msap

檢測真菌DNA甲基化的技術

msap,甲基化敏感擴增多態性技術由Reyna-lópez 等報道,並被用於檢測雙相型真菌DNA甲基化,它是在擴增片段長度多態性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)技術的基礎上建立起來的。

簡介


甲基化敏感擴增多態性(methylation sensitive amplification polymorphism, MSAP)技術基本程序是:提取高質量基因組DNA,分別用EcoRI/HpaII,EcoRI/MspI 兩組酶組合對基因組DNA 進行雙酶切,並連上相應的限制性內切酶的接頭,然後以接頭序列設計的預擴增引物,進行PCR 擴增擴增產物稀釋后,再加入帶有選擇性鹼基的引物,進行第二次PCR 擴增,擴增產物變性后在6%的序列膠上電泳,最後採用銀染或同位素放射自顯影方法處理序列膠,統計和分析DNA 條帶。這種方法在研究動植物基因組甲基化上有廣泛應用。MSAP 技術相對其他測定DNA 甲基化程度的技術有如下優點:(1)不需知道被測DNA 的序列信息,在不同生物上具有通用性,可用於DNA 序列背景知識未知的生物。(2)操作相對簡便,在AFLP 技術體系的基礎無需改進,即可操作。(3)可在全基因組範圍檢測CCGG 位點的胞嘧啶甲基化變化。MSAP 技術的局限性在於不能完成非CCGG 位點的胞嘧啶甲基化。

