1909年宣統皇帝溥儀即位，次年任命載洵和薩鎮冰為籌辦海軍大臣，把全國四支艦隊（北洋艦隊、南洋水師、福建水師、廣東水師）統一改編，分為遠洋和長江兩個艦隊，由程璧光任巡洋艦隊統領，沈壽堃任長江艦隊統領，薩鎮冰任海軍總司令。
長江艦隊有練習艦
“鏡清”號，
運輸艦“
南琛”、“登瀛洲”號，
驅逐艦“建安”、“建威”號，
炮艦“江元”、“江亨”、“江利”、“
江貞”、“楚同”、“楚豫”、“楚有”、“楚觀”、“楚泰”、“楚謙”、“策電”、“甘泉”號共17艘。此外，還有一些
艦艇屬於各省
水師編製。
1911年
辛亥革命爆發，海軍受命前往
漢口鎮壓革命，但海軍官兵大都同情革命，準備發動起義，海軍提督薩鎮冰默認了起義行為，11月晚11時薩鎮冰發出“我去矣，以後軍事，爾等各艦艇好自為之”的信號，黯然離開艦隊，11月15日海軍九江易幟，宣告了晚清海軍滅亡，在
晚清時期海軍的基礎上誕生了民國海軍。