巴拿馬運河

在遙遠的殖民時代，巴拿馬地峽是連接太平洋與西班牙宗主國的交通樞紐，每年一度的波托弗洛交易會吸引著歐洲各大商行的代理商，在這裡，成噸的秘魯白銀與歐洲貨物進行著有利可圖的交易，巴拿馬因商業和海運日益繁榮。然而，這並沒有改變它從屬的地位。

早在15世紀，征服墨西哥的西班牙人瓦斯科·科爾特斯就提出過修建運河的主張，但未指明適合開鑿的地點，後來在瓦斯科·努涅里·巴爾沃亞征服巴拿馬之後，1523年西班牙國王查理一世（即神聖羅馬帝國的查理五世）明確提出了開鑿一條中美洲運河的主張。

1534年，西班牙國王卡洛斯一世下令對巴拿馬地峽進行勘查，西班牙人沿著山脊用鵝卵石鋪出了一條穿越地峽的驛道，算是為開鑿作了準備。從18世紀開始，西班牙殖民政府陸續派員勘查了四個備選地點：墨西哥南部的特萬特佩克地峽；哥倫比亞西北部的阿特拉托河附近的某個地點；尼加拉瓜地峽；巴拿馬地峽。1771年，勘查了特萬特佩克地峽然而到1814年，當西班牙終於決定開鑿運河時，拉美獨立戰爭的爆發卻打亂了整個計劃。1823年，由瓜地馬拉、薩爾瓦多、宏都拉斯、尼加拉瓜和哥斯大黎加五國組成的中美洲聯邦共和國成立，它正式向美國提出了援建運河的請求，次年6月，拉美自由之父西蒙·玻利瓦爾在巴拿馬召開的國際會議上，中美洲運河的開鑿正式提上了日程。在擬議的四個開鑿地點中，巴拿馬地峽以最窄（61公里）、尼加拉瓜地峽以有尼加拉瓜湖和聖胡安河可資利用，逐漸成為眾望所歸。在經濟上，開鑿運河的好處不言而喻，隨著大西洋和太平洋之間的航運日益發達，一條更為便捷的航路顯然會帶來很多好處，如果運河開通，紐約至舊金山的航程可以縮短16%，利物浦至舊金山的航程縮短43%，而紐約至悉尼的航程也縮短28%，意義非凡。下令開鑿巴拿馬運河的是美國第二十六任總統西奧多·羅斯福，這是他任內的主要功績，他也因此被美國人民雕入總統山。

巴拿馬運河由美國建成，自1914年通航至1979年間一直由美國獨自掌控。不過，在1979年運河的控制權轉交給巴拿馬運河委員會（由美國和巴拿馬共和國共同組成的一個聯合機構），並於1999年12月31日正式將全部控制權交給巴拿馬。運河的經營管理交由巴拿馬運河管理局負責，而管理局只向巴拿馬政府負責。

巴拿馬運河的開鑿過程是一段不平凡的歷史。多少年來，帝國主義一直試 圖控制拉美國家，包括這些國家的主權領土、能源、交通等等一系列經濟來源。處在這一地區的巴拿馬共和國曾經就是一個受到擴張、侵佔的國家，巴拿馬人民在歷史上總是陷入複雜的國際角逐，巴拿馬運河就是最好的見證。

在19世紀，巴拿馬地峽處於哥倫比亞共和國的管轄之下，1831年－1858年，哥倫比亞改稱為新格拉納達，這個年輕的小國顯然希望未來的運河能在它的版圖之內，但其有限的財力又無法支撐如此浩大的工程，於是，借重外部力量成為合理的選擇。然而，拉美民族天生的敏感，使得新格拉納達政府小心地規定開鑿運河的租讓權只能交給民間公司，而不允許外國政府介入。

1838年，一家法國公司曾派人對巴拿馬地峽進行了勘測，卒因得不到政府的支持而作罷。1843年，新格拉納達政府照會英、法、美、荷、西班牙等國，提議由它們合建巴拿馬運河，並由各國共同保證運河未來的中立地位，但除美國以外，各國均未予理睬。

早在1835年，美國即與新格拉納達就開鑿運河一事進行過磋商，當時無果而終，這次新格拉納達舊事重提，美國自然樂於接受。1846年12月12日，經過歷時一年的談判，美國與新格拉納達締結了《美國、新格拉納達和平、友好、航海及通商條約》，也稱《彼得拉克－馬利亞里諾條約》，條約共36條，有效期為20年，其中第35條規定美國獲得以下權利：

美國公民、船隻、商品在其境內可以享有新格拉納達公民所能享有的種種權利（全部免稅、特權和豁免），通過巴拿馬地峽的美國旅客、郵件和商品也應給予同等優惠，將來在巴拿馬修建任何交通設施時，其通行權或過境權應對美國政府和公民自由開放，新格拉納達政府不得向美國公民徵收高於新格拉納達公民的通行費用，對美國商品也不得徵收進口稅。

在此基礎上，美國政府也對新格拉納達作出三項承諾：

1、保證巴拿馬地峽地帶的完全中立；

2、保證未來運河的自由通行在任何時候都不會被中斷或受到阻礙；

3、保證新格拉納達政府擁有巴拿馬地峽的主權和財產權。考慮到新格拉納達政局動蕩，為防意外，美國人也還留了幾手。1848年美墨戰爭結束后，美國與墨西哥簽訂《瓜達盧佩－伊達爾哥條約》，掌握了在特萬特佩克地峽開鑿運河的權力，1849年，又與尼加拉瓜簽訂《斯誇爾條約》，取得了開鑿尼加拉瓜運河的特權。

1849年，加利福尼亞發現金礦，經濟飛速發展，運河的開鑿日益受到各方關注，羽翼未豐的美國預見到實力雄厚的英國可能會參與開鑿運河的爭奪，於是未雨綢繆，搶先向英國提出未來巴拿馬運河中立化的建議，得到英國熱烈響應。1850年4月19日，美國國務卿約翰·克萊頓與英國全權代表亨利·布爾沃在華盛頓簽訂了《美國和英國關於連接大西洋和太平洋的通航運河的條約》，規定：美國和英國均不得對前述通航運河為自己取得或維持任何排他性的控制，同意任何一方均不得在該運河的要衝地區或附近建立或維持任何要塞，也不得對中美洲的任何部分實施佔領和統治。條約承諾，當締約雙方發生戰爭時，任何一方也不能向對方封鎖運河，美、英兩國共同負責保護任何一方修建運河工程的財產不受侵犯，運河完工時，雙方將保護它，使其不受阻礙、劫奪或不公允的沒收，雙方共同保證運河的中立，以使該運河永久自由開放，所投入的資本穩固可靠。通過這一條約，美國排除了英國以武力獨佔運河的危險。

然而，《克萊頓－布爾沃條約》是一個充滿妥協和折衷的外交文件，存在許多漏洞，它雖然使未來的巴拿馬運河中立化，但文字含糊不清、模稜兩可，執行中存在極大的爭議。1850年，美國耗資750萬美元在巴拿馬地峽修建連接兩大洋的鐵路，歷時五年完工，1849年，一家美國公司準備開鑿以格雷敦為終點的橫貫尼加拉瓜的運河時，英國人援引《克萊頓－布爾沃條約》，指責美國侵犯了受英國保護的印第安人莫斯基托王國的合法權益，致使工程下馬，這個挫折讓美國人認識到也許在巴拿馬地峽開鑿運河是一個更為合算的選擇。

