簡併引物

簡併引物

簡併引物是指代表編碼單個氨基酸所有不同鹼基可能性的不同序列的混合物。PCR為了增加特異性,可以參考密碼子使用表,根據不同生物的鹼基使用偏好,減少簡併性。簡併度越低,產物特異性越強,設計引物時應盡量選擇簡併性小的氨基酸,並避免引物3’末端簡併。

正文


簡併引物是指代表編碼單個氨基酸所有不同鹼基可能性的不同序列的混合物。為了增加特異性,可以參考密碼子使用表,根據不同生物的鹼基使用偏好,減少簡併性。
簡併引物的合成和普通引物合成步驟等都一樣,所以價格也一樣,做引物合成的公司都可以做。
簡併引物的使用和普通引物也一樣,普通taq酶pcr后純化,克隆入T載體測序即可。如果要用定向克隆的話,同樣需要在引物5'端引入酶切位點。
有一點要注意:因為簡併引物的序列通常不能保證和目的基因的一致,尤其是5'端,所以測序結果出來后,引物區的對應序列只是簡併引物包含的各種序列的一種(該序列成功的引入並導致PCR有效擴增),但目的基因和引物區的對應序列未必就是這樣,必須進一步用其它實驗加以證實。

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參考鏈接


1、http://www.helixnet.cn/archiver/tid-2721.html
2、http://scitech.people.com.cn/GB/other2137/
3、http://book.sina.com.cn/nzt/spi/gongzuodna/