九段沙
長江口最年輕的河口沙洲
九段沙，即上海九段沙濕地，位於長江口外南北槽之間的攔門沙河段，地處東經121°46’～122°15’、北緯31°03’～31°17’之間。東西長46.3公里、南北寬25.9公里。
九段沙濕地由上沙、中沙、下沙、江亞南沙及附近淺水水域組成。東瀕東海，西接長江，西南、西北分別與浦東、橫沙島隔水相望，總面積約420.2平方公里。受海洋氣候和大陸氣候雙重影響，季風盛行，雨量充沛，日照充足，四季分明。2000年3月6日，市政府批准建立了九段沙濕地自然保護區，后又成立了九段沙濕地自然保護區管理署。
九段沙，是中國上海市外海的一座沙洲，位於長江河口外南北兩槽中，由長江攜帶入海的泥沙受到東海海潮的頂托影響而淤積而成，總面積423.2平方公里，其中海拔0米以上的面積154平方公里，屬浦東新區管轄，建有九段沙濕地自然保護區。九段沙在1950年代開始出水，分為上沙，中沙，下沙，江亞南沙等部分。1990年代后，由於浦東國際機場建設於東海海濱，為減少對候鳥的生態影響，保障航班的飛行安全，上海市在九段沙進行了種青引鳥的生態工程，栽種了大量蘆葦和互花米草。九段沙逐漸成為上海乃至長三角地區的重要生態屏障。九段沙的環境亦已遭到威脅，原引種的互花米草大量繁殖，致使原生的海三棱藨草遭到排擠，濕地的生物多樣性被破壞，生態功能衰退。另外，由於長江水體污染日益嚴重，九段沙部分地區的水質已經惡化。2000年3月8日，上海市人民政府批准建立“上海市九段沙濕地自然保護區”，同年8月8日，上海市九段沙濕地自然保護區管理署成立。2003年9月29日，上海市人民政府頒布《上海市九段沙濕地自然保護區管理辦法》。2005年7月23日，國務院批准建立“上海九段沙濕地國家級自然保護區”。
上海九段沙濕地自然保護區位於長江口外南側水道的南北槽之間的攔門沙河段，其範圍包括已露出水面（平均高潮位以上）的陸地（九段上沙和九段中沙一部分）和尚未露出水面的水下陰沙（九段中、下沙和江亞南沙）及水下淺灘（至-6m等深線，理論深度基準面，以下同），也就是31.05°~31.29°N，121.77°~122.25°E。保護區東西長46.3公里，南北寬25.9公里（圖1.1）。
九段沙濕地自然保護區北以長江口深水航道南導堤中線為界，東以-6m線為界，南以長江南槽航道北線為界，西（江亞南沙）以-6m線為界。自然保護區總面積為423.2平方千米。
九段沙是目前長江口最靠外海的一個河口沙洲，也是長江口最年輕的河口沙洲。它是現代長江河口攔門沙系的組成部分，是在長江徑流和潮流兩個完全不同水體頻繁的相互作用下，由長江流域來沙在該地區淤積而成。九段沙形成時間不長，僅有50年左右的歷史。
九段沙的前身 公元1842年前，長江南支河段的下段5m等深線尚未分汊，其北港和南港之間的銅沙淺灘是動力相對較弱的緩流區，它包括現橫沙島，橫沙東灘和九段沙的前身。1880年橫沙島經人工圍墾成陸，而在橫沙島的東側存在著廣闊的水下淺灘，九段沙原來是橫沙東灘的組成部分之一。橫沙東灘被長江口北槽串溝切開后，到40年代中期，被切割出來的那部分逐漸淤漲形成三個比較明顯的水下陰沙，這就是九段沙的雛形。
九段沙的演變 長江口北槽串溝經歷40年的強烈沖刷不斷擴大。1949年和1954年的特大洪水使5m深槽貫穿整個串溝形成北槽，九段沙開始作為一個獨立的沙體，成為長江口南北槽的分流沙洲。1961年，九段沙0m等深線已較明顯地分為九段上沙、九段中沙和九段下沙三個沙體。進入七十年代以後，九段沙已基本成型，其位置也相對穩定，但九段中、下沙沙體逐漸連成一體。另外，九段沙中、下沙體南北寬度和東西長度都明顯增大。進入八十年代，九段沙的上沙和中、下沙的北側均因北槽的發展而遭到侵蝕。同時，長江南邊灘受落潮流的切割作用，而逐漸加深加寬形成新的南槽。1986年，新形成的南槽代替老南槽，江亞南沙真正脫離長江南邊。江亞南沙的形成使長江口又多了一個水下沙洲。根據對江亞南沙形成和發展趨勢的研究，它必將與九段沙連成一體。1995年以後，九段沙形態上無多大變化，九段沙的形態演變的趨勢逐漸穩定。