按照美國與新格拉納達簽訂的條約，從1846年起，美國公民獲得穿過巴拿馬地峽的權力，潮水般湧來的美國遊客帶來了美元，但在對北方強鄰懷有恐懼的巴拿馬人看來，這種經濟上的輸血卻幾近侵略，1856年發生的一起看似偶然的流血事件就是證明。

當年4月15日，一名美國人在巴拿馬火車站購買西瓜時與攤主發生糾紛，拒付貨款，雙方遂起爭端，由於圍觀的巴拿馬人和美國人情緒激動，衝突很快演變成一場持續數小時的槍戰。作客的美國人自然難討便宜，死傷31人，巴拿馬方面傷亡15人。事件發生后，美國的特派全權專使警告新格拉納達政府：如果拒絕迅速賠償損失，美國將立即佔領巴拿馬地峽。對此，新格拉納達總統的回答很簡單，但卻形象地反映了弱小民族的微妙心態：

硬要使任何一個地峽的過客有權向我們的公民開槍，而我們的公民必須逆來順受，這是極不公平的，也是橫行霸道的，容忍這種屈辱的民族是不配生存的！

然而，愛國的衝動和激情的表白無法掩飾國家的虛弱。7月，2艘美國巡洋艦“獨立”號和“聖瑪麗”“號駛抵巴拿馬，1856年9月19日，160名美國海軍陸戰隊員登陸，佔領了巴拿馬火車站，這才讓激動的新格瑞那達政府平靜下來。1857年2月，兩國開始談判，美國代表提出巴拿馬城與科隆城應成為自治的自由港，兩國共管以巴拿馬鐵路為中心的寬約40公里的地峽，巴拿馬灣的某些島嶼要割讓給美國，賠償美國公民在事件中的一切損失。美國代表也表示，如果新格拉納達政府接受這些條件，美國願支付200萬美元作為補償。然而，新格瑞那達政府顯得毫無誠意，除賠償外，它拒絕接受其它條件，談判一直拖延到1865年美國南北戰爭結束后，才正式達成條約，1861年已改名為哥倫比亞的新格拉納達承諾賠償美國41萬美元。

1867年1月23日，因1848年的條約行將期滿，哥倫比亞照會美國，要求重新談判。12月，哥倫比亞將新約草案交給美國審議，該條約規定：哥倫比亞同意美國承建巴拿馬運河，提供修建運河的地區，對未來運河的中立，由兩國實行共同防禦，但此時的美國忙於南北戰爭的重建和1868年的總統選舉，因此遲至1869年1月14日，條約才正式簽署。

按照這份新約，哥倫比亞將巴拿馬運河開鑿權及運河地區租讓給美國，租期100年，期滿后歸還哥倫比亞，美國政府不得將租讓權轉讓給它國，僅可轉讓給私營公司。浮躁的哥倫比亞輿論認為條約遷就了美國的利益，群情激奮，3月，哥倫比亞國會否決了這個條約。

1870年1月，兩國簽訂了一個補充條款，規定美國軍艦可以隨時通過運河而對美國的交戰國則實行關閉政策，哥倫比亞輿論又認為這一條款事實上使哥倫比亞成了美國的軍事盟友，要求修改，結果被美方拒絕。美國的強硬態度令哥倫比亞政府感到失望，哥倫比亞輿論則認為，山姆大叔根本不急於修建運河，而只是對獨霸運河區感興趣。

為了“懲罰”美國，哥政府改弦更張，轉而把目光投向歐洲大陸，開始積極與歐洲國家商討開鑿運河的可行性，恰逢1869年，由法國主導的蘇伊士運河通航，歐洲金融資本順理成章地將目光轉移到中美洲。1876年，由法國控制的洋際運河工程國際公民協會在巴黎成立，著手對巴拿馬運河的開鑿進行相關論證，此舉得到了哥倫比亞政府的認可。

不久，協會派出以法國軍官呂西安·懷斯中尉為首的調查團赴巴拿馬進行實地考察，懷斯的活動能力很強，1878年3月20日，他居然以協會的名義成功地與哥倫比亞政府達成了由法國來承建巴拿馬運河的協議。規定：協會必須在五年內組成運河工程公司並完成運河工程的勘測，從第五年開始的12年內應當建成巴拿馬運河；運河通航后，哥倫比亞政府每年可從運河公司的收益中按比例提成，頭25年為每年5%，此後三個25年分別為6%、7%、8%，但最低數字每年不得少於25萬美元，租讓期為99年，期滿后運河即歸哥倫比亞政府所有，期滿以前，租讓權可轉給其它公司，但不得轉讓給其它大國政府。

1879年5月，協會邀請因規劃組織開鑿蘇伊士運河而聲名鵲起的法國著名外交官費爾南德·德·雷賽布為主席，召開了審議巴拿馬運河問題的國際會議，英、美、德等國的代表也分別與會，會議不顧美國代表的強烈反對，通過了開鑿巴拿馬運河的決定。7月5日，法國洋際運河工程總公司正式成立，得到開鑿運河的租讓權，開始積極籌備運河工程。

在雷賽布的領導下，法國洋際運河公司經過數年的準備，制定了8套施工方案，最後定於1883年2月，正式動工開鑿巴拿馬運河，整個工程由雷賽布本人親自主持，這使歐洲的投資者深懷信心。雷賽布是職業外交家，1825年以來，歷任駐里斯本副領事助理、亞歷山大領事、開羅領事、巴塞羅那總領事，最後升至駐馬德里公使，因為曾在埃及、突尼西亞長期工作，雷賽布在阿拉伯世界中享有相當高的威信。1854年，埃及總督賽義德帕夏授權雷賽布開鑿蘇伊士運河，雷賽布詳細研究了拿破崙遠征埃及期間，法國工程師勒佩爾對蘇伊士地峽的考察報告，定下了在地中海和紅海之間開闢直接通道的施工方案。由於準備充分、資金到位，運河的工程進展順利，1859年4月25日動工，到1869年11月17日蘇伊士運河就正式通航了。蘇伊士運河的成功修建，使雷賽布的聲譽達到頂峰，他成為法蘭西學院院士、法國科學院院士、得到榮譽軍團大十字勳章和印度星形勳章，英國皇室授予他倫敦榮譽市民稱號。往昔的成功令雷賽布十分陶醉，他機械地照搬修建蘇伊士運河的成功經驗，而對巴拿馬的特殊地形估計不足，在沒有詳細調研的基礎上草率地制定了施工方案，結果釀成了一場災難。

巴拿馬地峽是熱帶雨林氣候，潮濕悶熱、叢林密布、交通閉塞、地形複雜，基礎設施落後，缺乏起碼的施工條件，當來自55個國家的4萬施工大軍進駐之後，人們才發現那裡簡直是一個人間地獄：參天的密林中毒蟲遍布，令人難以容忍，炎熱的天氣使可怕的疫病蔓延開來，奪走了大批工人和技術人員的生命，在加通水閘附近的希望之山上，林立的墓碑令人不寒而慄。

