拿出從高杉晉作那裡得到的左輪手槍，與三吉慎藏一起自衛，打死巡捕兩人，打傷多人，在衝突過程中，坂本龍馬拿槍的手被巡捕的刀所砍，左右大拇指都受傷，便說自己不能裝彈了，於是三吉慎藏用槍拚命抵抗，楢崎龍則趁機躲進後門的腌菜缸，好不容易才從後門逃出生天，一路狂奔，藏身於材木屋裡。三吉慎藏打算切腹，被坂本龍馬阻止，並請求他去伏見薩摩藩邸求援。薩摩藩邸的留守居役大山彥八帶著3名藩士乘船去救坂本龍馬，坂本龍馬才得以脫離險境。他們馬上向京都的西鄉隆盛報告，吉井幸輔騎快馬來伏見協調事情，西鄉隆盛則派軍醫但當治療並警護藩邸。

次日，薩摩藩邸拒絕了伏見奉行對坂本龍馬的引渡要求。

對於該事件，有人說新撰組所為，但這不過是因為把伏見奉行的官位“肥后守”誤認為是京都守護松平容保（松平肥后守）而聯想到其管理下的新撰組而已。雖然現今都知道這是錯誤的說法，但還是有些書籍沿襲舊說，說是新撰組乾的。根據《三吉慎藏日記抄》，他和坂本龍馬在伏見每次遭新撰組盤問時都能無事通過，毫無被懷疑的跡象。伏見奉行行動的理由似乎是聽說欺騙薩摩藩士的不逞浪人在寺田屋。

事後，坂本龍馬先從伏見藩邸移居京都藩邸，但後來又回到伏見藩邸，並從大阪坐船去薩摩。在西鄉隆盛的幫助下，他在此後一段時間內一邊溫泉療養一邊潛伏，並與楢崎龍正式結為連理。儘管如此，他還是沒能逃過劫數，在1867年12月10日的近江屋事件中被暗殺。近江屋事件的一個參與者京都見回組成員今井信郎在明治政府審訊時供述，因為坂本龍馬在寺田屋事件中殺了兩人後逃走，所以他們才要暗殺坂本龍馬以執行對殺人逃犯的處決，如此言如屬實，則可以說寺田屋事件間接導致了坂本龍馬被暗殺。