福州軍分區的基礎是福州市人民武裝部,隸屬於福建省軍區,1983年1月改稱福州軍分區。
1960年10月1日,以福州市人民武裝部為基礎,並抽調福建省軍區直屬隊及守備第7、第13師部分人員,組建福州軍分區,隸屬於福建省軍區。司令員寧正和,
政治委員張傳棟(市委書記兼),第二政治委員賀夢先(1961年4月任職),機關編製90人。1967年10月,根據“三支兩軍”任務的需要,省軍區機關抽調部分人員臨時組建福州警備區。1968年10月,將福州軍分區撤銷,合併到福州警備區內。1983年1月,福州警備區改稱福州軍分區。
1961年9月,福州軍分區轄福州市所屬的
倉山、
台江、
鼓樓、
馬江、
鼓山、新店、蓋山等7個區
人民武裝部。以後幾經調整,至1986年6月30日改歸地方建制時,市區共有鼓樓、台江、倉山、郊區、
馬尾等5個區人民武裝部。1962年1月,
羅源、連江縣人民武裝部劃歸福州軍分區建制;1963年9月又劃歸
閩侯軍分區。1973年9月,閩侯縣人民武裝部劃歸福州警備區建制。1983年
長樂、
福清、
平潭、
閩清、
永泰(6月1日起)、羅源、
連江(7月1日起)等7個縣人民武裝部劃歸福州軍分區建制。改歸地方建制時,共轄8個縣人民武裝部。1965年9月至1968年10月期間,曾轄福州市工交、財貿、文教系統人民武裝部。