比炎熱氣候和惡劣環境更可怕的是人為的失誤，起初，雷賽布照搬蘇伊士運河的經驗，認為可以利用巴拿馬地峽眾多的湖泊修建一條海平式運河，誰知施工四年之後，傲慢的法國人才發現巴拿馬地峽臨太平洋一端的海面，要比加勒比海一端低出20多厘米，根本無法修建海平式運河，這個過遲的發現給法國洋際運河公司以致命的打擊。

最令雷賽布煩心的還有美國人的拆台，運河的設計走向與美國人經營的巴拿馬鐵路平行，這主要是為了便於運輸物資，但美國人根本不予配合。鐵路部門對運河物資的配送百般設障，消極對待，最後逼得法國運河公司不得不以2550萬美元的天價買下這條僅值750萬美元的鐵路，但留用的美國員工繼續搗亂，破壞怠工，致使鐵路根本無法正常運營。

最後，法國運河公司在經營管理上也出現了問題，以雷賽布為首的高管層在工程難以為繼的情況下，卻大肆侵吞公開發行的運河股票資金；為掩蓋真相，繼續增發債券，公司動用大筆金錢賄賂官員，法國政府先後有150名部長和議員接受了賄賂，然而紙包不住火，到1889年，法國洋際運河公司山窮水盡，不得不宣告破產，雷賽布本人也上了法庭。

1894年9月，為了收拾這個爛攤子，法國政府牽頭另組了一家公司，接手運河工程，決定將原來的海平式運河改成水閘提升式運河，但是由於雷賽布的工程僅完成了三分之一，預算超過原計劃一倍以上，剩下的三分之二又是最艱難的地段，而距離原定的竣工日期只有6年了。眼看無法按期交工，1898年11月，法方不得不請求哥倫比亞政府將工期寬限至1910年10月，為此法國願意支付2000萬法郎作為補償。2月，哥倫比亞政府派代表尼科拉斯·埃斯格拉來到巴黎，他充分體諒法方的困難，提出只要補償500萬法郎即可，這樣，法國人就以比較有利的條件得到了延期4年竣工的權力，雖然如此，完成巴拿馬運河仍然是杳然無期。

本來，美國政府就對法國如此輕易地得到巴拿馬運河的租讓權，感到不滿，時任美國總統的拉瑟福德·伯查德·海斯指出：美國必須把巴拿馬運河控制在自己手中，它決不能放棄這種控制而將運河交給任何一個歐洲國家！

在美國，以阿爾弗雷德·馬漢和西奧多·羅斯福為代表的海權論者，非常重視巴拿馬運河的戰略地位，1898年美西戰爭期間，美國新式戰列艦“俄勒岡”號為了從西雅圖趕往古巴參戰，居然要繞道合恩角，這一事實極大地刺激了美國政府和輿論。

為了向哥倫比亞和歐洲國家施壓，與法國運河公司抗衡，美國也組織了一個巴拿馬運河工程臨時協會，由南北戰爭的著名將軍、前總統尤利塞斯·格蘭特為主席，1880年，美國2艘巡洋艦駛抵哥倫比亞港口“訪問”，炫耀武力，1881年2月，美國與哥倫比亞簽署了一項協定：兩國應在巴拿馬地峽的戰略要點建立海上軍事防衛據點，這些據點平時由哥倫比亞人守衛，戰時則由美國海軍陸戰隊負責，不過，這項協議很快又被哥倫比亞國會否決。

為了紓解美國的壓力，哥倫比亞呼籲歐洲國家共同保證巴拿馬運河的中立地位，但這一要求遭到美國政府的堅決抵制，這時的美國逐漸意識到原來的“克萊頓－布爾沃條約”是一個束縛，於是策劃拋開英國，獨享巴拿馬運河的控制權。在1898年的美西戰爭之後，美國在政治、軍事和經濟上都成為世界強國，而英國卻深陷於布爾戰爭的泥潭，在這種背景下，英國政府決定放棄原來對巴拿馬運河的分權要求，以換取美國的外交支持。

1898年12月到1900年2月5日，英、美兩國曆經曠日持久的談判，終於簽署了《美國和英國關於促進建造通航運河的條約》，也稱《海約翰－龐斯福特條約》，以取代原來的“克萊頓－布爾沃條約”。新約確立了美國主持開鑿巴拿馬運河並享有制定運河管理規定的特權，英國只保有運河通航的自由權，12月20日，美國又拋出三個修正案，進一步強化了對運河的控制，英國亦無條件接受，至此，美國完全排除了英國的干擾，可以專心對付法國了。

法國人在開鑿巴拿馬遭遇滑鐵盧后，1899年8月，美國派一個以海軍專家約翰·沃爾克為首的技術委員會來到巴黎，與法國政府接觸，探尋轉讓運河租讓權的可能性，次年4月，又提出收購法國運河公司的要求，但遭到該公司總經理於坦和法國政府的拒絕。此後，美國加緊向法方施壓，1899年12月27日，美國新澤西州成立了一家巴拿馬運河公司，展開大規模遊說活動，為收購法國運河公司製造輿論。此招未能奏效，美國轉而採取聲東擊西的辦法，故意放風說要與尼加拉瓜合作，另建運河與巴拿馬運河抗衡，這個故意散布的假消息收到了奇效，被嚇懵了的哥倫比亞駐美公使馬丁內茲·席爾瓦，在未請示本國政府的前提下，就匆忙草擬了一個將法國運河公司的租讓權轉讓給美國的協議，建議由美國代替法國開鑿運河，租期為100年，期滿后可續租，美國可以在運河區駐軍，每年只需支付給哥倫比亞政府60萬美元。

席爾瓦的草率方案遭到了哥倫比亞政府的嚴厲批駁，但它的內容卻意外地泄漏了出去，成為美國要脅哥倫比亞的一張王牌，席爾瓦因此很快被撤職。為了給內外交困的法國運河公司施壓，1901年12月，美國議會開始討論撥款建造尼加拉瓜運河的問題，這對巴拿馬運河的開鑿造成了很大衝擊，迫使態度強硬的法國運河公司總經理於坦辭職，新任總經理莫理斯·博無意與美國人叫板。1902年1月4日，在徵得公司董事會同意后，莫理斯·博電告美國政府，願以4000萬美元的價格轉讓其財產和租讓權，1月28日，美國國會授權西奧多·羅斯福總統完成對法國運河公司的收購，但轉讓還須得到哥倫比亞政府的同意才能生效。

這時，哥倫比亞新任駐美公使文森特·孔查接到本國政府指示：只要美國付給法國的4000萬美元中有一半屬於哥倫比亞，可與美國進行談判。哥倫比亞政府的方案是：將寬度為6英里的運河區劃歸美國，租借期為99年，期滿后運河由哥倫比亞收回，不得續租，運河治安由哥國軍警負責，租金也需相應提高，但這個方案遭到美國的堅決反對。

