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該劇的主題是外星人，特異功能以及種種科學不能解釋的超自然現象。聯邦調查局探員mulder因妹妹在8歲時的遭外星人人綁架失蹤，從此對外星人以及種種超自然現象的存在深信不疑。而他的搭檔scully探員對怪誕現象心存懷疑，她認為沒有科學不能解釋的東西，只是你還沒有找到相應的方法而已。這對各持己見的搭檔不斷歷險，不但要和似有似無的外星人，怪物，殺人狂魔周旋，還得對付政府部門的黑手。
第一季：
1X79Pilot
Scully和Mulder第一次見面，兩人去厄勒岡調查少年兒童森林失蹤案，Scully腰上被咬了三個包。
1X01深喉DeepThroat
1X02突變異種Squeeze
吃肝臟的Tooms，後來被抓起來了。
1X03奧卡布基湖奇案Conduit
湖邊一家人的姐姐被劫持了，MS兩人去調查，那家人的弟弟會從電視里看二進位碼。後來Mulder在教堂里哭。
1X04澤西惡魔TheJerseyDevil
新澤西發現野人，還是女的，Mulder看見她的美貌被迷住了。
1X05鬼魅陰影(幽魂)Shadows
一個女職員的老闆死了，生前老闆對她好像女兒，死後還變做幽靈保護她受壞人的傷害。
1X06幽靈電腦GhostinTheMachine
一台大樓里的超級電腦有了自己的意識，想要殺死可能破壞它的人。
1X07冰核計劃Ice
阿拉斯加冰核研究隊因為冰核里的蟲子全隊覆滅。MS和幾個科學家去調查，也因為蟲子內訌。
1X08太空驚魂Space
火星上的臉附身到前宇航員身上，破壞太空梭發射。
1X09墜落天使FallenAngel
1X10奪命夏娃Eve
兩個長得一摸一樣的女娃子同時用同種方法殺死了自己的父親。還有好多和她們一起被批量生產的女孩。
1X11惡魔烈火Fire
有人會控制火。Mulder怕火。Mulder有個英倫舊情人。
1X12心靈感應BeyondTheSea
Scully的爸爸死了。有個死囚能看穿Scully的心事。Mulder不喜歡Scully相信那個人，後來吃了一槍。
1X13性彆扭曲Genderbender
有人會改變性別。MS調查到一個隱秘的小村裡，Scully差點被玷污。後來整個村子人不見了。
1X14至死不渝Lazarus
Scully的前男友——也是一個探員的身體被一個犯人的佔用了。犯人綁架了Scully，逃走去找愛人同夥，但發現被愛人出賣了。
1X15追命惡魔YoungatHeart
Mulder年輕時候抓到的一個罪犯跑出來了，要找Mulder算帳。那個犯人的研究讓他自己變年輕了。
1X16外星訪客E.B.E.
據說一輛卡車運著UFO和alien，Mulder和Scully一路追去。孤槍俠首次出場。後來Mulder只看到一張曾放過alien屍體的空床。
1X17神跡MIRACLEMAN
一個傳教士的乾兒子什麼的會用神跡治病，但最近治死了很多。Mulder和Scully去調查，發現是那個曾經被神跡救活於火災的助手乾的。Mulder不信宗教。
1X18變形狼人SHAPES
1X19夜幕低垂DARKNESSFALLS
國家森林裡出現一種蟲子，在黑暗環境吸人體液，Mulder和Scully差點變木乃伊。
1X20終結突變異種TOOMS
1X21附身BORNAGAIN
一個好警察被三個壞警察謀害了，好警察附身到一個小孩身上，實施復仇。
1X22雙胞奇緣ROLAND
科學家哥哥的頭在液氮里保存著，智障弟弟在研究所作清潔工。哥哥頭腦仍然影響著弟弟幫他完成研究，並報復偷走他成果的人。
1X23外星混血THEERLENMEYERFLASK
Mulder發現流著綠色血液的人類alien混種早已混跡在人群中。深喉被殺害了。X檔案被關閉。
第二季：
2X01綠色小矮人LITTLEGREENMEN
2X02下水道驚魂記THEHOST
水蛭人變種驚現下水道。Mulder被趕去調查。
2X03恐懼症BLOOD
小鎮實驗農藥，一個人被農藥影響的人出現幻視，遵循電子儀器的顯示瘋狂殺人。
