中國科學院基礎科學局

組織編製院基礎科學研究發展規劃，歸口管理大科學工程；預測數學、天文學和物質科學的發展趨勢，協同本院有關單位編製重點學科領域發展計劃；組織協調院屬有關單位參與本業務領域內國家重大科研任務和大科學工程項目的競爭立項；組織實施本業務領域內院重大科研任務、重要科研基地的規劃、立項、招標、監督、評價和驗收；協助本業務領域內的研究所進行學科發展方向的調整和重點學科帶頭人的遴選。

數學與系統科學研究院：數學研究所，應用數學研究所，系統科學研究所，計算數學與科學工程計算研究所；

力學研究所

國家天文台：雲南天文台，烏魯木齊天文台，南京天光所，長春人造衛星觀測站；

上海天文台；

紫金山天文台；

國家授時中心；

物理研究所；

理論物理研究所；

合肥物質科學研究院：固體物理研究所，安徽光學精密機械研究所，等離子體物理研究所；

智能機械研究所；

武漢物理與數學所；

化學研究所；

福建物質結構研究所；

理化技術研究所；

國家納米科學中心；

高能物理研究所；

上海應用物理研究所；

近代物理研究所；

中國科技大學(相關院系)；

中國科學院研究生院(相關院系)。