6月28日，美國通過《斯普納法案》，規定美國以4000萬美元取得法國運河公司的財產，並對運河區的治安作出了符合美國利益的規定，法案強調如果哥倫比亞政府拒絕上述建議，美國就著手開鑿尼加拉瓜運河，並立即撥款1000萬美元籌備工程。此時，巴拿馬已經出現了由美國策動的獨立運動，內外交困的哥倫比亞卻幻想藉助美國的力量平定叛亂，於是訓令孔查立即接受美國的要求，並且只索取1000萬美元及每年60萬美元的租金。消息傳出，哥倫比亞輿論嘩然，孔查更是拒絕執行，11月15日，哥倫比亞外長保拉再次訓令孔查無條件接受美國的建議，孔查以辭職作為抗議，11月28日，他竟作為精神病人被美國驅逐出境。

孔查離職后，哥倫比亞駐美公使館一秘托馬斯·埃爾蘭繼任談判代表，此君是親美分子，為使美國滿意，他甚至將運河年租金降至25萬美元，1903年1月22日，美國與哥倫比亞簽訂了《海約翰－埃爾蘭條約》，該條約純粹是席爾瓦草案的粗暴翻版。哥倫比亞媒體一致認為《海約翰－埃爾蘭條約》是一個喪權辱國的不平等條約，號召人民起來反對，甚至提出“寸權不能失、寸土不可丟”的口號。美國駐哥倫比亞公使也不得不承認：“哥倫比亞輿論在情緒上是堅決反對批准條約的，他們把這個條約看成是強國企圖花幾個小錢來剝奪它所享有的世界上最有價值的財富！”1903年3月17日，美國參議院悍然批准了《海約翰－埃爾蘭條約》，但8月12日，哥倫比亞國會懾於公眾壓力，否決了這個條約。

《海約翰－埃爾蘭條約》遭到哥倫比亞否決后，美國轉而策動巴拿馬獨立，這樣在奪取運河的開鑿權時，就不必再與討厭的哥倫比亞國會打交道了。長期以來，巴拿馬就存在獨立傾向，1821年，當巴拿馬最終脫離西班牙獨立時，不情願地與委內瑞拉、厄瓜多一起成為了大哥倫比亞聯邦共和國的一員，然而，巴拿馬的精英階層對於這個純粹由玻利瓦爾的個人魅力拚湊起來的聯邦國家缺乏認同感，為此，波哥大的中央政府不得不多次用武力鎮壓巴拿馬的獨立運動，其結果是增加了仇視和膈膜。

1830年，當所謂的大哥倫比亞聯邦共和國煙消雲散時，巴拿馬成了新格拉納達共和國的一個省。一方面，巴拿馬的精英階層抱怨哥倫比亞在與美國的條約中出賣自己的利益，另一方面，這個城市的經濟又因美國遊客的湧入而受益，1896年，巴拿馬的人口增加到31.6萬，鐵路的修建和運河工程的展開，使巴拿馬的精英階層對未來充滿了幻想。當美國與法國、哥倫比亞為運河租讓權的問題鬧得不可開交時，巴拿馬的精英階層很憂慮，他們意識到哥倫比亞國內過於激忿的愛國情緒會使運河開鑿成功的前景變得暗淡，而當法國運河公司因經營不善陷入困境時，巴拿馬人深切地感到了對自身利益的巨大威脅。

與此同時，深陷危機的法國運河公司的董事和股東們也為未來感到焦慮，公司的董事兼總工程師菲利普·比諾·瓦里亞為了將公司以合理的價格出售給美國，自願充當後者與巴拿馬獨立者之間的聯繫人，瓦里亞的想法得到美國律師威廉·納爾遜·克倫威爾的贊同，後者是公司大股東的代言人。這樣，美國、巴拿馬獨立者和法國運河公司組成了一個奇怪的利益共同體。當時，由於哥倫比亞政府的固執，美國有一部分人主張在尼加拉瓜開鑿運河，與巴拿馬運河競爭，1902年，美國會已準備為開鑿尼加拉瓜運河撥款，這是瓦里亞必須要解決的問題。這位能幹的法國工程師決心讓美國參議員們改變意見。正巧，加勒比海的一座活火山噴發，轟動世界，瓦里亞靈機一動，他想起幾年前尼加拉瓜曾發行過一張郵票，上面有著名的摩摩通博火山噴發的照片，而這座火山就在尼加拉瓜運河開鑿路線附近，雖說摩摩通博是座死火山，但郵票上印有一縷煙圍繞著山頂，恰如活火山那樣。瓦里亞設法搞到了90多枚這樣的郵票，把它們分別寄給美國國會的參議員，郵票背後有瓦里亞的親筆附言：“尼加拉瓜火山活動的官方見證。”意料之中的，當美國參議員們看到郵票后，他們果然否決了尼加拉瓜路線。如今，討厭的哥倫比亞成了瓦里亞眼中的惟一障礙，為了法國運河公司能賣一個好價，遊說美國人支持巴拿馬獨立運動，將是排除哥倫比亞干擾的最好辦法。

在巴拿馬，獨立運動的主要首領是大莊園主何塞·奧古斯丁·阿蘭戈父子，還有托馬斯·阿里亞斯、費德里科·博伊德等人。1903年3月，美國陸軍部長按照總統的指示，派出情報人員到巴拿馬地峽協助親美分子組織獨立運動時，就看中了阿蘭戈父子，以他們為首組成了“巴拿馬愛國者小組”，5月，曾任科隆省長，並長期在美國巴拿馬鐵路公司任職的曼紐埃爾·阿馬多·格雷羅加入了“愛國者小組”，成為其首領。6月14日，美國《紐約世界報》發表文章，鼓吹如果哥倫比亞政府一意孤行，仍然為美國收購法國運河公司的租讓權設障，則巴拿馬人民為捍衛自身利益，應該脫離哥倫比亞而獨立。 7月，“愛國者小組”開始討論獨立起義的具體計劃，8月，阿馬多到紐約會見了克倫威爾和瓦里亞，得到了美國政府將會支持獨立起義的消息，瓦里亞表示，他已得到西奧多·羅斯總統和米爾頓·海約翰國務卿的明確承諾，美國政府將承認巴拿馬獨立並保護革命者。

1903年9月1日，美國國務院將起義需要的文件等物品交給了瓦里亞，包括軍事計劃、密電碼、獨立宣言文稿、巴拿馬憲法、國旗等等，瓦里亞自己預支了50萬法郎給阿馬多，作為起義經費。1903年10月20日，阿馬多返回科隆，他雖對此行的成果感到欣慰，但又覺得光憑一個法國人的承諾，就拿自己的命運、事業甚至生命去冒險有些不妥，關鍵時刻，阿馬多的妻子多尼亞·瑪麗亞給了他巨大的精神支持。這時，經過革命者的遊說再加上5萬美元的贈款，哥倫比亞駐軍司令埃斯特萬·烏埃爾塔斯決定加入“愛國者小組”，這對起義來說無疑是雪中送炭。很快，阿馬多又用3.5萬美元收買了一位哥倫比亞炮艇艇長，事情發展到這一步，哥倫比亞政府終於察覺了巴拿馬政局的異常動向，立即派2名將軍率領40名士兵乘一艘炮艇前往科隆，以防非常事變，但此時美國巡洋艦“納什維爾”號突然開進科隆港，公開阻止哥倫比亞軍隊進入巴拿馬城。1903年11月3日，兩位將軍剛到巴拿馬城，下午17時就被已經叛變的烏埃爾塔斯逮捕了，阿馬多通知美國領事館，巴拿馬已經與哥倫比亞正式脫離關係，阿蘭戈父子在巴拿馬城的大教堂廣場，當眾宣布成立巴拿馬臨時執政委員會，委員會的成員包括巴拿馬精英分子和美國鐵路公司的高級職員。當晚，巴拿馬市議會舉行特別會議，承認了這個新政權，1903年11月4日，巴拿馬舉行群眾，宣布獨立，推選阿馬多為共和國首任總統，阿馬多在會上致辭時高呼：“巴拿馬共和國萬歲！羅斯福萬歲！美國萬歲！”的口號，成為世界外交史上的一個趣聞。

