亞細胞定位

GFP，實際是給你要研究的物質加上標記，在此相當於報告蛋白的作用。使用GFP必須構建融合蛋白載體，並在轉染之後有效表達。這樣，若在熒光顯微鏡下看到細胞內某一部位存在GFP信號，說明和GFP融合的蛋白也存在於該部位，這樣就達到了確定某物質亞細胞定位的目的。

基因槍法轉化洋蔥表皮細胞：

分別用70%乙醇和滅菌蒸餾水清洗金粉（直徑為1 μm），加入滅菌蒸餾水製成金粉懸浮液，取100 μL 放在含有1.0 cm2 洋蔥表皮的玻璃皿中，邊振蕩邊加入10 μL pCambia2301-GaMYB2-GFP質粒，逐步加入40 μL 0.1 mol·L-1 亞精胺和100 μL2.5 mol·L-1 CaCl2，振蕩混勻。基因槍GDS-80轟擊時氦氣罐的氣壓為1 300 psi，取10 μL DNA 包裹好的微粒懸浮液加到基因槍中央，進行轟擊，之後放置25℃避光過夜培養，使用ConfocalLaser激光共聚焦顯微鏡觀察。

GaMYB2 在洋蔥表皮細胞中的瞬時表達分析：採用基因槍轟擊的方法，用包裹質粒的金粉對洋蔥表皮進行轟擊，暗培養過夜后，在激光共聚焦顯微鏡下進行觀察，從圖A 中可以看出對照GFP空載體在整個洋蔥細胞均能看到綠色熒光，為組成型表達；從圖B 中發現GaMYB2-GFP 的融合表達載體只能在細胞核中能看到綠色熒光，這進一步證明該蛋白不具有跨膜蛋白結構，定位在細胞核中，具有轉錄因子的一般特徵。

不同的細胞器往往具有不同的理化環境，它根據蛋白質的結構及表面理化特徵，選擇性容納蛋白。

蛋白質表面直接暴露於細胞器環境中，它由序列摺疊過程決定，而後者取決於氨基酸組成。因此可以通過氨基酸組成進行亞細胞定位的生物信息學預測。

將標記的特異性熒光抗體，直接加在抗原標本上，經一定的溫度和時間的染色，用水洗去未參加反應的多餘熒光抗體，室溫下乾燥后封片、鏡檢。

間接法

如檢查未知抗原，先用已知未標記的特異抗體（第一抗體）與抗原標本進行反應，用水洗去未反應的抗體，再用標記的抗抗體（第二抗體）與抗原標本反應，使之形成抗體—抗原—抗體複合物，再用水洗去未反應的標記抗體，乾燥、封片後鏡檢。如果檢查未知抗體，則表明抗原標本是已知的，待檢血清為第一抗體，其它步驟的抗原檢查相同。