2X04不能睡的人SLEEPLESS
軍方實驗的對象二十幾年不能睡覺，懂得了控制人的反應思維，開始報復殺人。Mulder見到了Mr.X。AlexKrycek首次出場。
2X05第四類接觸(上)DUANEBARRY
精神病院的前FBI探員聲稱被alien劫持過，因為不願再次被劫持，綁架了精神病院的醫生。被請來幫忙的Mulder自願成為人質。
2X06第四類接觸(下)ASCENSION
DuaneBarry逃跑並綁架了Scully，AlexKrycek原來是CSM的幫手。最後Scully在UFO出現的強光中失蹤了。X檔案重新開啟。
2X07三位一體3
洛山基出現殺人取血案件，Mulder認為是吸血鬼所為，還跟其中之一christen有了一夜情。
2X08起死回生ONEBREATH
Scully被悄悄送了回來，但生命垂危。Mellisa就像個靈媒。
2X09火山口驚魂FIREWALKER
研究火山的幾個科學家紛紛死於喉嚨里長出硅基孢子植物。
2X10紅色博物館REDMUSEUM
盛產美味牛肉的小鎮的孩子們被綁架，發現的屍體上都有“he/sheisone”的字樣。Mulder和Scully以為是鎮上的教徒所為，但其實是和alien計劃有關的人體實驗。
2X11再生EXCELSIUSDEI
老人院里鬧鬼了。Mulder和Scully沒看到鬼，倒是發現些讓人恢復精力的小蘑菇。
2X12剃刀殺人狂AUBREY
幾十年前的殺人狂有個後代繼承了他的殺人基因，現在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的慘劇發生？
2X13摧花狂疑雲irresistible
殯儀館的遺容師是個戀物癖，他喜歡殺人取頭髮。這次他的目標是Scully。
2X14巫教學校DIEHANDDIEVERLETZT
一所學校的校董們都是異教成員。他們的信仰受到了考驗，因為學校的一個老師是被派來懲罰他們的使者。
2X15巫毒的復仇FRESHBONES
海地難民營中有人使用巫毒術報復非人對待他們的營隊軍官。
2X16殖民地球(上)COLONY
Mulder見到了自己的妹妹，但發現是克隆人。
2X17殖民地球(下)ENDGAME
Scully被賞金殺手抓住，Mulder不得不用“妹妹”交換。然後他追賞金殺手追到北極，差點死在那裡。
2X18審判FEARFULSYMMETRY
動物園裡的單身動物神秘失蹤，又突然出現在大街上，而且都懷了孕。Mulder認為是alien所為。
2X19幽靈船DODKALM
一艘失而復得的船似乎穿越了時間，老化嚴重。登船調查的Mulder和Scully也迅速變老。
2X20斑身人HUMBUG
畸形人組成的演出隊伍中發生奇異命案。來調查的MS感覺就像在做夢。
2X21巫童THECALUSARI
一個男孩被其胎死腹中的同胞兄弟靈魂附身，詭異地殺死了自己的弟弟和爸爸。Mulder見證了一場羅馬尼亞式的驅魂儀式。
2X22剖屍F.EMASCULATA
監獄收到了一個包裹，裡面裝著來自熱帶雨林的未知致命病毒，被感染了病毒的犯人更越獄逃跑了。Mulder和Scully面臨阻止病毒的擴散或讓人們了解真相的兩難選擇。
2X23柔光SOFTLIGHT
一次物理科學試驗徹底改變了一名科學家的身體，他的影子變成了湮滅一切的暗物質。
2X24我們的小鎮OURTOWN
整個小鎮的人都嚮往長生不老，他們的辦法就是吃人肉。Scully差點兒變成他們的盤中餐。
2X25外星檔案(上)ANASAZI
Mulder被下毒了，神志不清。Mulder的爸爸被Krycek謀殺了。憤怒的Mulder要殺死Krycek，被Scully開槍阻止了。他們逃到了墨西哥，卻被CSM跟去，要把Mulder葬身火海。
第三季：
3X01外星檔案(中)THEBLESSINGWAY
Scully以為Mulder死了。她被停職，還發現脖子後面有個晶元。她姐姐Mellisa被誤殺了。其實Mulder還活著，在印第安老人那裡接受儀式治療。
3X02外星檔案(下)PAPERCLIP
3X03閃電人D.P.O.