對於巴拿馬的獨立，一位美國參議員寫道：巴拿馬人民是站起來了，像11個人一樣！因為巴拿馬獨立起義是在美國支持下，由7個巴拿馬人和4個美國人策劃的。古斯塔夫·阿道夫·梅利安德寫道，“巴拿馬是為了便宜而嫁給美國”，是一個“損害主權的雜種國家”。埃里克·萊昂則認為，巴拿馬是一個“得了萎縮症的國家”。巴拿馬獨立后，美國立即催促新政府簽訂運河條約，瓦里亞被巴拿馬政府任命為駐美國公使，授予簽訂運河條約的全權。

1903年11月18日，美國與巴拿馬共和國簽訂了《美國與巴拿馬共和國關於修建一條連接大西洋和太平洋的通航運河的專約》，簡稱“美馬條約”或“海約翰－布諾·瓦里亞條約”。條約規定，美國保證巴拿馬的獨立，巴拿馬把寬10英里、面積1432平方公里的運河區交給美國永久佔領、控制，巴拿馬灣中的一些島嶼也交給美國使用，美國一次性付給巴拿馬1000萬美元，自1913年起，每年支付25萬美元，第三條甚至明確規定巴拿馬共和國不得在運河區執行國家主權，這就把運河區變成了國中之國。第五條規定美國擁有對巴拿馬運河和鐵路公司的全部財產的永久壟斷權，第八條規定法國運河公司和鐵路公司的全部財產和權利均須轉讓給美國，第二十四條規定，今後巴拿馬共和國的政治形勢無論發生什麼變動，都將不得影響本條約規定給予美國的權力。條約中最重要的一點是，美國有權對巴拿馬城和科隆城進行干涉，以維護公共秩序。

美國人的介入使巴拿馬運河工程全面恢復，預算得到了控制，工期大大提前，1914年8月15日，完成了試航，1920年6月12日，巴拿馬運河正式通航。在幾十年的運河開鑿史上，共有近3萬人因傷病致死，其中包括不少中國工人。

在傳統的觀點看來，美國人是通過不平等條約控制了巴拿馬運河，並掠奪了本應屬於巴拿馬人民的財富。事實上，當1903年的條約簽訂時，西奧多·羅斯福高興地說：“我拿到了地峽！”塞繆爾·早川教授則說了一句令人費解的評語：“我們是正當地偷竊了它！”

也許，巴拿馬人有理由抱怨現實的不公平：1903年的條約損害了巴拿馬的主權，使巴拿馬成了美國的保護國，巴拿馬人被排除在運河管理機構之外。據巴拿馬運河管理委員會的統計，從1914年運河通航后的86年中，共有約82.5萬艘各種船隻通過巴拿馬運河，通過運河的貨運量約佔世界貿易貨運量的4.3%。自1920年運河向國際開放至20世紀80年代末的60年中，美國從運河過往船隻中收取的費用高達450億美元，而巴方僅得11億美元。

如果說拉美是美國的後院，那麼，巴拿馬就是大門。美國在運河區常駐重兵，先後建立了14座軍事基地或要塞，並成立了“加勒比海司令部”，后又擴大為“南方司令部”，負責美國本土以外西半球的三軍行動。巴拿馬運河區的美軍基地有太平洋沿岸的克萊頓堡陸軍基地、阿馬多堡、羅德曼海軍基地、霍華德空軍基地和阿爾布魯克空軍基地，以及大西洋沿岸的加萊塔島海軍電子通信中心、謝爾曼堡陸軍叢林作戰訓練中心和科科索洛空軍基地。冷戰時期，有6.5萬名美軍官兵和數千名文職人員部署在運河區內，密度之高可謂全球第一。

對於美國與巴拿馬的關係，1927年10月2日，一位巴拿馬外交官曾在《紐約時報》上作過如下自嘲性的陳述：“當你以卵擊石時，卵碎；換言之，當你以石擊卵時，卵碎；美國，石也，巴拿馬卵也；無論何種情況，卵皆碎矣。”

不過，從另一個角度來說，巴拿馬似乎也應該感謝美國對運河的佔領和控制。20世紀初，在弱肉強食瓜分世界的狂潮中，彈丸小國巴拿馬能夠倖免於難，美國的因素無疑是決定性的，在巴拿馬的精英階層看來，美國的控制或多或少“是開明和講道理的”。

曾經有一個時期，兩位巴拿馬建國元勛－阿馬多與烏埃爾塔斯間的矛盾變得不可調和，後者掌握著一支250萬人的軍隊，以巴拿馬的“考迪羅”（首領）自居，阿馬多向美國求助，美國大使威脅說，如果烏埃爾塔斯試圖建立軍事寡頭統治，美國海軍陸戰隊將予以干涉。無奈中，烏埃爾塔斯只得宣布辭職，阿馬多趁機解散了軍隊，這從根本上保證了巴拿馬政體的延續性。

最初，運河區對美國貨物實行免稅政策，這對嚴重依賴關稅的巴拿馬經濟是一個沉重打擊，稍後西奧多·羅斯福總統廢除了它，代之以“威廉·塔夫脫協定”，允許巴拿馬對某些進入美國控制區的貨物徵稅，從而使巴拿馬的經濟重獲生機。

在運河管理機構中，職員被分為好幾個層次，來自美國的白人佔據了所有黃金級職位，他們的待遇非常優厚，收入免稅，且薪酬超過美國本土25%以上，食宿、醫療都是免費供應，還可在內部商店買到價格低廉的商品。在白銀級職員中，主要是來自英屬西印度群島的黑人，絕大多數是巴貝多人，他們成群結隊地定居下來，這令巴拿馬人非常反感。

雖然巴拿馬人被排斥在運河管理機構之外，並不公平，但他們必須承認，巴拿馬人尚不具備黃金級職員的技術素養，也不具備黑人的勞動素質，這是客觀現實。長期以來，巴拿馬人已經習慣於把美國看成侵略者，認為這個北方強鄰掠奪了本應屬於自己的財富，然而他們卻對自己沒有能力單獨開鑿運河這一關鍵問題視而不見。

事實上，巴拿馬人無法建立一個廉潔高效的政府，歷任總統都受到貪污腐化的指控，騷亂是周期性的，為了穩定巴拿馬的經濟，在1923年和1928年，美國兩次借款450萬和1200萬美元給巴拿馬政府，1916年，美國駐運河總督理查德·布拉奇福德將軍還為巴拿馬引入了公共衛生設備，儘管如此，在運河區之外，美國公民經常無緣無故地遭到殺害。

