自毒作用，Autotoxicity，是指同科植物的生長產生抑制。
某些植物可以通過地上部分
淋溶，根系分泌物和植株殘茬等途徑來釋放一些物質對同茬或下茬同種或同科植物的生長產生
抑制作用，這種現象被稱為自毒作用（Autotoxicity）。
自毒作用是一種發生在種內的生長抑制作用，連作條件下土壤生態環境對植物生長有很大的影響，尤其是植物殘體與
病原微生物的代謝產物對植物有致毒作用，並連同植物根系分泌的自毒物質一起影響植株代謝，最後導致自毒作用的發生。
茄科、
葫蘆科、
豆科、
菊科、
石刁柏和桃等作物是最容易發生
連作障礙的作物，究其原因即於自毒作用有關，目前已從根系分泌物中分離出許多自毒物質，其中大多為酚酸類化合物。這些物質通過影響細胞膜透性、酶活性、離子吸收和
光合作用等各種途徑來影響植物生長，同時，
根系分泌物的組成成分及數量於土壤狀況很有關係，營養不均衡對連作障礙有其直接作用的方面，亦可能脅迫改變了根系分泌物種類和數量，從而間接地影響植物生長。