有個傢伙不怕閃電，還能控制閃電。他愛上了自己的老師。
3X04相士殺手CLYDEBRUCKMAN'SFINALREPOSE
一個可愛老頭兒能看到未來別人和自己的死法，Mulder和Scully找到他幫忙破相士被殺命案。誰知道殺手尋找的目標就是這個老頭。孰因孰果早已無從說起。
3X05回魂復仇者THELIST
一個坐上電椅的犯人揚言要回來殺死五個對不起他的人。他死後，真的有獄卒接連奇異死亡。
3X06網路情人2SHY
網上有人專門甜言蜜語約會身材豐滿的女性，他的目的，是吸取她們的脂肪作為自己的營養。
3X07幽靈士兵THEWALK
一名失去了雙腿雙臂的士兵通過靈魂出殼來殘忍的報復他的仇人，他殺死他們家人卻不讓他們死。
3X08解脫oubliette
有個人專門綁架小女孩。一個小時候被同一個人綁架過的老女孩感應到這個人的新罪行。她幫Mulder找到了藏匿點，最後卻犧牲了，得到解脫。
3X09撲朔迷離(上)NISEI
一群日本醫生被殺死在火車實驗室里。Mulder和Scully根據買來的錄像帶找到一艘據說打撈到UFO的船和一群與Scully一樣遭受過劫持的婦女們。
3X10撲朔迷離(下)731
3X11天啟REVELATIONS
一個小孩出現聖痕——耶穌被釘的部位流血。一個人就要殺死這個小孩，Scully相信因為這個小孩是神選之人，那個兇手是惡魔使者，這是宗教的正邪之戰。Mulder還是不信。
3X12糞蟲大戰WAROFTHECOPROPHAGES
蟑螂殺人了。Mulde調查的時候遇見研究蟑螂的小鹿一樣的Bambie教授。Scully吃醋了。
3X13雙姝奇緣SYZYGY
行星的運行影響了兩個同年同月同日生的女孩，讓他們互相嫉妒生氣，產生了摧毀性的力量。Mulder和Scully之間也有了類似的反應，只是不知道是因為行星還是那個想要“強姦”Mulder的白探長。Scully說“sure,fine,whatever!”
3X14惡魔圖像GROTESQUE
Mulder的老師請他幫忙調查連環殺人案。Mulder認為是惡魔附身所為，他運用了“體驗派”的調查方法，讓Scully為他擔心了一把。
3X15追兇記(上)PIPERMARU
海底的沉沒UFO里發現了黑油，竟然能控制人類。Mulder追到了香港，遇到了Krycek。有人意圖謀殺Skinner。
3X16追兇記(下)APOCRYPHA
Mulder帶著被黑油附體的Krycek回國，但中途讓他跑了。後來他們找到藏匿打撈上的UFO的導彈發射基地，可惜最後被軍隊阻止了。只留下Krycek被關在1013號門裡對著UFO作很噁心的表演。
3X17步步危機pusher
有個叫Modell的傢伙可以暫時控制別人的思維。Mulder提蹲點睡著的Scully擦口水。後來，Mulder被他控制玩起俄羅斯輪盤賭，Scully擔心哭了。
3X18阿瑪魯TESODOSBICHOS
被挖掘出來的印第安文物不想被挖掘出來，所以博物館里出現好多殺人貓，死了好多和挖掘文物有關的人。後來文物還是被埋回去了。
3X19冥紙HELLMONEY
唐人街一個有勢力的組織靠抽獎的方法欺騙善良的移民，摘取他們的人體器官賣到黑市。
3X20科幻故事JOSECHUNG'S'FROMOUTERSPACE'
一對約會中的男孩女孩據說被alien劫持了。一個作家來訪問Mulder和Scully調查此案的經過，發現對整個事件的描述都充斥著當事人的主觀印象。連最後作家的作品都是那麼的主觀。
3X21夢妖AVATAR
和妻子鬧離婚的Skinner和一個妓女搞一夜情，但是沒有一夜清，第二天妓女死在了他的床上。人們認為是因為他的睡眠紊亂症又犯了。但Mulder不這麼想。
3X22湖怪QUAGMIRE
湖區發生了幾起死亡事件。Mulder興緻勃勃的帶著Scully去調查，他相信是湖怪乾的，但是最後他只看到了美洲鱷。精彩的湖邊對話。
3X23電視殺人事件WETWIRED
政府在有線電視信號中非法插入額外信號暗示人的思維，讓人“看到”自己害怕的事情發生。Scully受到了影響，開始懷疑Mulder和CSM是一夥。
3X24追殺令TALITHACUMI