1998年，長江口深水航道一期整治工程開始進行。同時，在九段沙的北側建造了10km長的南導堤，促使九段上沙頭0m等深線向上推移2km，加速了導堤南側九段沙的淤積，並造成九段上沙和中、下沙之間的深泓消亡。隨著泥沙在九段沙的淤積，九段沙在未來將成為長江口的第三代崇明島。
九段沙濕地位於北亞熱帶，受海洋氣候和大陸氣候的影響，季風盛行，溫和濕潤，雨量充沛，日照充足，四季分明。九段沙濕地3月中旬到6月上旬為春季；6月中旬到9月下旬為夏季；10月上旬到11月中旬為秋季，11月下旬到次年3月為冬季。冬夏兩季較長，春秋兩季較短，冬季多吹西北風，夏季多東南風，秋冬寒冷乾燥，春夏暖熱多雨。
氣溫 九段沙附近橫沙站的年均氣溫15.7℃，1月最低，平均4.2℃，極端最低溫度為-7.7℃，7月最高，平均27.3℃，極端最高溫度為36.6℃，無霜期254天。
光照 光照充足，橫沙站1980~1989年的年日照時數為1798hr，佔全年日照時數的41%，平均輻射量為362.7MJ/m2。
降水 年均降水量約1145mm，一年中夏季降水量最大，為480.2mm；降水量最小為冬季，為100.8mm。4~9月平均降水量一般大於100mm。冬季雖有降雪，但無積雪現象。
風況 九段沙位於長江口口門的南部，地處北亞熱帶邊緣，屬東亞季風盛行區。風向的季節性變化十分明顯。夏季盛行偏南風，冬季盛行偏北風，春秋季為過渡季節。由於春夏季節局部對流天氣頻發，夏秋多受颱風影響，秋冬季則常有寒潮、冷空氣侵襲，因此九段沙區域全年各月皆可能出現大風。多年平均風速為3.7~4.0m/s。
暴雨、霧和雷暴 九段沙附近平均每年有6~8次暴雨，出現機率最多的時期為6月下旬至9月中旬。長江口區域的霧較陸上多。1980~1989年10年間共出現各類霧859次，平均每年85.9次。雷暴多發生在6~8月，年均達21.4次。
冷空氣 在1980~1989年間冷空氣入侵九段沙區域181次，其中強冷和寒潮次數分別為42次和12次。
熱帶氣旋（颱風） 1960~1989年影響長江口及鄰近海域的熱帶氣旋共有201次，平均每年3.4次。熱帶氣旋影響主要集中在7~9月。颱風入侵帶來的暴雨、風暴潮、大浪對九段沙的岸灘造成了強烈的沖刷作用。
沉積 九段沙位於長江河口攔門沙河段，主要是泥沙的淤積，形成了上沙、中沙和下沙三個主要沙洲和江亞南沙陰沙。根據九段沙不同區域的環境特徵和沉積物分佈，九段沙沉積物有細沙、粉砂質細砂、砂質粉砂、粉砂和粘土質粉砂等多種類型。九段沙的沉積泥沙一般以細顆粒為主，潮灘沉積物具有明顯的沉積分帶現象，由高潮灘到中潮灘、低潮灘、潮下灘，隨著水動力強度的增強，沉積物的粒徑由小變大，粘土粒級由多變少，而粉砂和細砂粒級由少變多。九段沙潮灘沉積物在垂直方向上的變化為自上而下，由細變粗。
九段沙屬於河口沙洲，海拔高度2.5~3.5m。根據地勢高低，其地貌形態可以劃分為高潮灘、中潮灘、低潮灘和水下淺灘。微地貌形態可以分為規模不等的潮溝構成的近輻射狀的退潮排水系統和沙洲中部的沼澤性淺窪地，而沙洲邊緣的灘地則因漲潮流和落潮流的沖淤作用不同，微地貌形態也有差異。
