東漢尚書開始分為六曹治理國事，據《續漢書·百官志三》記載，有三公曹、吏部曹、民曹、南北兩主客曹、二千石曹、中都官曹。
其中三公曹尚書分兩人，稱之為六曹。魏晉以後，尚書六曹屢有變革。《晉書·職官志》記載，
西晉時，有吏部、殿中、五兵、田曹、
度支、左民六曹，屬
尚書省。
隋初設吏部、
禮部、
兵部、度支、都官及工部。至唐代，定為吏、戶、禮、兵、刑、工六部。
隋唐前，曹即為尚書。
隋唐后，曹為各部尚書的下屬機構，如隋度支尚書之下屬為度、倉、左戶、右戶、金、庫六曹。唐代各州府佐治三官亦分為六曹，即功曹、倉曹、戶曹、
兵曹、法曹、士曹。此亦稱六司，即司功、司倉、司戶、司兵、司法、司士。
宋徽宗時，州縣亦設置六曹，稱之為兵曹、刑曹、工曹、禮曹、戶曹、吏曹。故俗以六曹為地方
胥吏之通稱。
明 孔貞運《明資政大夫兵部尚書節寰袁公（袁可立）墓誌銘》：“賜進士、通議大夫、協理詹事府詹事兼翰林院侍讀學士、纂修先朝實錄記注起居、管理六曹章奏較內書、
文華殿展書誥勅撰文、前右春坊右諭德左庶子掌南京翰林院事、經筵講官、通家鄉眷生
王鐸頓首拜書丹。”