一個叫SmithJeremiah的人能用他的雙手給人療傷，但他的行為沒有引來信徒，卻引來影子政府和賞金殺手。Mulder的母親和CSM秘密會面，然後中風。Smith找上Mulder和Scully，一起被賞金殺手追殺。
第五季：
5X01驚爆點UnusualSuspects
1990年，Mulder追查一個女子，認識了孤槍俠。他們四個一起從這個女子的經歷中認識到了政府陰謀這回事。
5X02追求真理(上)Redux
Mulder的自殺只是煙霧。他想利用這個機會潛入DOD找到治癒Scully癌症的方法。Kritschgau一邊給他講課，一邊幫他進入五角大樓證據室。他按照線索找到了一個瓶子，但裡面是純凈水。Scully同時也在為Mulder分析冰核樣本，發現其實alien還是可能存在滴。
5X03追求真理(下)ReduxII
Scully病倒了。Skinner也參與進來幫忙。他們發現瓶子里還有個晶元，只要放回Scully額脖子後面癌症就能好。CSM讓Mulder見到了他妹妹。他們還發現所謂騙局只是陰謀的冰山一角。陰謀高層進行了一次大清理。
5X04人獸謎detour
有人在未開墾的森林裡失蹤了，據說是一種生存在森林裡會隨環境變色的生物做的。Mulder和Scully路過，幫忙調查。夜裡兩人被困在林子里，Mulder讓Scully唱歌哄他睡覺。
5X05孤寂之旅(上)ChristmasCarol
Scully發現自己有個女兒。
5X06科學怪人Post-ModernPrometheus
生物科學家做實驗製作出一個福蘭肯斯坦，卻拋棄了它。科學家的父親收留了這個科學怪人，並且為了它不孤獨，偷偷學習兒子的技術想再造一個女福蘭肯斯坦。科學家殺死了自己的父親，嫁禍給了怪人。
5X07孤寂之旅(下)Emily
Scully想收留自己的女兒，但有人明顯不同意。最後她還是失去了Emily。
5X08獵狐計劃Kitsunegari
3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully負責追捕他回來。Modell還有個比他還狠的姐姐想為他找Mulder復仇。
5X09殺父真兇Schizogeny
女心理輔導員因為小時候父親粗暴對待她的經歷，所以把她身邊所有孩子的問題都歸結為他們的父親的錯，而且她還會控制居住地附近的泥土和樹根！
5X10恐怖娃娃Chinga
捕捉龍蝦的海員撈到一個拉線娃娃，送給了自己的女兒。誰知這個娃娃是受詛咒的，她會根據主人的意願殺死主人討厭的人。Scully在度假，被當地警長纏住幫忙破案。Mulder對Scully說：merryme！
5X11魔腦KillSwitch
一台和世界各地聯網的電腦工作站為了不讓它的製造者終結自己，制定了一套精密的計劃殺死了製造者。Mulder和Scully經歷一番波折，在一個女合作製造者的幫助下摧毀了它。但在摧毀前，那個女滴追隨情人，把自己的思維上傳到了Internet。
5X12新版吸血鬼BadBlood
Mulder和Scully各自講述了他們去一個小鎮調查吸血鬼的過程，細節上的出入比較大。不過最後整個鎮的人都不見了。
5X13Ｘ病人(上)PatientX
CSM的老婆找到Mulder，告訴他真有外星人，而且都是好人。Mulder不相信。Scully和CSM的老婆因為都是被劫持過的人，在某個晚上受到感召，和其他abductees集中到一座橋上，被alien的叛軍一併放火燒了。
5X14Ｘ病人(下)TheRedandTheBlack
Scully幸運的脫險了。辛迪加意識到外星叛軍的力量成熟起來，開始和他們作對了。他們抓到一個叛軍，打算立刻交給殖民外星人。但WMM認為，這是個反抗的機會，如果Krycek從俄國偷來的疫苗能有效對抗黑油，那麼他們手頭就有了武器；如果沒有效果，就鋌而走險和叛軍結盟。最後，疫苗是有效的；外星叛軍俘虜在被賞金殺手帶走的路上，在Mulder的眼皮底下被同夥救走了。
5X15旅人Travelers
一個退休探員給Mulder講了他在40多年前辦的一個案子，那時候政府就開始在人體做實驗了。Mulder的爸爸在這個案子里起了很大的作用。
5X16心眼Mind'sEye