接入平台


MSAP
多業務接入平台(Muti-Services Access Platform)採用傳統的SDH技術,以SDH技術為基礎,採用先進的GFP、VCAT和LCAS技術,融合乙太網交換技術和ATM交換技術,實現TDM業務、乙太網業務和ATM業務的綜合傳輸,此外MSAP還可以提供低速率的Nx64k專線,乙太網延伸業務(EoXDSL)等。
以下本文就MSAP平台提供專線業務接入、乙太網業務接入、ATM和DSLAM業務接入進行討論。
專線業務
2M專線
2M專線業務是專線業務中最主流的業務,運營商提供給高端商業用戶和大客戶一般都使用2M專線。由於MSAP是基於SDH的多業務接入平台,因此保留了SDH優秀的組網能力和完善的保護機制,可以靈活的組成點對點、線性和環型網路,可以提供SNC保護。由於本質上是TDM 2M業務,因此可以提供極高的業務質量,保證大客戶的需求。根據客戶的不同需求,一般可以提供2M語音專線和2M數據專線.
2M語音專線是將大客戶的交換機接入到骨幹網,MSAP平台提供2M語音業務的透傳。2M數據業務為大客戶提供數據通道,將大客戶的路由器接入到IP匯聚網路。
NX64K專線
在傳統的銅線環路上,運營商可以為用戶提供Nx64K專線服務。大客戶的企業路由器提供V.35介面,通過協議轉換器數據機將V.35介面轉換成G.703口,然後通過傳統的2M環路將大客戶的數據業務接入IP匯聚網路。由於銅線環路的廣覆蓋,這種專網形式非常普遍,但這種專網只能提供3-5km的傳輸距離,非常有限。對於那些沒有銅線環路覆蓋的客戶,鋪設光纖比鋪設銅線便宜,而且光纖的傳輸距離遠遠大於銅線。
此外,考慮到未來業務的擴容,大客戶越來越希望直接將光纖接入企業,因此在MSAP上提供Nx64k專線是一個比較現實的選擇。當將MSAP平台作為企業的CPE設備時,不僅可以提供傳輸距離更遠質量更好的專線業務,而且可以為企業提供其他業務如語音專線、乙太網專線和高速數據接入等。
乙太網業務
由於乙太網業務的飛速發展,在接入網中如何處理乙太網業務成為關鍵性的技術。傳統乙太網數據應用採用的是利用路由器或交換機光纖直連,業務接入設備直接互連,捨棄傳輸平台,似乎方案簡單,成本低廉,實際上卻有比較明顯的缺點。首先,由於沒有傳輸層,光纖質量、性能監測、保護等無法實現;光纖浪費嚴重,每兩個業務接入點需要一對光纖,一個業務接點如果與其它業務接點都有業務互通,光纖成階乘增長;業務埠的壓力也很大,每一個節點相連,交換機或路由器就需增加一個埠。另外,其組網能力也較弱,只能簡單環、鏈,無法像SDH一樣組成相切相交等複雜網路拓撲。因此,傳統方案只適用於新建的純數據網路,或節點數較少,節點間距離較近的場合。
MSAP平台吸收了SDH傳輸平台的組網靈活、保護可靠等優點,將對於TDM業務先進而成熟的SDH技術擴展乙太網應用中,從而更加有效可靠地接入乙太網業務。MSAP處理乙太網有三種基本的形式:點對點透傳,L2匯聚+透傳和以太共享環。
點到點透傳的實現方式是採用GFP 映射規程,提供Ethernet的透明傳送功能,把來自用戶乙太網介面的信號不經過二層交換,直接映射到MSAP的虛容器中,然後通過網路進行點到點傳送。這種方式使用簡單,使用物理層隔離,安全性好,比較適合銀行、數據中心等對數據安全性和質量有較高要求的客戶。但是這種方式帶寬消耗比較大,費用相對比較高。
匯聚加透傳是指MSAP可以在系統內部提供二層交換功能,即在一個或多個用戶乙太網介面與一個或多個獨立的網路鏈路之間,提供基於Ethernet鏈路層的交換,實現虛擬網橋(Virtual Bridge)功能,匯聚后的數據流再通過點對點透傳至MSTP網的終結點。這種方式由於在本地數據流進入MSTP網前先匯聚,匯聚后的數據流通過點對點透傳至MSTP網的終結點,這樣相對點到點透傳方式而言節省了網路帶寬,但安全性比透傳方式為低。
乙太網共享環是指每個MSAP節點和相鄰的節點之間的WAN口都建立一個通路,這樣形成一個邏輯上的環路。這個環也就是提供給以太共享環的底層傳輸通道。當有數據報上環時,設備採用單向傳送的方法,即進來的數據包往環的一個方向前傳,直到在終結點進行終結。這種方式極大的節省了帶寬,但安全性相對比較低,所以適合上網瀏覽用戶。
因此,MSAP平台充分考慮了不同用戶對乙太網服務的需求,提供不同方式的乙太網接入,切合用戶的具體需求。
ATM和DSLAM業務
由於ADSL技術的普及和大規模建設,城域網中有大量的DSLAM進行匯聚。這些DSLAM的上行埠往往都是乙太網介面和ATM STM-1介面。對於ATM介面匯聚,傳統的處理方式是直接將DSLAM用光纖直接連接到匯聚點的ATM交換機上,由ATM交換機完成匯聚功能。和乙太網光纖直連一樣,這種方式需要消耗大量帶寬,效率低下,而且沒有物理層的鏈路保護,維護非常困難。此外,隨著網路擴容,DSLAM數量增多,匯聚點的ATM交換機埠需要不斷擴容,這非常昂貴。
MSAP平台充分考慮到上述問題,通過在平台上集成ATM交換和匯聚功能,利用VP-Ring和SDH保護功能來增強DSLAM匯聚功能。具體實現如下圖所示:DSLAM上行埠接入MSAP ATM介面,MSAP完成對ATM的交換和匯聚功能,然後通過VP-Ring將業務傳輸到終結節點,最終送入ATM骨幹交換機。
MSAP對於ATM的處理能力將極大的降低DSLAM匯聚的成本,而且網路層次清晰,易於維護管理,同時保證網路具有強大的擴容能力。
前景分析
1、服務質量
隨著接入網的不斷完善,大用戶已經不單純追求價格的最優,而是對服務質量有了更高的要求,如:快速的業務開通速度,故障出現后的快速定位和修復,定期的業務質量報告等,這就要求接入網平台能夠對大客戶提供穩定可靠的高質量的業務。
MSAP能夠提升運營商的服務質量。 MSAP是架構在SDH基礎之上的多業務平台,其電信級的業務質量勿庸置疑。SDH豐富的開銷比特可以對用戶線路提供端到端的電路質量監測能力,支持無須出現場的故障定位和排除,節約寶貴時間的同時也節約了人力資源。在這一點上,MSAP的技術優勢是其他接入技術無法超越的。
2、網路管理
接入大用戶最後一段的網路環境和設備複雜,缺乏統一的管理標準,造成的維護管理效率很低,成本很高。大用戶接入網路成了個"想管管不好"的網路。這就要求接入網平台能夠完善的管理,提高運營商的管理維護效率。
MSAP在一個通用的系統架構上,在一個統一的管理系統之內完成對所有業務和配置的管理(包括局端和客戶端),同時,MSAP為客戶提供多客戶端的管理架構,支持運維部門"集中管理,分層維護"的管理要求,進一步可以為大客戶集團提供對所租用電路的監視系統。
3、差分服務
運營商需要針對不同規模、不同行業用戶提供“套餐”服務,以不同的資費水平提供不同的電路質量和介面標準,這就要求接入網平台提供多業務差分服務。
MSAP能夠在一個綜合的接入平台上滿足不同客戶的差異化需求,簡化了接入網路的規劃和建設。針對不同行業對不同業務介面的需求,MSAP在一個網路上可以統一提供對包括E1/V35電路、乙太網、ATM在內的多種通道的透傳、捆綁和復用的支持和管理。
因此,隨著數據業務和專線業務的發展,MSAP平台在服務質量、網路管理和提供多業務差分服務方面的優勢將越來越得到運營商青睞。尤其在原來傳統的數據網路改造和擴容的過程中,MSAP將扮演關鍵的角色。