潮溝 潮溝是潮汐進入和退出沙洲的水流通道，其形成、發展和消亡的過程受到沙洲的地形、高程的變化和潮汐攜帶的泥沙數量的變化的影響。
窪地 在沙洲中部存在沼澤性的淺窪地，淤泥最大深度可達0.6m以上。
灘地 沙洲邊緣的灘地受周圍漲落潮水流的水動力條件和含沙量變化的影響。在上沙的東邊和南邊灘質地較為堅實；而北邊和西邊在侵蝕岸的陡坡。中沙的北邊灘地也是侵蝕岸，東邊向西南方向淤漲出一大片光灘。下沙的北面在低潮灘的部位也為大面積的淤泥灘。
九段沙是新生的河口沙洲，受氣候、成土母質、水文泥沙條件和植被等因素綜合影響，形成了發育過程短，成土過程原始的土壤種類。九段沙的土壤可以分為濱海鹽土類和潮土類兩大類型。
濱海鹽土類 濱海鹽土類是在成土過程中深受海水的長期浸漬，土體具有以氯化物為主的鹽漬層。九段沙的濱海鹽土分為潮灘鹽土和沼澤潮灘鹽土兩個亞類。潮灘鹽土亞類分佈於中、下沙的低潮灘；沼澤潮灘鹽土亞類主要分佈於中潮灘。
潮土類 潮土土類在九段沙有潮灘潮土亞類、沼澤潮灘潮土亞類和灰潮土亞類三個亞類。潮灘潮土亞類分佈於中、下沙的低潮灘，沼澤潮灘潮土亞類主要分佈於中潮灘，灰潮土亞類主要分佈於高潮灘。
九段沙地處長江口口外海濱江、海交接帶，它是在河流和海洋兩大動力交互作用下，由長江挾帶的泥沙沉積而成。徑流、潮汐、潮流和波浪是九段沙區域的主要動力。由於徑流和輸沙的洪枯季變化、潮汐和潮流的周期性變化、波浪的季節性變化及其隨機性，使該水域的水文要素複雜多變，呈現出潮汐河口特有的水文特徵。
九段沙水文主要受長江水流和潮汐、風暴潮控制。九段沙附近屬非正規半日淺海潮，平均潮差2.67m，最大潮差4.62m。年均水溫（高橋站）17.3℃，8月最高，平均28.9℃，極端最高33.1℃，2月最低，5.6℃，極端最低2.0℃。
九段沙上承長江來水來沙，下受海潮作用，水動力條件非常複雜。長江多年平均含沙量為0.518kg/m3，大海年平均輸沙量為4.86×108 t。巨大的泥沙入海量除了部分沉積於河口，為各大沙島的形成提供豐富的物質來源之外，其餘的在波浪、潮流的作用下，向口門外擴散、沉積。長江口附近的波浪以風浪為主，浪向頻率與風向頻率基本一致，季節性變化十分明顯。九段沙的沉積泥沙一般以細顆粒為主。由於潮灘的各地貌單元部位和水動力條件的差異，潮灘沉積物具有明顯的沉積分帶現象。
九段沙水域的鹽度受長江水情影響。枯水季節（12月）被高鹽度鹹水控制，豐水季節（8月）主要受淡水控制。九段沙西部以長江水影響為主，而東部受海水的影響大。
九段沙水體的溶解氧、高錳酸鉀指數、氨氮、硝酸鹽、氮、油類、揮發酚、鉛、銅、鎘、汞、鉻等指數符合國家海水一類水質標準。磷酸鹽含量變化較大，上沙、中沙有輕度磷酸鹽污染，下沙東部磷酸鹽污染較重。另外，該水域受到一定程度的錳、鐵污染。總的來說，除河口常見的營養鹽污染外，九段沙附近水域的水質環境條件目前尚未受到嚴重污染，還保持著較好的水質環境條件。
底質 對九段沙及其周邊水域底質中重金屬元素和相關項目的檢測包括銅、鉛、鋅、鎘、鉻、汞、砷、石油類、硫化物、有機質十個項目。結果表明，除其中有機質含量超過第三類污染標準和鉻有25%超標外，其餘諸項均在底質第一類標準範圍之內。這表明九段沙的底質保持良好的環境狀況。
九段沙及附近水域共記錄到藻類植物118種及變種，隸屬於7門57屬。其中種類最多的是硅藻門，有37屬85種，佔總數的72.0%；其次是綠藻門，有9屬18種，佔總數的15.3%；藍藻門7屬7種，佔5.9%。本次調查共記錄到藻類植物102種及變種，隸屬於5門47屬。其中種類最多的是硅藻門，有30屬76種，佔總數的74.5%；其次是綠藻門，有8屬17種，佔總數的16.7%；藍藻門5屬5種，佔4.9%；甲藻門3屬3種，佔2.9%；金藻門1屬1種，佔1.0%。九段沙的藻類資源具以下特點：