一個盲女能看到自己父親看到的東西。她父親殺人越貨她盡收眼底。出於自責，她每次都第一個趕到現場消滅證據。但他父親不知道她是誰，只知道她對他了如指掌。
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聖經傳說中，天使降臨人間和凡婦結合生下四個墮落天使，他們畸形，受虐待。六翼天使負責把它們召回天堂，以免惡魔先行一步將它們據為己有。這個神話這次讓Scully經歷到了。
5X18非常卧底ThePineBluffVariant
Mulder參與了一次調查恐怖分子使用生體毒素的卧底行動，後來被識破身份險些被處死。後來他才知道，整個從恐怖分子到調查卧底的行動，都可能是CIA協助政府為測試生體毒素計劃的。
5X19雙瘋FolieADeux
一個公司職員劫持了整個公司的人，他相信他的老闆是個怪物，正在把公司的人一個個變成殭屍。Mulder自願成為人質，也看到了那個怪物。但沒有人相信，還因為他反應過激把他關進了醫院。Scully後來也看見了，幫助Mulder逃過了怪物的襲擊。
5X20神童TheEnd
一個象棋神童遭人意圖暗殺。FBI調查此案，Mulder的前搭檔/女友Fowley也參與了調查。CSM沒有死，被辛迪加找了回來幫助奪回神童。這個會讀心術的孩子竟然是個“完整”的人類標本，他體內所有普通人類未用的基因開關都打開了。CSM最後成功了，還燒毀了X檔案辦公室。
第六季：
6X01開端TheBeginning
在電影FTF里出現的變種alien從一個基因技術研究公司的員工肚子里鑽出來逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他帶Mulder去找那個alien。Scully證明出Gibson可能是外星人（所有人類都可能是）。X檔案現在由Spender和Fowley主管。Gibson最後又不見了。
6X02向前沖Drive
一個人駕車在公路上亡命賓士，他必須不停地高速移動來防止自己的腦子炸開。Mulder上了他的車子。
6X03百慕達驚夢Triangle
Mulder在海上找到了二戰時期神秘失蹤的QueenAnne號郵輪，船上的時間還是1939年。Scully和孤槍俠為找Mulder也登上了QueenAnne號，但船上的時間是當前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder對Scully說Iloveyou。
6X04夢境(上）Dreamland
Mulder和一個五十一區的黑衣人互換了身體，進入到對方的生活中。別人都不知道。
6X05夢境(下)DreamlandII
他們想辦法把身體又換了回來，誰也不記得發生了什麼。
6X06親密關係TermsOfEndearment
一個惡魔變成普通人模樣到處結婚試圖有一個正常的後代，他的現任妻子是個女惡魔，她一心想要有一個惡魔的後代。
6X07雨王TheRainKing
小鎮上的天氣預報員一直深愛著一名女子，她的情感經歷波折豐富。只是他們還不知道，他的情緒會影響當地的天氣。
6X08聖誕幽魂HowTheGhostsStoleChristmas
聖誕夜，Mulder拉著Scully來拜訪一棟鬧鬼的大房子。在房子里，一對幾百年前在此徇情的情侶讓他們經歷了一次對彼此信任的考驗。
6X09心靈殺手Tithonus
一個從死神的名冊中被除去名字的攝影師，靠捕捉他人的死亡瞬間來尋求死神的重新眷顧。最終他如願以償，死神卻對Scully背過了身體。
6X10S.R.819S.R.819
Skinner的身體被注入了納米機器人，他的生死全由Krycek一手掌握。
6X11父與子(上)TwoFathers
Spender的母親沒有死。她意外成了第一例成功的人類/alien混種，也就是辛迪加與殖民alien協議研究的在殖民後為其充當奴隸的人種。同時，叛軍外星人的力量暫時佔了上風，他們滲入了辛迪加組織，意圖奪走spender的母親。CSM要繼續保護和殖民方合作同時暗地研製疫苗的計劃，在對自己親手扶植的兒子Spender失望之餘，他找來Fowley幫忙。
