微生物分類

形態特徵

（1）個體形態　鏡檢細胞形狀、大小、排列，革蘭氏染色反應，運動性，鞭毛位置、數目，芽孢有無、形狀和部位，莢膜，細胞內含物；放線菌和真菌的菌絲結構，孢子絲、孢子囊或孢子穗的形狀和結構，孢子的形狀、大小、顏色及表面特徵等。

培養特徵

1）在固體培養基平板上的菌落（colony）和斜面上的菌苔（lawn）性狀（形狀、光澤、透明度、顏色、質地等）；

2）在半固體培養基中穿刺接種培養的生長情況；

3）在液體培養基中混濁程度，液面有無菌膜、菌環，管底有無絮狀沉澱，培養液顏色等。

生理生化特徵

（1）能量代謝　利用光能還是化學能；

（2）對氧氣的要求　專性好氧、微需氧、兼性厭氧及專性厭氧等；

（2）營養和代謝特性　所需碳源、氮源的種類，有無特殊營養需要，存在的酶的種類等。

生態習性

生長溫度，酸鹼度，嗜鹽性，致病性，寄生、共生關係等。

血清學反應

用已知菌種、型或菌株製成抗血清，然後根據它們與待鑒定微生物是否發生特異性的血清學反應，來確定未知菌種、型或菌株。

噬菌反應

菌體的寄生有專一性，在有敏感菌的平板上產生噬菌斑，斑的形狀和大小可作為鑒定的依據；在液體培養中，噬菌體的侵染液由混濁變為澄清。噬菌體寄生的專業性有差別，寄生範圍廣的謂多價噬菌體，能侵染同一屬的多種細菌；單價噬菌體只侵染同一種的細菌；極端專業化的噬菌體甚至只對同一種菌的某一菌株有侵染力，故可尋找適當專化的噬菌體作為鑒定各種細菌的生物試劑。

細胞壁成分

革蘭氏陽性細菌的細胞壁含肽聚糖多，脂類少。革蘭陰性細菌與之相反。鏈黴菌屬（Streptomyces）的細胞壁含丙氨酸、谷氨酸、甘氨酸和2，6-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是諾卡氏菌屬（Nocardia）的特徵。黴菌細胞壁則主要含幾丁質。

利用紅外吸收譜技術測定微生物細胞的化學成分，了解微生物的化學性質，作為分類依據之一。

生物遺傳的物質基礎是核酸，核酸組成上的異同反映生物之間的親緣關係。就一種生物的DNA來說，它的鹼基排列順序是固定的。測定四種鹼基中鳥嘌呤（G）和胞密啶（C）所佔的摩爾百分比，就可了解各種微生物DNA分子不同源性程度。親緣關係接近的微生物，它們的G+G含量相同或近似的兩種微生物，不一定緊密相關，因為它們的DNA的四個鹼基的排列順序不一定相同。

DNA雜合率

要判斷微生物之間的親緣關係，須比較它們的DNA的鹼基順序，最常用的方法是DNA雜合法。其基本原理是DNA解鏈的可逆性和鹼基配對的專一性。提取DNA並使之解鏈，再使互補的鹼基重新配對結合成雙鏈。根據能生成雙鏈的情況，可測知雜合率。雜合率越高，表示兩個DNA之間鹼基順序的相似越高，它們間的親緣關係也就越近。

核糖體核糖酸（rRNA ）相關度

在DNA相關度低的菌株之間，rRNA同源性能顯示它們的親緣關係。Rrna-DNA分子雜交試驗可測定Rrna的相關度，揭示Rrna 的同源性。

rRNA的鹼基順序

RNA的鹼基順序由DNA轉錄來的，故完全具有相對應的關係。提取並分離細菌內標記的16SrRNA,以核糖核酸消化，可獲得各種寡核苷酸，測定這些寡核苷酸上的鹼基順序，可作為細菌分類學的一種標記。

核糖體蛋白的組成分析

分離被測細菌的30S和50S核糖體蛋白亞單位，比較其中所含核糖體蛋白的種類及其含量，可將被鑒定的菌株分為若干類群，並繪製系統發生圖。

這裡僅簡述原核微生物和真核微生物的分綱體系。

原核生物界（Procaryotae）

（1）光能營養原核生物門

Ⅰ 藍綠光合細菌綱（藍細菌類）

Ⅱ 紅色光合細菌綱

Ⅲ 綠色光合細菌綱

（2）化能營養原核生物門

Ⅰ 細菌綱

Ⅱ 立克次氏體綱

Ⅲ 柔膜體綱

Ⅳ 古細菌綱

真核微生物（Eucaryotic microbes）

真核微生物主要包括各類真菌，還有粘菌等。

真菌劃分各能分類單位的基本原則是以形態特徵為主，生理生化、細胞化學和生態等特徵為輔。絲狀真菌主要根據其孢子產生的方法和孢子本身的特徵，以及培養特徵來劃分各級的分類單位。一些病原真菌的鑒定，寄生和癥狀也可作為參考依據。真菌可分以下四綱：

Ⅰ 藻狀菌綱菌絲體無分隔，含多個核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。

Ⅱ 子囊菌綱　菌絲體有分隔，有性階段形成子囊孢子。

Ⅲ 擔子菌綱　菌絲體有分隔，有性階段形成擔孢子。

Ⅳ 半知菌綱　包括一切只發現無性世代未發現有性階段的真菌。

粘菌也可分為四綱，即

Ⅰ 網粘菌綱　自細胞兩端各自伸出長的粘絲並接連形成粘質的網路——假原質團。

Ⅱ 集胞粘菌綱　分泌集胞粘菌素，形成假原質團。

Ⅲ 粘菌綱　形成原質團，腐生性自由生活。

Ⅳ 根腫病菌綱　形成原質團，專性寄生。亦有將之歸於真菌類。