硅藻是浮游植物主要類群 九段沙周圍水域的浮遊藻類以硅藻為主，無論是種類還是生物量都呈絕對的優勢。從種類上看，在102個分類單位中，硅藻佔74.5%，從生物量上看，硅藻平均佔94.69%；從常見種類上看，除綠藻門的單角盤星藻以外，其餘都是硅藻門的成員。
海生種類多、淡水種少 九段沙周圍水域的浮遊藻類的種類以普生海洋及沿岸浮遊硅藻為主，在常見硅藻種類中，除顆粒直鏈藻及其變種以外，都是海生種類，尤其是廣鹽性、廣溫性分佈的中肋骨條藻最多，是九段沙周圍水域的優勢種。淡水種類只有硅藻門的顆粒直鏈藻及其變種、綠藻門的單角盤星藻及其變種比較常見以外，其餘種類都比較少見或偶然見到。
種類數和個體數偏少 雖然在九段沙周圍水域見到的浮游植物有100多種，但大部分種是很少見的，許多種類是來自長江淡水或隨潮水來自海洋，它們在該水域難以長久生存，只是尚未死亡的殘留個體，所以真正能在該水域正常生活得的浮游植物的種類並不多；另一方面，在同一水團中浮遊3植物的種類數也較少的，平均生物量為17.13×104個/L，而相似營養程度海洋浮游生物的生物量和淡水中的浮游生物量都要高於這個數字。
九段沙的植物資源具有以下特點：一、種類和群落類型少，九段沙成陸時間很短，各植物群落都處於形成、發展、演替的最初階段；二、快速演替，長江帶來的大量泥沙在九段沙淤積，使得九段沙灘塗快速發育，加上適宜的環境條件，使九段沙植物區系和植被不斷快速演替；三、自然性，九段沙人類干擾極少，除中沙部分區域有人為種植的互花米草外，大部分區域的植被演替都在自然狀況下進行；四、植被結構簡單性，由於九段沙的自然地理條件及其原生性、自然性等特徵，造成了九段沙植被結構極為簡單。
植物區系 九段沙自然保護區內共有高等植物17種，均為被子植物，分屬7科15屬，其中雙子葉植物3科3屬3種，單子葉植物4科12屬14種。根據《中國植被》的植被區劃，九段沙應屬於亞熱帶常綠落葉闊葉林區域、東部（濕潤）常綠闊葉林亞區域、北亞熱帶常綠、落葉闊葉混交林地帶、江、淮平原、栽培植被、水生植被區。九段沙植被地帶性不明顯，均為隱域性成分。
植被類型 參照《中國植被》1980年的分類方法，本區植被分為1個植被型組（A）、1個植被型（B）、3個群系（C），在主要的群系內劃分群叢（D）。
九段沙植被面積為3239.06hm2，其中中國特有種海三棱藨草群落面積2591.47hm2，是中國最大的分佈區。九段沙植被生物量約為1.00×108kg。如今九段沙植被發育迅速，植被面積正以每年210 hm2的速度增長。
九段沙區域記錄到的浮遊動物有110種，其中橈足類54種，枝角類34種，原生動物4種，輪蟲4種，毛顎類3種，十足目4種，糠蝦目1種。浮遊動物主要為甲殼動物橈足類，常見種有火腿許水蚤、中華哲水蚤、中華窄腹劍水蚤、蟲肢歪水蚤、中華胸刺水蚤、真刺唇角水蚤、湯匙華哲水蚤、廣布中劍水蚤、中華原鏢水蚤和近鄰劍水蚤。另外，糠蝦、中國毛蝦和晶囊輪蟲。也在監測的水域內有分佈。
九段沙濕地自然保護區位於長江口羽狀鋒區和最大渾濁帶水域，其浮遊動物的種類組成、優勢種、群落結構、生物數量分佈和季節變化情況與附近水域一樣，受到長江水流和東海潮流的控制，具有典型的河口濕地物種的特徵。九段沙浮遊動物資源狀況與河口水文條件、浮游植物狀況、漁業資源的開發利用以及河口環境污染等具有密切的關係，是長江河口濕地生態系統環境狀況的重要指標性物種，對濕地生態環境狀況監測具有重要的意義。
本次考察，在九段沙濕地自然保護區共記錄到底棲動物130種，涵蓋了已發現的長江河口濕地中的大型與小型底棲動物的98%。底棲動物資源具有以下特點：
