chip-chip

染色質免疫共沉澱技術（ChIP）及與晶元方法的結合

染色質免疫共沉澱-晶元（Chromatin Immunoprecipitation –chip，ChIP-chip），它的基本原理是在生理狀態下把細胞內的蛋白質和DNA交聯在一起，超聲波將其打碎為一定長度範圍內的染色質小片段，然後通過所要研究的目的蛋白質特異性抗體沉澱此複合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。ChIP與基因晶元相結合建立的ChIP-chip方法已廣泛用於特定反式因子靶基因的高通量篩選；ChIP與體內足跡法相結合，用於尋找反式因子的體內結合位點；RNA-CHIP用於研究RNA在基因表達調控中的作用。它與DNA晶元和分子克隆技術相結合，可用於高通量的篩選已知蛋白質分析的未知DNA靶點和研究反式作用因子在整個基因組上的分佈情況。染色質免疫共沉澱技術與晶元技術相結合更有助於科學家發明疾病的有效治療方法。調控蛋白與基因組DNA結合能夠控制DNA複製和基因表達，作為細胞調節網路中的開關，結合位點分析信息與基因表達數據相結合，將能有助於分析尋找生物標誌物（biomarker）。轉錄因子通過與核酸直接的相互作用等方式在細胞內發揮著重要的轉錄調控作用。它們通常序列特異性地結合在基因轉錄起始位點上游的啟動子區來調節該基因的轉錄。而ASB的啟動子晶元技術則是用於檢測單個轉錄因子在細胞中的某一時刻與20,000個基因啟動子相互作用的情況。通過染色質免疫共沉澱（ChIP）技術和啟動子晶元的有機結合，可以確定任何一個特定轉錄因子的靶基因群。

ChIP-chip技術對於大規模挖掘順式調控信息成績卓著，同時它可以用於胚胎幹細胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神經紊亂的發生的機制。研究人員還可以利用這項技術開發一些治療方法。目前ChIP-chip技術研究主要集中於兩個領域：及轉錄因子的結合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。ChIP-chip 在描述轉錄結合因子動力學中的研究、染色體結構組分的分佈、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應用也十分廣泛。ChIP-chip技術的優點是，可以在體內進行反應；在給定的檢驗細胞環境的模式下得到DNA相互關係的簡單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個特異性後轉錄修正的蛋白質的相關位點；直接或者間接（通過蛋白質與蛋白質的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質的相關位點。缺點是：需要一個特異性蛋白質抗體，有時難於獲得；為了獲得高丰度的結合片段，必須實驗演示胞內條件下靶標蛋白質的表達情況；調控蛋白質的基因的獲取可能需要限制在組織來源中。總之，ChIP-chip技術的發展為析活細胞或組織中DNA與蛋白質的相互關係提供了一個極為有力的工具。在未來的研究中，將對晶元的構建進行改進，提高其實用性。使用易於獲得抗體，增加這種方法的可用性。