至於運河的收益，雖然1903年的條約早有規定，但為了照顧巴拿馬的利益，美國還是不斷加以調整，償付額在1936年到1945年增至每年43萬美元，從1955年起增至每年193萬美元，而當年，埃及從蘇伊士運河總收入中分得的比例只是7%。1977年美國和巴拿馬簽署《巴拿馬運河地位和永久中立條約》時，又規定1999年12月31日之前的過渡期，每年從通行稅中支付給巴拿馬5300萬美元，再支付1000萬美元為使用費，當運河收入允許時，另支付1000萬美元作為年金。按照條約，巴拿馬幾乎不需要任何付出，就獲得了巨大的收益。

在運河管理機構中，巴拿馬人員的比例的逐年上升，曾經高達7000人的來自西印度群島的職員一再被裁減，1951年，新的巴拿馬運河公司成立，黃金和白銀級區分被廢止，美國僱員25%的超額薪酬也被取消。1953年，巴拿馬又提出實行基於美國標準的單一工資標準，工資等級按1936年的外匯平價計算，其實這個絕對平均主義的計劃，將導致運河公司完全破產。

1973年3月，巴拿馬為了爭取簽訂一項有利於自己的正當的和公平的條約，將巴拿馬運河相關問題提交聯合國審議，但在形成決議時遭到美國的一票否決。

在巴拿馬人看來，運河是一個聚寶盆，然而事實並非如此。巴拿馬運河通行能力有限，由於採取水閘提升式而非海平式方法開鑿，運河如今只能通過具有2000-3000TEU的載箱能力的第三代集裝箱船舶，從1972年開始，運河的經營已經出現虧損，技術老化的傾向日益明顯，它已經不再是財富的代表，作為一種正在縮水的資產，其收入不到美國GDP的1%。

巴拿馬人民為收回運河主權，曾進行了半個多世紀的艱苦鬥爭。1903年11月8日，美國迫使剛剛獨立的巴拿馬簽署兩國關於建造一條連接大西洋和太平洋的通航運河的專約，以一次付給1000萬美元和九年後每年支付款25萬美元租金的低廉代價，取得運河單獨開鑿權和運河的永久租讓權。巴拿馬運河自1880年起開鑿，1914年竣工，全長81．3公里。從運河中流線向兩側延伸寬度為16．09公里的地帶為運河區，面積為1432平方公里。運河於1920年正式通航，使太平洋和大西洋之間的航程縮短一萬多公里，極具戰略和經濟價值。運河鑿通之後，運河區成了“國中之國”，升美國國旗，實行美國法律，由美國總統任命運河區政府總督。那裡還建有14個軍事基地和各種軍事學校，設有“美國南方司令部”。

經過巴拿馬人民堅持不懈的鬥爭，美國被迫於1936年修改條約，不斷增加租金。1960年美國總統艾森豪威爾同意在運河區也掛巴拿馬國旗，但後來並掛美國國旗的協定遭到運河區美國人的抵制。

1964年1月9日，一名巴拿馬學生為了維護國家主權和民族尊嚴，勇敢地攜帶國旗進入運河區，升起國旗，竟被美國駐軍槍殺。這一暴行激起三萬名巴拿馬人進軍運河區，堅決要求在運河區升起巴拿馬國旗。美軍進行血腥鎮壓，兩天內打死傷共400多人。憤怒的巴拿馬人隨即襲擊美國大使館，焚燒美國新聞處。1月10日，巴拿馬政府與美國斷絕外交關係，並宣布廢除運河條約。全國許多城市舉行罷工、罷市、罷課，抗議美國暴行。1月12日，十萬人為英勇獻身的愛國青年舉行隆重葬禮，“打倒美帝國主義”的口號震撼大地。1965年巴拿馬政府規定1月9日為“全國哀悼日”。巴拿馬人民的正義鬥爭得到全世界億萬人民特別是拉美和亞非各國人民的有力支持。

在此情況下，美國被迫同意與巴拿馬談判簽訂一項新的運河條約。在談判中，美國試圖在讓巴拿馬行使運河主權這一許諾下繼續維持美國對運河區控制。1967年6月，美巴商定了三項新條約，該條約雖明言廢除1903年條約，但未觸動美國的根本利益，因而遭到巴拿馬人民的強烈反對。1970年9月，巴拿馬最終拒絕了1967年美巴條約草案。托里霍斯執政后，在人民的支持下，曾多次公開要求收回運河區的管轄權。

雖然如此，當1977年，吉米·卡特政府準備與巴拿馬簽訂交還運河的條約時，美國輿論仍一片嘩然，1978年3月16日，條約在參眾兩院以極其微弱的多數獲得通過。對於大多數美國人來說，巴拿馬運河永遠是星條旗下的財產，當被問及如果將來巴拿馬政府以“維修”為理由關閉運河，美國會如何應對時，卡特總統的國家安全事務助理茲比格涅夫·布熱津斯基有一句名言：“如果那樣，美國軍隊就會進去關閉並維修巴拿馬政府。”

巴拿馬人民經過了長期的艱苦鬥爭。1973年3月在巴拿馬城舉行的聯合國安理會特別會議上，許多拉美國家和其他第三世界國家堅決支持巴拿馬人民的正義立場。同年召開的不結盟國家的政府首腦會議以及拉美國家波哥大會議，也表示堅決支持巴拿馬政府和人民對運河區的主權要求。1974年美國終於不得不同意“迅速結束”它對運河的管轄權。經過時斷時續艱難曲折的談判，1977年9月7日，巴拿馬和美國在華盛頓簽訂了新《巴拿馬運河條約》與《關於巴拿馬運河的永久中立和經營的條約》。新條約於1979年10月生效。它規定廢除1903年的美巴條約，運河的經營權和領導由兩國政府官員組成的運河委員會負責，兩國保證維護和保衛運河，而由美國負主要責任。運河區的海關和移民、郵政、司法管理等交由巴拿馬負責。新條約於1999年12月31日期滿后，巴拿馬將全部承擔對運河的管理和防護。《關於巴拿巴運河永久中立和經營的條約》規定，在新的巴拿馬運河條約生效后，巴拿馬和美國將保證巴拿馬運河永遠中立，無論在和平時期還是在戰爭時期都保證巴拿馬運河的安全，並對一切國家的船隻開放。

2004年財政年度期間總共有14,035艘船隻，總吃水266,916,576噸通過巴拿馬運河。

2016年6月26日，巴拿馬運河拓寬工程舉行竣工啟用儀式。

2021年5月，巴拿馬運河啟動去碳化運營。

巴拿馬運河位於北緯9°，北美大陸分水嶺在該處劇降至其最低點之一。運河並不是如一般人所想像的由東向西橫過地峽。而是在大西洋一側科隆(Colon)的入口向南通過加通水閘(Gatun Locks)進到加通湖的最寬處；然後急轉向東，沿一條大致向東南的航道到達太平洋一側的巴拿馬灣。其位於巴爾博亞(Balboa)附近之終點在科隆附近之起點的東南，相距約40千米(25哩)。與運河平行的交通設施有巴拿馬運河鐵路和博伊德-羅斯福公路(Boyd-Roosevelt Highway)。