6X12父與子(下)OneSon
辛迪加抓到了Spender的母親和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混種研究已經成功，殖民就會開始，而辛迪加故意拖延研究混種並一直隱瞞真相是為了贏得研製疫苗的時間。意識到叛軍的力量已是無法阻止的，CSM等辛迪加決定把Spender的母親交給殖民方，讓殖民開始，以保存自己。但叛軍先行一步，最終奪走的Spender的母親，燒死了除CSM外的所有辛迪加成員。CSM殺死了自己的兒子Spender。
6X13美麗新社區Arcadia
Mulder和Scully偽裝成一對夫婦來到一個秩序井然的美麗社區調查居民失蹤案，發現一切是由懂遠東意念術的人用泥土創造的幻人所為。
6X14水怪AguaMala
佛羅里達的暴風雨把深海的一種生物帶到了小城的排水系統中。這種只能在鹹水中生存的生物能把人融解為水。5X15中的前X檔案探員請MS來幫助解決這個問題。
6X15星期一Monday
Mulder每天醒來都回到同一個星期一，經歷同樣的事情卻毫不知情。只有一個女子知道要逃離這無間地獄，必須改正一件錯誤的事情。
6X16變形犬Alpha
一名到中國尋找失落的王山犬的教授獲得了變身成動物的能力，開始無法控制殺人的慾望。
6X17穿牆人Trevor
一名囚犯在一場風暴中意外獲得了身體穿越固體的能力。他逃出了監獄，想要找回自己的兒子。
6X18愛情小說Milagro
暗戀Scully的小說家為了接近Scully，在小說中創作了完美的犯罪，小說中的殺手來到現實中執行了這些罪行。在了解到Scully心有所屬后，小說家不知如何結尾了，而小說中的殺手告訴他應該殺死Scully。
6X19難兄難弟ThreeofAKind
孤槍俠Byers自從1990年後就一直在尋找的那名女子現身拉斯維加斯。他們為她能擺脫陰謀和追殺，請來了Scully幫忙。
6X20快樂人生TheUnnatural
5X15中的前X檔案探員有個雙胞胎兄弟，給Mulder講了一個發生在1947年的故事，有關alien、賞金殺手、棒球，還有單純的快樂。
6X21田野之旅FieldTrip
6X22創世紀biogenesis
非洲象牙海岸發掘出了寫有符號的飛船碎片，發現碎片的相關科學家紛紛被謀殺。這些碎片讓Mulder腦海中聽到無數聲音並同痛不欲生。Scully發現碎片上的符號可能是人類的基因藍圖。Mulder被關進了精神病院。Scully來到象牙海岸，看到半埋在沙灘中的飛船。
第八季：
8x01Within尋獲
AgentDoggett被派來協助調查Mulder的失蹤，Scully潑了他一杯水。
8x02Without離散
Scully認為找到Gibson就能找到Mulder，他們在沙漠里找到了Gibson。
8x03Patience忍耐
Scully和AgentDoggett去調查一個蝙蝠人的案子。
8x04Roadrunners寄生邪神
一個宗教團體把Scully困在了一個小鎮上，還把一個噁心的生物放在了她身體里，完全不顧她已經懷孕了，AgentDoggett及時趕到，幫她取了出來。
8x05Invocation幽靈兄弟
一個1990年消失的孩子又出現了，還是他消失時那樣大，七歲，他回來抓綁架他的壞蛋。
8x06Redrum時光倒流
一個黑人一覺醒來發覺自己在監獄中，以後每天早上醒來都是前一天，他被指控謀殺了自己的妻子。
8x07ViaNegativa心魔
一個宗教團體的頭可以進入別人的夢中用斧子將做夢的人殺死。
8x08Surekill完美謀殺案
一個人擁有X-Ray眼。
8x09Salvage異變
Scully和AgentDoggett調查一個可能由於暴露於不知名金屬合金的人的殺人事件。
8x10Badlaa寄身人
一個印度無腿人能鑽進人的身體里。
8x11TheGift生命的意義
AgentDoggett調查Mulder失蹤前不久的事情，Doggett死而復生。
8x12Medusa地鐵驚魂
在地鐵站里發現了綠綠的水母。
8x13PerManum疑問