具有長江河口濕地底棲動物的典型代表性 按分佈區域劃分，在上沙記錄到潮間帶大型底棲動物18種，中沙23種，下沙22種。數量以下沙最為豐富，達到每平方米6291個。物種排列丰度曲線表明中沙與下沙物種多樣性沒有顯著差異，但它們的多樣性均高於上沙。各沙洲潮間帶大型底棲動物數量與種類均以軟體動物最多，甲殼動物次之，接著為環節動物。儘管保護區底棲動物的物種種類較少，但是卻具有很高的密度。其組成和特點反映了長江河口濕地底棲動物生物多樣性的特徵，具有長江河口濕地底棲動物的典型代表性。
大型底棲動物的多樣性高於崇明東灘 按生境類型劃分，在藻類鹽漬帶記錄到大型底棲動物10種，海三棱藨草帶（稀）記錄到17種，海三棱藨草帶（密）記錄到22種，互花米草群落中記錄到21種，蘆葦群落中記錄到11種。藻類鹽漬帶與蘆葦群落的大型底棲動物的生物多樣性比其它三種生境低。自然保護區大型底棲動物物種數、密度、各項α生物多樣性指數以及軟體動物的密度受到生境特徵的顯著影響。對九段沙和崇明東灘潮間帶大型底棲動物生物多樣性的比較表明，九段沙大型底棲動物的生物多樣性要高於崇明東灘（種類多，密度大）。
對長江口底棲動物資源的可持續利用具有十分重要的意義 底棲動物作為生態系統中的次級生產者，為魚類、鳥類、大型無脊椎動物等提供了豐富的食物資源。自然保護區是中華絨螯蟹長江種群的產卵場所，同時又地處主要漁業對象安氏白蝦和脊尾白蝦的核心區，三疣梭子蟹的重要棲息場所。該區域幾乎涵蓋了長江口全部主要經濟無脊椎底棲動物，並地處這些底棲動物分佈的核心位置。
可見，上海九段沙濕地自然保護區是目前長江口濕地中底棲動物生物多樣性最具原生性的地點，該自然保護區的建立對長江口底棲動物資源的可持續利用具有十分重要的意義。
根據多次調查統計，上海九段沙濕地自然保護區記錄到的鳥類共計9目21科113種。其中以鴴形目和雀形目的鳥類為主，分別占種類總數的31.9%和31.0%。主要鳥類生態類群包括涉禽、游禽、鳴禽等。其中有8種國家二級保護鳥類，有6種鳥類被列入中國瀕危動物紅皮書。根據九段沙的植被狀況和自然環境特徵，鳥類棲息地可分為蘆葦群落、海三棱藨草群落、互花米草群落、光灘和水域五種類型。其中光灘和水域是濕地鳥類最重要的棲息地。
鳥類區系具有古北界和東洋界鳥類的雙重特徵 從九段沙鳥類的區系組成來看，該區域的鳥類以古北界鳥類為主，古北界的鳥類種數佔60.2%；古北界鳥類主要由旅鳥和冬候鳥組成。但是如果從九段沙的繁殖鳥類（留鳥和夏候鳥）來看，東洋界鳥類占繁殖鳥類種數的53.4%，從九段沙繁殖鳥類的區系組成來看，東洋界鳥類占絕對的優勢。這種情況表明，九段沙位於古北界和東洋界的過渡區域，該區域的鳥類具有古北界和東洋界鳥類的雙重特徵。
存在意義
由於九段沙形成歷史較短，植被結構簡單，因此九段沙的鳥類種類較少，但鳥類的數量較大。九段沙所在區域既是中國東部候鳥遷徙路線的中點，也是候鳥東亞-澳大利亞遷徙路線的中點。每年遷徙季節，大批候鳥在此停歇，補充食物和能量，以完成長距離的遷徙。因此，該區域是鳥類順利完成長距離遷徙所需的重要中轉站。另外，九段沙也是鳥類重要的越冬地。因此，九段沙是遷徙鳥類完成其完整的生活史過程所必不可少的棲息地。另外，九段沙有7種涉禽的數量達到國際重要濕地的標準，在濕地生態系統的保護上具有國際意義。由於九段沙為長江河口灣區域，乃至中國沿海區域少有的基本保持了原生濕地生態系統特徵的區域，人類活動的干擾較少，豐富的底棲動物可為鳥類提供充足的食物，因此九段沙可為鳥類的棲息提供了優越的條件。