船隻從大西洋通過運河到太平洋時，先經由利蒙灣(Limon Bay)內長約11公里的進口航道到達加通水閘。在加通有連續3座水閘將船隻升高26米(78英尺)，進入加通湖。加通湖系由查格雷斯河(Chagres River)上的加通水壩攔蓄而成，湖水源自阿拉胡埃拉湖(Alajuela Lake, 又名馬登湖〔Lake Madden〕；由馬登水壩攔蓄而成)，面積425平方公里(164平方哩)，水深14～26米(46～85英尺)不等，至甘博阿(Gamboa)長約37公里(23哩)。切穿大陸分水嶺的蓋拉德人工渠(Gaillard Cut, 又名庫萊布拉水道〔Culebra Cut〕)就是從甘博阿開始的。這條人工渠平均水深約13米(43英尺)，延伸約13公里(8哩)至佩德羅米格爾水閘(Pedro Miguel Locks)。佩德羅米格爾水閘將船隻降低9米(30哩)，進入高於海平面16米(52英尺)的米拉弗洛雷斯湖(Miraflores Lake)。船隻通過一條長約2公里(1哩)的水道，在米拉弗洛雷斯由兩級水閘降低至海平面。運河的最後一段是挖掘而成的進口航道，長約11公里(7哩)，船隻經此進入太平洋。運河全程的底寬至少150米(500英尺)；在加通湖，航道的寬度不等，介於150米(500英尺)至300米(1,000英尺)之間，而在米拉弗洛雷斯湖段航道寬度為225米(740英尺)。

運河的水閘靠加通湖、阿拉胡埃拉湖和米拉弗洛雷斯湖等各湖的重力水流運作，這些湖的湖水是由查格雷斯河及其他幾條河流入的。各水閘的長度、寬度和深度均一致。每組水閘都是成對的，船隻可以雙向同時通過。每一座閘門有兩扇，寬20米(65英尺)，厚2米(6.5英尺)，固定在鉸鏈上。門的高度為14～25米(46～ 82英尺)不等；門扇由安裝在閘牆凹處的電動機驅動。門扇的開合則由坐落在成對船閘閘牆上的控制塔操控，閘室的充水和放水也由控制塔操控。閘室長300米(1,000英尺)，寬33米(110英尺)，深12米(40英尺)。

稍大的船隻須靠運行於閘壁頂部齒軌上的電動機車牽引通過水閘。船隻在進入水閘之前，必須經過一道在入口兩壁間拉直的防護鏈。如果一切進行得恰當無誤，防護鏈就會落入水道底部的凹槽內。萬一船隻行駛太快，為安全起見，防護鏈就會張緊，於是船隻就會撞上防護鏈。此時，由閘壁上的液壓裝置控制的防護鏈會自動鬆開，慢慢放出，直到把船隻攔截停住。如果船隻脫出了牽引機車的牽引，衝破防護鏈，越過第一道門，15米(50英尺)外的第二道門就會保護水閘，阻止船隻進一步向前。

在兩邊海洋的運河入口航道附近都築有很長的防波堤。利蒙灣的東、西兩面都有防波堤；西面的防波堤保護港口不受大風(gale)侵襲，而東面的防波堤則是為了減少運河航道的淤積。在太平洋這邊，自巴爾博亞到3座小島(瑙斯〔Naos〕、佩里科〔Perico〕和弗拉明哥〔Flamenco〕)築有堤道，使得從巴拿馬城淺水港口流入運河航道的帶有軟物質的橫流改變方向。

通過運河的每艘船隻都有一名或幾名領航員領航，他們一直待在船上直到船隻離開運河終點。連同等候的時間船隻可能需要花15～20個小時才能順利通過運河。船隻一旦獲准通行時，其從深水到深水的平均通過時間約為9個小時。蓋拉德人工渠在不進行疏浚的時候，一般可雙向通行。雖然在每次船隻通過時都免不了會流失大量的水，但巴拿馬的豐富降水量可維持正常的運作。為節約用水，同一航向的船隻，只要其大小容許，就可同時一起通過兩艘或多艘船隻。

每艘船都有測量員登船查驗載重量並收取通行費。船貨清單、船照及其他證件均須呈驗並登記。沿著航線各點都有自動海洋交通運輸控制系統安排並監控船隻通過。

允許通過巴拿馬運河的船舶的最大尺寸是：

長度：

總長（包括突起部）：950英尺（289.56米）

例外：集裝箱船和客船：965英尺（294.13米）

拖船駁船組合，硬性連接：總長900英尺（274.32米）

其他非自推進的船隻-拖船的組合：總長850英尺（259.08米）

寬度（船幅）：

船殼板的外表面寬度：106英尺（32.31米）

一般例外：當在熱帶淡水中吃水小於37英尺（11.3米）時，107英尺（32.61米）。

深度（吃水）：

在熱帶淡水中：39.5英尺（12.04米）

運河管理局用Gatun湖的淡水作為參考。水的鹽度和溫度的影響它的密度，從而影響船舶的吃水深度。在異常乾燥的季節，Gatun湖的水位低的時候，允許的最大吃水可能會減少。

高限：

從水線到船的最高點：190英尺（57.91米）

該限制也適用於運河南口的巴爾博亞港。例外：在巴爾博亞低水位通過時，205英尺（62.5米）也可通過。

通常所有的例外都必須在特別申請和調查后批准，並且受到限制。

載重：

巴拿馬級的貨輪通常可以載重65,000-80,000噸，但由於運河的吃水限度，其最大載貨量將限制在約52,500噸，其餘貨物將轉運。.

有史以來最長的通過巴拿馬運河的船舶，是聖胡安勘探者號（the San Juan Prospector，現名Marcona Prospector）礦石散裝油船，長973英尺（296.57米），寬106英尺（32.31米） ；最寬的是兩艘北卡羅萊納州級戰艦“北卡羅萊納”號（BB-55）“和華盛頓”號（BB-56），寬108英尺（32.92米） 。

在熱帶氣候條件下，運河及其有關設施均須不斷地進行維護以保持暢通。維護工作包括疏浚航道、水閘定期檢修，以及機器的修理和更換。由於降雨量大和土質疏鬆，蓋拉德人工渠兩岸山丘的坍塌一直是運河建成以來時常發生的問題。因而必須經常採取防護和補救措施以保持航道暢通，並且定出加固兩岸的計劃，將雨水引向別處以免破壞山坡。自1970年代以來曾發生過兩起嚴重坍塌，第一次在1974年，第二次在1986年；在兩次山崩期間，坍塌地段都有一段時期只能單向通航。

另一個威脅運河的嚴重問題是集水區的各條河川與溪流(乃至運河本身)的淤積和沈澱速度加快。這種惡化情況的發生是由於當地四處遷徙的農民所採行的刀耕火種農業耕作方法所致。1950年代早期運河集水區的林木還很茂密，但是到了1970年代晚期，就減少了近70%。美國和巴拿馬政府均曾採取各種控制水土流失的措施。