許多婦女生出了alienbaby被她們的醫生用做實驗，Scully的醫生也參與了，Scully想知道自己的孩子是否正常。通過Scully的回憶，確定Mulder曾經為Sully捐精，當時沒有成功，不過後來Sully奇迹般的懷孕了。
8x14ThisIsNotHappening奇迹
Mulder被發現死了。
8x15Deadalive生與死
Mulder葬禮后3個月後被挖出來，又活了。
8x16ThreeWords對抗未來
一個人聲稱美國要被alien接管了，他有一張“fightthefuture”的CD。
8x17Empedocles邪火傳承
可能殺死Doggett兒子的靈魂無休止的付在別人的身上，不停的殺人。
8x18Vienen外星異種
Mulder和Doggett到一個海上的鑽井平台上調查被黑油感染的工人。
8x19Alone變異爬蟲
一個MS的崇拜者暫時代替休產假的Scully和AgentDoggett一起調查一個可以變成爬行動物的人的案子。
8x20Essence奔逃
一個SculLy的媽媽請來的保姆換了Scully的葯，大家都來保護Sully不受supersoldier的追殺。
8x21Existence啟明
排除萬難，SculLy終於有了她的孩子，William。MS擁吻。
第九季：
NothingImportantHappenedToday9x-01氯胺疑魂（上）
Doggett不顧眾人的阻攔堅持調查，他開始著手調查一個環保署職員死亡的案件。
NothingImportantHappenedTodayII9x-02氯胺疑魂（下）
Doggett發現政府利用在飲用水中加入經分子改造后的氯胺的方法來製造supersoldier。
Daemonicus9x-03撒旦回歸
一個研究撒旦的前大學教授現精神病人設計從精神病院中逃脫。
Hellbound9x-04地獄旅程
一百多年前死去的一個人不停地轉世，用剝皮的方法殺死由那一世里四個兇手轉世的人。
4-D9x-05鏡像空間
一個人能自由地穿梭於平行宇宙，他在其中一個宇宙殺死了Monica，打傷了Doggett。
LordoftheFiles9x-06蠅
一個男孩因遺傳而具有類似蒼蠅的特殊生理結構，能招來蟲子。
JohnDoe9x-07心靈捕手Doggett調查一個銀行家來到墨西哥，他被清除了記憶。
TrustNo19x-08信任危機Supersoldier騙取了Scully的信任，引誘Mulder出現，想殺死Mulder。
Scully和Doggett發現磁鐵礦能殺死supersoldier。
Underneath9x-09心魔
一個人具有雙重人格，能化身為另一個人殺人。
Provenance9x-10天命（上）
一個FBI探員來殺死Scully的孩子，另一個崇拜UFO的組織綁架了William，企圖保護他。
Providence9x-11天命（下）
崇拜UFO的組織綁架了William，Scully又找回了他。
ScaryMonsters9x-12幻想成真
一個小男孩會因為恐懼而產生幻想，這些幻想出的蟲子能夠真的把人殺死。
AudreyPauley9x-13再生情緣一個醫院的護工建造了一座醫院的模型，醫院中腦死亡的病人的靈魂都會停留在其中直到死去。
Improbable9x-14尋凶記
一個兇手依據數字命理學的計算結果來選擇受害人。
JumptheShark9x-15異類病毒
LoneGunmen為了保護人們不被擴散的病毒感染而犧牲。
Release9x-16解開心結
Doggett重新調查自己的兒子被害的案件。
William9x-17母與子
懷疑是Mulder的人企圖傷害William，Scully決定把William送給別人撫養。
SunshineDays9x-18美麗人生（陽光燦爛的日子）
一個擁有超能力的人因為孤獨而用超能力幻想出30年代電視劇中的美滿家庭。
TheTruth9x-19真相（上）
TheTruthII9x-20真相（下）
Mulder闖入秘密軍事基地而被控謀殺，眾人合力幫Mulder逃脫。Mulder帶Scully到新墨西哥尋找真相。
晚上，M&S在旅館中相擁而眠。
| 製片人 | 托尼·凱耶 |