九段沙濕地自然保護區在鳥類保護上具有巨大的潛在價值 受長江流域大型水利工程的影響，長江入海泥沙量逐漸減少。但九段沙在較長的時間內將仍然保持繼續淤長的趨勢。隨著灘塗面積的不斷增加，九段沙將為濕地鳥類提供更為廣闊的棲息地。同時，灘塗的淤長也將使九段沙植被群落類型更加多樣化，可為更多的鳥類提供優越的棲息環境。因此，未來九段沙鳥類的種類和數量都將不斷增加，九段沙在濕地鳥類的保護上具有巨大的潛在價值。
九段沙水域是長江河口地區魚類區系最具代表性的區域 九段沙水域已記錄到的魚類有128種，隸屬於18目48科。其中鱸形目占魚類總數的33.6%，鯉形目佔12.5%，鯡形目佔8.6%，魨形目佔7.0%，軟骨魚類佔3.9%，其他13目共佔38.3%。在所有的48科魚類中，鯉科佔11.7%，鰕虎魚科佔10.9%，魨科佔7.0%，鯡科和銀魚科各6.3%；石首魚科佔5.5%；其他42科共佔52.3%。九段沙水域的河口性魚類和近海魚類各約佔30%，淡水魚類約佔20%，沿岸性魚類約佔10%，過河口性產卵的洄遊魚類接近10%。魚類區系處於長江下游至東海魚類區系的過渡類型，具有河口魚類區系的顯著特色，九段沙比崇明東灘更具河口魚類區系的代表性。
極大多數魚類是以底棲生物和有機碎屑為食 九段沙水域幾乎沒有以浮游植物為主要食物的魚類，以魚類為食的兇猛性魚類也僅有龍頭魚、長蛇鯔、鱸和小帶魚等幾種。極大多數魚類是以底棲生物和有機碎屑為食，如鰕虎魚類、彈塗魚類、舌鰨科魚類以及長吻鮠、鯔等。另外，也有較多種類以浮遊動物為主要食物，如銀魚科、鯡科的魚類等。
複雜易變的水流和鹽度支配著除河口性魚類以外的大多數九段沙魚類的分佈。每當春季氣候轉暖時，在外海越冬的沿岸性魚類陸續回到九段沙的沿岸淺水區索餌、繁殖和肥育。稍後，在5~10月的長江豐水期，平時生活在長江中下游的淡水魚類也陸續下降至九段沙一帶生活。同時，平時生活在離岸較遠海區中的近海魚類，也可隨海流到九段沙一帶索餌。因此，春末至秋中是九段沙魚類物種豐富度最高的時節。相反，在冬季的長江枯水期，除了一些河口性魚類，其它生態類型的魚類很稀少。另外，除了某些河口性和洄遊性魚類，在九段沙不同水域本身也存在魚類區繫上的差異。在上沙魚類區系組成中，鯉形目和鯰形目魚類等淡水魚類相對較多；而中沙和下沙魚類區系中，沿岸性和近海魚類相對較多。
自然保護區會影響到整個長江的魚類區系，對保護東海北部和黃海南部沿海的漁業資源也具有重要意義 九段沙魚類區系的組成和特點具有長江河口性魚類區系的顯著特徵，具有很強的河口代表性。與中國東部其他河口性濕地的魚類區系相比，九段沙魚類區系不僅自身具有顯著特色，同時也包涵了其他許多南方和北方河口區種類。其魚類區系中還包含著中國著名珍稀魚類中華鱘、白鱘、花鰻、胭脂魚、松江鱸等國家級重點保護野生動物，保護對象具有明顯的稀有性。九段沙不僅為長江河口的所有河口性魚類提供了適宜的生境，也為長江的許多淡水魚類、東部沿海的沿岸魚類和近海魚類等提供了理想的索餌場所，同時也為長江8種江海洄遊性魚類提供了必需的洄遊通道。因此，自然保護區所產生的巨大作用不僅僅局限於長江河口本身，還會影響到整個長江的魚類區系，對保護東海北部和黃海南部沿海的漁業資源也具有重要意義。同時，該自然保護區可以為河口濕地魚類區系的演替、為魚類生態學和保護生物學在各個層次上的演變研究提供良好的場所，同時也對監測長江流域的生態環境狀況，研究長江流域大型水利工程對長江口魚類的影響等具有獨特的指示作用。因此，具有極高的科研潛力。
九段沙及其臨近水域歷史上有記錄的水生哺乳動物共14種，其中包括鯨目的鬚鯨亞目3種，齒鯨亞目10種，食肉目的鰭足類1種。這些種類均為國家級保護動物。
