界

一開始人只將生物 分為動物和植物兩界，微生物被發現后，也長時期被分入動物或植物界：好動的微生物被分入動物界，有色素（藻類）的或細菌被分為植物，有些甚至被同時放入兩界。後來，沒有細胞核的細菌被獨立為一界，再後來真菌被分出植物界，也成為獨立的一界，最後自立為界的是古細菌。

按照原本公認的分類－六界法將生物分為病毒界、原核生物界、真菌界、原生生物界、植物界以及動物界。最新的基因研究發現這種分類法並不十分正確，因此引入了域作為生物最高的類別。現有的生物被分入非細胞生物域、真核生物域或原核生物域，沒有細胞核的生物（細菌和古細菌）被分入原核生物。只有在真核生物中還有界的分法。真核生物中分四個界：原生生物界、真菌界、植物界和動物界。總共九個界：

類病毒界、病毒界、古細菌界、細菌界、藍藻界、原生生物界、真菌界、植物界、動物界。

瑞典生物學家林奈（1707～1778），注意到周圍的生物有固著不動和自養型的植物，也有自由行動和異養型的動物。因此，他把整個生物分成相應的兩大類：植物界和動物界，即所謂的兩界分類系統。該系統把細菌類、藻類和真菌類歸入植物界，把原生動物類歸入動物界。在分類上，這個系統自問世以來，一直沿用到 20 世紀 50 年代。

林奈把生物分為兩大類群：植物界和動物界。兩百多年來，隨著科學的發展，人們逐漸發現，這個系統存在著不少問題，為了解決具備動物和植物雙重特徵的中間類型生物分類難的問題，在 19 世紀 60 年代，人們建議成立一個由低等生物所組成的第三界，取名為原生生物界，包括細菌、藻類、真菌和原生動物。這個三界系統解決了動植物界限難分的問題，但未被接受，整整 100 年後，直到 20 世紀 50 年代，才開始流行了一段時間，為不少教科書所採用。

在三界分類系統，由於真菌與植物和動物在結構、營養方式上和消化方式上的明顯差異，所以在 1959 年美國生物學家魏泰克（R·H·Whittaker）提出了另立真菌界的四界（原生生物界、真菌界、植物界和動物界）分類系統。

魏泰克（R.H.Whittaker，1924～1980）在 1969年又提出將生物分成五個界.。生物分類學上使用較廣的是五界分類系統。魏泰克在已區分了植物與動物、原核生物與真核生物的基礎上，又根據真菌與植物在營養方式和結構上的差異，把生物界分成了原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和動物界五界。其中的原生生物界包括一切真核的單細胞生物和沒典型細胞分化的多細胞生物。魏泰克認為，這些生物處於進化的低級階段，它們之間是沒有清楚界限的，因此，可以放在一個界中。但是，有些分類學家則主張將它們分別放到動物界或植物界中，對於那些同時具有動物和植物兩方面特徵的生物，可以既收入植物界，也收入動物界，承認它們的“雙重身份”。五界系統按複雜性增加的三個層次排列生命：原核的單細胞（原核生物界）；真核的單細胞（原生生物界）；真核的多細胞（植物界、真菌界和動物界）。隨著生物層次的上升，生物變得愈加多樣化，因為生物結構和功能複雜性的增加，變異的機會增多。多細胞生命的三個界代表了一種生態的和形態的分類。植物（生產）、真菌（還原）和動物（消費）代表了我們這個世界上三種主要生存方式。五界系統：原核生物界、原生生物界、植物界、菌物界、動物界。

中國學者陳世驤等認為，上述五界分類系統把原生生物界列為一個中間階段，削弱了原核與真核兩個基本階段的對比性；在原核生物界和原生生物界內，也沒有考慮生態關係。為此，去掉原生生物界而成為兩總界五界分類系統：原核總界（分為細菌界和藍藻界）和真核總界（分為植物界、真菌界和動物界）；原來屬於原生生物界的生物，依情況分屬到植物界、真菌界和動物界。

隨著分子生物學技術的進步，人們發現在五界分類系統中，原核界的細菌在形態上儘管很相似，但根據分子水平上的差異可明顯分成兩大類：古細菌和真細菌。例如，在古細菌中，存在 ATTA 鍵合蛋白盒子（ATTA box－bindingprotein），這也是真核生物中 RNA 多聚酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ的基本轉錄因子，但在真細菌中卻沒有這種轉錄因子。又如，在核糖體 RNA（rRNA）的同源性上，在細胞壁和細胞膜的成分上，以及在轉移 RNA（tRNA）稀有鹼基的差別上，古細菌和真細菌都有明顯不同；這個不同甚至要超過它們各自與真核生物的不同。所以，沃斯（C·R·Woese）認為，應把原核生物界分類兩界：古細菌界和真細菌界。古細菌界的細菌主要生活在一些極端環境中，如沼澤地底層（甲烷細菌）、熱泉（如布氏火盤菌，最適生長溫度達 105 ℃）等。真細菌界的細菌為常見類型，有共生的，如遺傳研究的重要細菌大腸桿菌；有寄生和致病的，如沙門氏菌和葡萄球菌。真細菌界還包括藍綠藻。關於六界間的生物在進化上的關係，沃斯根據它們在分子水平上的差異認為，所有生物有 3 種最基本的類型：古細菌、真細菌和最簡單的真核生物。由於它們彼此間在分子水平上的差異大小近於相等，所以它們可能或多或少直接起源於地球上的原始生命，即原始生命在自然選擇過程中，或遲或早地出現了這 3 種類型的獨立進化途徑。開始，可能古細菌在地球上佔優勢，因為它們的代謝很好地適應了原始地球條件（富有二氧化碳，缺氧、高溫）。往後，當氧成為大氣的主要成分和地球溫度逐漸變冷時，適合於需氧和較低溫度的真細菌又可能佔優勢。關於真核細胞的起源一直是個謎。根據分析，真核生物葉綠體的 DNA 和藍綠藻的 DNA 極為相似，而有些真核細胞的基因又與古細菌的極為相似，所以最簡單的真核生物可能有複雜的起源，即原始生命、古細菌和真細菌都可能參與了這一過程，再后，最簡單的真核生物，在長期的自然選擇過程中又進化成四界：原生生物界、植物界、真菌界和動物界。病毒是結構上極為簡單的非細胞生物。病毒是生物，是因它具有生命的某些特徵，如藉助於宿主細胞可以進行繁殖，以產生更多的病毒。但其簡單的結構，到底是原始地球上的最初生命形式，還是原核界生物退化的產物，現尚無定論，從而也還不能確定其分類地位。

病毒界

亞病毒因子

古細菌界

細菌界

囊泡藻界

古蟲界

有孔蟲界

真菌界

植物界

動物界