通過巴拿馬運河的交通流量是世界貿易的晴雨表，世界經濟繁榮時交通量就會上升，經濟不景氣時就會下降。1916年通過船隻807艘是最低的，1970年交通量上升，通過各類船隻高達15,523艘。當年通過運河的貨物超過1.346億公噸(1.325億長噸)。其後，每年通過的船隻數雖有所減少，但由於船舶平均噸位加大，載運的貨物比以往還多。

在運河的國際交通中，美國東海岸與東亞之間的貿易居於最主要地位。通過運河的主要商品種類是汽車、石油產品、穀物，以及煤和焦炭。

巴拿馬運河管理局負責運河的行政、營運、保護、維修以及巴拿馬運河的現代化。巴拿馬運河管理局是根據巴拿馬憲法修正案成立的巴拿馬政府自治機構，1999年12月31日正午從美國巴拿馬共同組成的巴拿馬運河委員會手中接過運河的管理權。巴拿馬運河管理局的一項重要職責是對巴拿馬運河集水區的水資源的管理、維持和保護。集水區對運河的運作至關重要，並且還供水給運河航線兩端的城市。

巴拿馬運河管理局由一個董事會領導。董事會由11名董事組成。董事長具有主管運河事務的部長級地位，由共和國總統遴選任命。董事中，1名由政府的立法部門指派，其餘9名由總統徵得內閣會議同意後任命。董事的任命須經立法議會絕對多數通過批准。

在美國管理時期，運河通行費的費率是按維護和營運的成本計算的，因而運河的經費是自籌的。每次通行收取的費用根據船舶裝貨或載客的容量計算。1914年設定的費率實際上一直沒變，持續60年之久。1973年運河的經營第一次虧損，1974年第一次調高几項費率。

傳統上，貨物都裝在甲板之下，通行費是按倉內所載貨物計算。然而，由於船舶設計的改變，以及廣泛以貨櫃運送貨物，所以一大部分裝載貨物是在甲板上。通過運河的貨櫃貨物量僅次於穀物和石油產品的裝運。這些變化導致計量規則的改變和制定甲板上貨櫃箱容量通行費的估定辦法。在巴拿馬運河委員會的領導下，巴拿馬運河管理局批准了在計量規章上的類似改變，並在運河移交之後仍然保持美國管理時期的通行費費率。

從收取的通行費中，巴拿馬運河管理局必須繳納給巴拿馬國庫年度稅費。在繳納年度稅費並付出運河的營運與維護開支后，所有的盈餘也都全部上繳國庫。

1914年8月15日巴拿馬運河正式通航，極大地縮短了美國東西海岸間的航程，比繞合恩角縮短了1萬4千8百公里。在第二次世界大戰期間美國利用運河將航空母艦送去補充幾乎被毀滅的太平洋艦隊。航空母艦雖然能夠通過運河，但是需要先拆除航標，騰出航道。

2010年8月15日，連接兩大洋的巴拿馬運河在擴建中迎來96周年。到2014年擴建結束通航100周年時國家的運河收入將增加一倍，成為國家的三大經濟支柱之一。

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巴拿馬人接管運河后採取了一系列的先進技術和管理辦法，運河的運營效率大大提高。但隨著全球經濟的發展，世界貿易活動以及貨運量的大幅增加，越來越多的超大型船隻投入運營，巴拿馬運河現有通航條件已不能適應發展的需要。巴拿馬運河船閘只有304.8米長、33.53米寬、12.55米深，只能允許巴拿馬型船在幾乎貼著牆壁的情況下通過，超巴拿馬型船則必須繞走南美洲的合恩角。

為使巴拿馬運河順應時代的發展，巴拿馬政府於2006年4月24日正式提出了總投資為52.2億美元的運河擴建計劃，並於同年10月就運河擴建舉行全民公投。公投結果顯示，超過78%的投票者支持運河擴建，運河擴建計劃獲得通過。

根據擴建計劃，巴拿馬將在運河的兩端各修建一個三級提升的船閘和配套設施。新建船閘的寬度為55米，長度為427米，可以讓超巴拿馬級船隻通過。運河擴建資金的大部分將通過收取運河通行費來籌集。運河擴建后，每年將有1.7萬艘船隻從這裡通過，運河的貨物年通過量也將從如今的3億噸增加到6億噸。

2007年9月3日，巴拿馬運河擴建工程正式開工。人民網2010年8月15日電，據來自巴拿馬城的消息，連接兩大洋的巴拿馬運河在擴建中迎來96周年。根據計劃，整個擴建工程將於2014年巴拿馬運河建成100周年時竣工。最終巴拿馬運河拓寬工程於2016年6月結束。

待到巴拿馬運河紀念通航100周年之時，長427米、寬55米、深18.3米的第三套船閘將建成，整個巴拿馬運河擴建工程也將完工。屆時，超巴拿馬型船和軍艦可輕鬆通過巴拿馬運河，運河貨物年通過量也將從如今的3億噸增加至6億噸。巴拿馬運河承擔著全世界5%的貿易貨運。中國是巴拿馬運河的第二大用戶。

隨著世界經貿交流的擴大、海上運輸日益繁忙、造船技術的發展，巴拿馬運河已難以滿足當今海運要求。每年都有成百上千艘各國船隻因噸位大而不能從運河通過。開鑿一條連接大西洋、太平洋新運河的設想便應運而生。巴拿馬運河承擔著全世界5%的貿易貨運量，美國與亞洲之間貿易貨運量的23%都需要通過這條運河。但由於設計老舊，巴拿馬運河在某種程度上已經成為現代海運貿易的發展瓶頸。它至今仍然延用100多年前的設計，僅可以通航7.6萬噸級的貨輪，已經遠遠不能滿足現代海運貿易的需要。許多不符合“巴拿馬運河”標準的貨輪不得不去繞行合恩角。正是看到了跨洋海運貿易的巨大潛力，巴拿馬的周邊國家紛紛開始尋求修建巴拿馬運河的替代工程。

1982年，美國、日本和巴拿馬三國經過協商，成立了一個“開鑿大西洋—太平洋國際海洋運河可行性調查委員會”，著手進行開鑿新運河的計劃工作。1985年9月10日，三國政府又在巴拿馬城正式成立了“開鑿運河三邊委員會”，致力於聯合開鑿第二條運河的籌備工作。經過近2年調查，“三邊委員會”已從墨西哥到哥倫比亞之間可供選擇的幾十條新運河線路中篩選出4條，再從中選出最佳一條，即位於現巴拿馬運河以西15公里至20公里處，從太平洋一側的凱米托港到大西洋一側的拉加爾托港。新運河全長100公里，開挖深度擬為現運河的2.5倍，落潮時水深30米，可通航30萬噸級巨輪，漲潮時水深40米。這將是一項舉世罕見的宏大工程，僅土方需挖10億立方米，總耗資額高達200億美元，整個工程至少需要14年時間。

除日本、美國、巴拿馬外，英國、德國(原聯邦德國)、澳大利亞、加拿大和法國也報名參加這一工程。其中，日、美兩國將負責總工程費用的70%，餘下的由其他國家承擔。如果一切順利，到21世紀初，一條新巴拿馬運河將橫亘於中美洲地峽之間，把太平洋大西洋更加緊密地聯繫在一起，為人類做出更大貢獻。